| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 溪蟹对内陆淡水环境的适应进化 | 第9-13页 |
| 1.2 转录组研究的方法 | 第13-14页 |
| 1.3 无参考基因组(De Novo)的转录组测序 | 第14-16页 |
| 第二章 长江华溪蟹转录组高通量测序与数据分析 | 第16-33页 |
| 2.1 前言 | 第16-17页 |
| 2.2 材料与方法 | 第17-21页 |
| 2.2.1 实验器具的准备 | 第17页 |
| 2.2.2 实验材料与RNA提取 | 第17-18页 |
| 2.2.3 cDNA文库的构建和测序 | 第18页 |
| 2.2.4 转录组数据的De Novo拼接 | 第18-19页 |
| 2.2.5 基因注释 | 第19页 |
| 2.2.6 蛋白质编码区的提取 | 第19页 |
| 2.2.7 表达量的计算 | 第19-20页 |
| 2.2.8 GO和COG功能分类 | 第20页 |
| 2.2.9 KEGG代谢途径分析 | 第20页 |
| 2.2.10 微卫星的查找 | 第20-21页 |
| 2.3 结果 | 第21-31页 |
| 2.3.1 转录组测序结果与组装 | 第21-23页 |
| 2.3.2 基因注释 | 第23-25页 |
| 2.3.3 GO和COG功能分类 | 第25-29页 |
| 2.3.4 KEGG代谢通路分析 | 第29-31页 |
| 2.3.5 微卫星标记的查找 | 第31页 |
| 2.4 讨论 | 第31-33页 |
| 第三章 无齿隐匿相手蟹转录组高通量测序及数据分析 | 第33-45页 |
| 3.1 前言 | 第33页 |
| 3.2 材料与方法 | 第33-34页 |
| 3.2.1 实验材料与方法 | 第33-34页 |
| 3.3 结果 | 第34-43页 |
| 3.3.1 转录组测序结果与组装 | 第34-36页 |
| 3.3.2 基因注释 | 第36-37页 |
| 3.3.3 GO和COG功能分类 | 第37-41页 |
| 3.3.4 KEGG代谢通路分析 | 第41-43页 |
| 3.3.5 微卫星的查找 | 第43页 |
| 3.4 讨论 | 第43-45页 |
| 第四章 长江华溪蟹和无齿隐匿相手蟹转录组比较分析 | 第45-57页 |
| 4.1 前言 | 第45页 |
| 4.2 材料与方法 | 第45-48页 |
| 4.2.1 直系同源基因的鉴别 | 第45页 |
| 4.2.2 基因的选择压力分析 | 第45-46页 |
| 4.2.3 目标基因在两种蟹类鳃组织中的表达分析 | 第46-48页 |
| 4.3 结果 | 第48-54页 |
| 4.3.1 长江华溪蟹与无齿隐匿相手蟹转录组GO分类比较 | 第48-49页 |
| 4.3.2 直系同源基因的鉴别 | 第49页 |
| 4.3.3 基因的选择压力分析以及检测正选择位点 | 第49-50页 |
| 4.3.4 差异表达基因的GO分类及KEGG代谢通路分析 | 第50-53页 |
| 4.3.5 目标基因在两种蟹类鳃组织中的表达分析 | 第53-54页 |
| 4.4 讨论 | 第54-57页 |
| 下一步的研究展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
