| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-30页 |
| 1.1 miRNA及其靶标位点的研究进展 | 第10-22页 |
| 1.1.1 miRNA简介 | 第10-11页 |
| 1.1.2 miRNA的产生、结构和作用机制 | 第11-14页 |
| 1.1.3 miRNA及其靶标位点的识别 | 第14-21页 |
| 1.1.4 miRNA的起源方式 | 第21-22页 |
| 1.2 转座元件研究进展 | 第22-26页 |
| 1.2.1 转座元件简介 | 第22-23页 |
| 1.2.2 转座元件与基因调控的关系 | 第23-24页 |
| 1.2.3 转座元件识别的相关资源 | 第24-26页 |
| 1.3 本论文的研究内容及意义 | 第26-27页 |
| 1.4 本论文的创新点 | 第27-29页 |
| 1.5 本论文的技术路线 | 第29-30页 |
| 第2章 转座元件起源的miRNA | 第30-48页 |
| 2.1 引言 | 第30-31页 |
| 2.2 数据获取与处理 | 第31-33页 |
| 2.2.1 数据的获取 | 第31页 |
| 2.2.2 转座元件起源的miRNA的识别 | 第31-32页 |
| 2.2.3 新转座元件起源的miRNA的识别 | 第32页 |
| 2.2.4 转座元件起源的miRNA的保守性分析 | 第32-33页 |
| 2.3 结果分析及讨论 | 第33-46页 |
| 2.3.1 转座元件起源的miRNA的类型及分析 | 第33-40页 |
| 2.3.2 miRNA在进化过程中丢失转座元件序列特征 | 第40-43页 |
| 2.3.3 新识别出的转座元件起源的miRNA | 第43-44页 |
| 2.3.4 转座元件起源的miRNA的保守性分析 | 第44-46页 |
| 2.4 本章小结 | 第46-48页 |
| 第3章 重复元件起源的靶标位点 | 第48-62页 |
| 3.1 引言 | 第48-49页 |
| 3.2 数据获取与处理 | 第49-50页 |
| 3.2.1 数据的获取 | 第49页 |
| 3.2.2 果蝇3’-UTR中重复元件起源的miRNA靶标位点的识别与分析 | 第49-50页 |
| 3.2.3 脊椎动物3’-UTR中重复元件起源的miRNA靶标位点的分析 | 第50页 |
| 3.3 结果分析及讨论 | 第50-61页 |
| 3.3.1 重复元件起源的靶标位点在3’-UTR上的分布 | 第50-53页 |
| 3.3.2 重复元件起源的靶标位点的特征分析 | 第53-57页 |
| 3.3.3 重复元件起源的靶标位点的保守性分析 | 第57-59页 |
| 3.3.4 脊椎动物重复元件起源的靶标位点的分析 | 第59-61页 |
| 3.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 第4章 miRNA-靶标位点共起源于转座元件的机制分析 | 第62-76页 |
| 4.1 引言 | 第62页 |
| 4.2 数据获取与处理 | 第62-64页 |
| 4.2.1 数据的获取 | 第62-63页 |
| 4.2.2 转座元件共起源的miRNA-靶标位点的识别 | 第63页 |
| 4.2.3 人类与小鼠间转座元件起源的“miRNA-靶”关系的保守程度分析 | 第63页 |
| 4.2.4 共同起源自转座元件的miRNA-靶标位点中SNP密度的计算 | 第63-64页 |
| 4.2.5 转座元件起源的miRNA与靶标mRNA间的表达谱分析 | 第64页 |
| 4.2.6 实验验证的共同起源自转座元件的“miRNA-靶”关系 | 第64页 |
| 4.3 结果分析及讨论 | 第64-75页 |
| 4.3.1 miRNA-靶标位点共起源于转座元件的类型 | 第64-68页 |
| 4.3.2 转座元件起源的miRNA-靶标位点的基本分析 | 第68-69页 |
| 4.3.3 转座元件起源的miRNA-靶标位点的保守性分析 | 第69-71页 |
| 4.3.4 转座元件起源的miRNA-靶标位点的功能分析 | 第71-75页 |
| 4.4 本章小结 | 第75-76页 |
| 第5章 miRNA分析工具的开发 | 第76-90页 |
| 5.1 引言 | 第76页 |
| 5.2 miRBase数据库分析工具 | 第76-86页 |
| 5.2.1 getlist.p1 | 第77-78页 |
| 5.2.2 compare.p1 | 第78-81页 |
| 5.2.3 mirpos.p1 | 第81-83页 |
| 5.2.4 getseq.p1 | 第83-86页 |
| 5.3 识别转座元件起源的miRNA的软件 | 第86-88页 |
| 5.3.1 TEDerived_miR.p1 | 第87-88页 |
| 5.3.2 TEDerived_miR_uncovered.p1 | 第88页 |
| 5.4 本章小结 | 第88-90页 |
| 第6章 总结与展望 | 第90-92页 |
| 6.1 总结 | 第90-91页 |
| 6.2 展望 | 第91-92页 |
| 附录A | 第92-100页 |
| 附录B | 第100-113页 |
| 参考文献 | 第113-123页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
