基于串联质谱数据的蛋白质—基因组学方法研究
| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 序言 | 第8-12页 |
| 1 绪论 | 第12-16页 |
| 1.1 选题背景 | 第12-13页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第13页 |
| 1.3 本文贡献 | 第13-14页 |
| 1.4 论文结构 | 第14-16页 |
| 2 基于质谱数据的蛋白质组鉴定 | 第16-40页 |
| 2.1 质谱技术简介 | 第16-22页 |
| 2.1.1 质谱仪的构成和基本原理 | 第16-19页 |
| 2.1.2 串联质谱 | 第19-21页 |
| 2.1.3 质谱数据特点 | 第21-22页 |
| 2.2 蛋白质和多肽 | 第22-25页 |
| 2.2.1 蛋白质的组成与结构 | 第23页 |
| 2.2.2 串联质谱中多肽碎裂规律 | 第23-25页 |
| 2.3 基于质谱技术的蛋白质鉴定方法 | 第25-33页 |
| 2.3.1 方法流程概述 | 第26-27页 |
| 2.3.2 质量纹鉴定法 | 第27-29页 |
| 2.3.3 从头测序法 | 第29-30页 |
| 2.3.4 数据库搜索鉴定法 | 第30-31页 |
| 2.3.5 基于序列标签的数据库搜索鉴定法 | 第31-32页 |
| 2.3.6 利用质谱数据的蛋白质鉴定小结 | 第32-33页 |
| 2.4 蛋白质-基因组学简介 | 第33-40页 |
| 2.4.1 蛋白质-基因组学基本概念 | 第33页 |
| 2.4.2 定制蛋白质序列数据库 | 第33-36页 |
| 2.4.3 蛋白质的数据库搜索鉴定法 | 第36-37页 |
| 2.4.4 主要应用和成果 | 第37-40页 |
| 3 蛋白质翻译过程中的提前终止 | 第40-56页 |
| 3.1 实验设计 | 第40-43页 |
| 3.1.1 背景知识 | 第40-41页 |
| 3.1.2 实验设想 | 第41-42页 |
| 3.1.3 实验数据 | 第42-43页 |
| 3.2 寻找翻译提前终止蛋白质 | 第43-51页 |
| 3.2.1 建库算法设计 | 第43-46页 |
| 3.2.2 搜库鉴定过程 | 第46-48页 |
| 3.2.3 实验结果与分析 | 第48-51页 |
| 3.3 寻找断裂蛋白质 | 第51-54页 |
| 3.3.1 建库算法设计 | 第51-52页 |
| 3.3.2 搜库鉴定过程 | 第52页 |
| 3.3.3 实验结果与分析 | 第52-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-56页 |
| 4 寻找基因上游开放阅读框 | 第56-64页 |
| 4.1 实验设计 | 第56-59页 |
| 4.1.1 背景知识 | 第56-57页 |
| 4.1.2 实验设想 | 第57-58页 |
| 4.1.3 实验数据 | 第58-59页 |
| 4.2 寻找基因上游开放阅读框 | 第59-61页 |
| 4.2.1 建库算法设计 | 第59-60页 |
| 4.2.2 搜库鉴定过程 | 第60-61页 |
| 4.2.3 实验结果与分析 | 第61页 |
| 4.3 验证实验 | 第61-63页 |
| 4.3.1 验证数据库设计与搜库鉴定 | 第62页 |
| 4.3.2 实验结果与分析 | 第62-63页 |
| 4.4 本章小结 | 第63-64页 |
| 5 核糖体延伸过程中的读框移位 | 第64-76页 |
| 5.1 实验设计 | 第64-67页 |
| 5.1.1 背景知识 | 第64-66页 |
| 5.1.2 实验设想 | 第66-67页 |
| 5.1.3 实验数据 | 第67页 |
| 5.2 寻找扫描式读框移位突变 | 第67-71页 |
| 5.2.1 建库算法设计 | 第68-69页 |
| 5.2.2 搜库鉴定过程 | 第69-70页 |
| 5.2.3 实验结果与分析 | 第70-71页 |
| 5.3 寻找多甘氨酸突变 | 第71-74页 |
| 5.3.1 建库算法设计与搜库鉴定 | 第71-72页 |
| 5.3.2 实验结果与分析 | 第72-74页 |
| 5.4 潜在的蛋白质翻译后修饰 | 第74-75页 |
| 5.5 本章小结 | 第75-76页 |
| 6 结论 | 第76-80页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第76-77页 |
| 6.2 下一步研究方向 | 第77-80页 |
| 参考文献 | 第80-86页 |
| 附录A | 第86-88页 |
| 附录B | 第88-90页 |
| 附录C | 第90-92页 |
| 附录D | 第92-94页 |
| 附录E | 第94-96页 |
| 附录F | 第96-98页 |
| 附录G | 第98-100页 |
| 附录H | 第100-102页 |
| 作者简历及攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第102-106页 |
| 学位论文数据集 | 第106页 |
