| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一部分 引言 | 第8-12页 |
| 1.1 金丝桃素简介 | 第8页 |
| 1.2 光动力学疗法（PDT） | 第8-9页 |
| 1.3 高通量测序 | 第9页 |
| 1.4 金丝桃素-PDT与癌症治疗的研究现状 | 第9-11页 |
| 1.5 本文研究目的及意义 | 第11-12页 |
| 第二部分 材料和方法 | 第12-16页 |
| 2.1 细胞培养 | 第12页 |
| 2.2 样本制备 | 第12页 |
| 2.3 RNA提取、建库以及RNA-Seq | 第12页 |
| 2.4 数据过滤 | 第12-13页 |
| 2.5 reads比对（reads mapping） | 第13-14页 |
| 2.6 基因表达量分析和筛选差异基因 | 第14页 |
| 2.7 差异基因富集分析和通路分析 | 第14-16页 |
| 第三部分 实验结果 | 第16-42页 |
| 3.1 样本分组 | 第16页 |
| 3.2 RNA-Seq高通量测序数据质量评估 | 第16-21页 |
| 3.2.1 RNA-Seq建库质量分析 | 第16页 |
| 3.2.2 Clean reads测序质量分析 | 第16-18页 |
| 3.2.3 有效长度统计 | 第18-19页 |
| 3.2.4 cDNA库代表性分析 | 第19-21页 |
| 3.3 全基因组定位分析 | 第21-23页 |
| 3.3.1 reads与参考基因组比对结果 | 第21页 |
| 3.3.2 基因组的覆盖度和特征分析 | 第21-22页 |
| 3.3.3 mRNA表达量分析（RPKM） | 第22-23页 |
| 3.4 RNA-Seq差异表达分析 | 第23-26页 |
| 3.4.1 样本相关性分析 | 第23-24页 |
| 3.4.2 样本聚类分析 | 第24-25页 |
| 3.4.3 标准DEG分析 | 第25-26页 |
| 3.5 DEG功能聚类与通路分析 | 第26-42页 |
| 3.5.1 DAVID功能聚类 | 第26-31页 |
| 3.5.2 通路分析 | 第31-42页 |
| 第四部分 讨论 | 第42-45页 |
| 第五部分 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-53页 |
| 附录 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 作者简介 | 第55页 |