| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第12-16页 |
| 1 引言 | 第16-34页 |
| ·宏基因组学和宏转录组学 | 第16-18页 |
| ·中国荷斯坦奶牛 | 第18页 |
| ·瘤胃特点 | 第18-19页 |
| ·瘤胃环境微生物多样性及功能研究进展 | 第19-24页 |
| ·瘤胃细菌 | 第19-21页 |
| ·瘤胃古菌 | 第21-23页 |
| ·瘤胃真菌 | 第23页 |
| ·瘤胃原虫 | 第23-24页 |
| ·瘤胃微生物降解植物细胞壁多糖研究进展 | 第24-26页 |
| ·瘤胃微生物生成乳脂肪前体物研究进展 | 第26-31页 |
| ·瘤胃中乙酸生成研究现状 | 第26-30页 |
| ·瘤胃中丁酸生成研究现状 | 第30-31页 |
| ·瘤胃宏转录组研究意义 | 第31-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-38页 |
| ·奶牛瘤胃样品的采集 | 第34-35页 |
| ·总RNA的提取和纯化 | 第35页 |
| ·RNA文库构建和测序 | 第35-36页 |
| ·Roche GS FLX文库构建和测序 | 第35-36页 |
| ·Illumina HiSeq 2000文库构建和测序 | 第36页 |
| ·生物信息学分析 | 第36-38页 |
| ·测序数据前处理 | 第37页 |
| ·rRNAs和non-rRNAs的识别 | 第37页 |
| ·奶牛瘤胃宏转录组non-rRNAs物种组成分析 | 第37页 |
| ·奶牛瘤胃宏转录组non-rRNAs功能注释 | 第37-38页 |
| 3 结果与讨论 | 第38-84页 |
| ·奶牛瘤胃宏转录组总RNA的提取 | 第38页 |
| ·奶牛瘤胃宏转录组高通量测序结果 | 第38-39页 |
| ·核糖体序列的识别和去除 | 第39页 |
| ·基于已知功能基因转录本的奶牛瘤胃微生物群落组成 | 第39-55页 |
| ·瘤胃细菌 | 第41-46页 |
| ·瘤胃古菌 | 第46-49页 |
| ·瘤胃真菌 | 第49-51页 |
| ·瘤胃原虫 | 第51-54页 |
| ·瘤胃微生物多样性小结 | 第54-55页 |
| ·奶牛瘤胃微生物的功能和代谢特征 | 第55-58页 |
| ·基于COG | 第55-56页 |
| ·基于KEGG | 第56-57页 |
| ·瘤胃微生物功能特征小结 | 第57-58页 |
| ·奶牛瘤胃中植物细胞壁多糖高效降解模式 | 第58-75页 |
| ·植物细胞壁多糖降解相关酶 | 第58-64页 |
| ·植物细胞壁多糖降解相关结合蛋白 | 第64-65页 |
| ·植物细胞壁多糖降解过程中发挥作用的功能微生物 | 第65-73页 |
| ·植物细胞壁多糖高效降解模型 | 第73-74页 |
| ·瘤胃微生物降解植物细胞壁多糖小结 | 第74-75页 |
| ·奶牛瘤胃中乳脂肪前体物生成途径 | 第75-84页 |
| ·酸生成途径中关键酶及功能微生物 | 第75-80页 |
| ·丁酸生成途径中关键酶及功能微生物 | 第80-84页 |
| 4 总结 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-96页 |
| 附录 | 第96-100页 |
| 作者简历及在学期间发表文章 | 第100页 |