| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 目录 | 第11-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-27页 |
| ·引言 | 第13-14页 |
| ·研究背景 | 第14-25页 |
| ·染色质及核小体结构 | 第14-16页 |
| ·核小体定位 | 第16-18页 |
| ·核小体绘制图谱的简明历史 | 第18-20页 |
| ·核小体在基因组上的分布与基因转录调控 | 第20-23页 |
| ·基因组序列的k-mer分布 | 第23-25页 |
| ·论文结构 | 第25-27页 |
| 第二章 研究方法 | 第27-33页 |
| ·理论支持 | 第27-28页 |
| ·正态分布 | 第27页 |
| ·基因组序列k-mer的非正态分布 | 第27-28页 |
| ·基因组序列的k-mer分布 | 第28-29页 |
| ·相对频数的计算 | 第29页 |
| ·模体偏好的定义 | 第29-30页 |
| ·生物统计学方法 | 第30-33页 |
| ·聚类分析 | 第30页 |
| ·差异检验 | 第30-32页 |
| ·相关分析 | 第32-33页 |
| 第三章 核小体结合模体的理论预测 | 第33-44页 |
| ·数据集 | 第33页 |
| ·结果与讨论 | 第33-44页 |
| ·基因组序列的k-mer分布 | 第34-37页 |
| ·8-mer在基因组上的平均密度 | 第37-38页 |
| ·模体的结构特征 | 第38-40页 |
| ·与核小体定位实验数据的比较 | 第40-41页 |
| ·部分模体的文献支持 | 第41-42页 |
| ·结论 | 第42-44页 |
| 第四章 核小体结合模体的分布 | 第44-58页 |
| ·数据集 | 第44-45页 |
| ·结果与讨论 | 第45-57页 |
| ·转录起始位点附近的分布 | 第45-48页 |
| ·转录终止位点附近的分布 | 第48-49页 |
| ·起始和终止密码子附近的分布 | 第49页 |
| ·内含子和外显子结合处附近的分布 | 第49-50页 |
| ·功能位点附近GC和AG含量 | 第50-53页 |
| ·非编码基因转录边界附近的分布 | 第53-54页 |
| ·不同序列上的距离分析 | 第54-55页 |
| ·酵母转录边界附近的分布 | 第55-57页 |
| ·结论 | 第57-58页 |
| 第五章 核小体结合模体在看家基因功能位点附近的分布 | 第58-66页 |
| ·数据集 | 第58页 |
| ·结果与讨论 | 第58-66页 |
| ·核小体结合模体的分布 | 第58-60页 |
| ·功能位点附近8-mer比例 | 第60-61页 |
| ·核小体结合模体的频数统计 | 第61-63页 |
| ·单条基因上的分布 | 第63-66页 |
| 第六章 不同功能位点附近核小体结合模体的差异 | 第66-72页 |
| ·数据集 | 第66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-72页 |
| ·功能位点的偏好模体 | 第66-69页 |
| ·功能位点的特异模体 | 第69-70页 |
| ·模体出现频率的相关性 | 第70-71页 |
| ·结论 | 第71-72页 |
| 第七章 总结与展望 | 第72-75页 |
| ·本文工作总结 | 第72-73页 |
| ·工作展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-89页 |
| 附录 | 第89-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 作者攻读博士学位期间发表和完成的论文目录 | 第96页 |