基于模式识别和分子模拟的酶的热稳定性研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-20页 |
| ·引言 | 第8页 |
| ·蛋白质及其耐热性 | 第8-14页 |
| ·蛋白质的分子组成及其层次结构 | 第8-10页 |
| ·蛋白质和酶的主要功能 | 第10-11页 |
| ·蛋白质热稳定性分类以及嗜热酶来源 | 第11-12页 |
| ·蛋白质热稳定性的影响因素 | 第12-14页 |
| ·蛋白质热稳定性研究中常用数据库 | 第14-15页 |
| ·原核生物生长温度数据库 PGTdb | 第14页 |
| ·PDB 数据库 | 第14-15页 |
| ·研究蛋白质热稳定性的生物信息学方法 | 第15-18页 |
| ·蛋白质热稳定性的预测 | 第15-17页 |
| ·分子动力学模拟 | 第17-18页 |
| ·本文主要研究内容 | 第18-20页 |
| 第二章 生物信息学中常用的模式识别算法 | 第20-28页 |
| ·引言 | 第20页 |
| ·K-最近邻法 | 第20-21页 |
| ·决策树算法 | 第21-24页 |
| ·决策树的定义 | 第21-22页 |
| ·ID3 算法 | 第22-23页 |
| ·C4.5 算法 | 第23-24页 |
| ·支持向量机方法 | 第24-27页 |
| ·最优分类面 | 第24-25页 |
| ·线性分类 | 第25-26页 |
| ·非线性分类 | 第26-27页 |
| ·小结 | 第27-28页 |
| 第三章 基于序列信息的蛋白质热稳定性预测 | 第28-36页 |
| ·引言 | 第28页 |
| ·材料与方法 | 第28-30页 |
| ·数据集 | 第28-29页 |
| ·序列特征提取 | 第29页 |
| ·方法 | 第29页 |
| ·分类系统检测和评价 | 第29-30页 |
| ·结果与讨论 | 第30-35页 |
| ·基于氨基酸组成预测蛋白质热稳定性 | 第31-32页 |
| ·基于二肽组成预测蛋白质热稳定性 | 第32-34页 |
| ·基于氨基酸组成+二肽组成预测蛋白质热稳定性 | 第34-35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第四章 基于高级结构信息的蛋白质热稳定性预测 | 第36-40页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·材料与方法 | 第36-37页 |
| ·数据集和方法 | 第36页 |
| ·特征的提取 | 第36-37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-38页 |
| ·小结 | 第38-40页 |
| 第五章 木聚糖酶的分子动力学模拟研究 | 第40-54页 |
| ·木聚糖酶热稳定性研究概述 | 第40-41页 |
| ·方法 | 第41-44页 |
| ·分子动力学模拟 | 第41页 |
| ·NAMD 理论基础 | 第41-43页 |
| ·木聚糖酶 A 的分子动力学模拟 | 第43页 |
| ·轨迹文件分析 | 第43-44页 |
| ·结果与讨论 | 第44-52页 |
| ·全局结构稳定性分析 | 第44-45页 |
| ·动态特征分析 | 第45-47页 |
| ·热敏感区域构象变化分析 | 第47-50页 |
| ·盐桥分析 | 第50-52页 |
| ·小结 | 第52-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·论文总结 | 第54-55页 |
| ·工作展望 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 附录：作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第65页 |
