| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| ·研究背景 | 第12-13页 |
| ·真核基因的内含子特征 | 第13-15页 |
| ·AG-GT型内含子的特征 | 第14页 |
| ·AT-AC型内含子的特征 | 第14-15页 |
| ·内含子的进化 | 第15-17页 |
| ·内含子的起源 | 第15页 |
| ·内含子的获得与丢失 | 第15-17页 |
| ·内含子的功能 | 第17-20页 |
| ·内含子与mRNA转录 | 第17-18页 |
| ·内含子与mRNA编辑 | 第18-19页 |
| ·内含子与mRNA出核 | 第19页 |
| ·内含子与mRNA翻译 | 第19-20页 |
| ·内含子与无义介导的mRNA降解 | 第20页 |
| ·ncRNA调控基因表达的功能 | 第20-22页 |
| ·siRNA | 第20-21页 |
| ·miRNA | 第21页 |
| ·剪切后的内含子 | 第21-22页 |
| ·论文结构 | 第22-23页 |
| 第二章 研究方法 | 第23-32页 |
| ·全局比对 | 第24页 |
| ·mRNA折叠 | 第24-26页 |
| ·局域比对 | 第26-27页 |
| ·最佳匹配频率分布 | 第27-28页 |
| ·序列长度的标准化 | 第28-30页 |
| ·信息熵分析 | 第30页 |
| ·分布偏好检验 | 第30-32页 |
| 第三章 线虫核糖核蛋白基因内含子与其相应编码序列的相互作用 | 第32-41页 |
| ·数据集 | 第32页 |
| ·分析过程 | 第32-33页 |
| ·结果 | 第33-38页 |
| ·三类内含子序列上与编码序列的最佳匹配频数分布 | 第33-34页 |
| ·三类内含子上与相应外显子序列的最佳匹配频数分布 | 第34-35页 |
| ·长短内含子上的最佳匹配频数分布 | 第35-36页 |
| ·编码序列上与相应内含子的最佳匹配频数分布 | 第36-38页 |
| ·长短内含子的序列特征 | 第38页 |
| ·讨论 | 第38-41页 |
| 第四章 低等真核生物核糖核蛋白基因内含子与相应编码序列的相互作用 | 第41-55页 |
| ·数据集 | 第41-42页 |
| ·分析过程 | 第42页 |
| ·结果 | 第42-51页 |
| ·内含子上的最佳匹配频率分布 | 第42-46页 |
| ·编码序列上的最佳匹配频率分布 | 第46-49页 |
| ·外显子连接处的最佳匹配频率分布 | 第49-51页 |
| ·序列特征分析 | 第51-53页 |
| ·内含子最佳匹配片段的序列特征 | 第51-52页 |
| ·内含子上最佳匹配区域的序列特征 | 第52-53页 |
| ·讨论 | 第53-55页 |
| ·剪接后内含子在基因表达中可能的功能 | 第53-54页 |
| ·蛋白因子结合位点 | 第54页 |
| ·弱相互作用 | 第54-55页 |
| 第五章 基因组上内含子与其相应mRNA序列相互作用的普适性分析 | 第55-69页 |
| ·数据集 | 第55-56页 |
| ·分析过程 | 第56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-67页 |
| ·mRNA上最佳匹配频率分布 | 第56-58页 |
| ·最佳匹配片段的匹配特征 | 第58-59页 |
| ·功能位点附近的最佳匹配频率分布 | 第59-66页 |
| ·内含子最佳匹配片段的序列特征 | 第66-67页 |
| ·结论 | 第67-69页 |
| 第六章 总结与展望 | 第69-72页 |
| 参考文献 | 第72-83页 |
| 附录 | 第83-87页 |
| 附表 | 第87-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 作者攻读博士学位期间发表和完成的论文目录 | 第89-90页 |
