| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-23页 |
| ·分子系统学 | 第9-11页 |
| ·分子系统学的定义及发展简史 | 第9-10页 |
| ·分子系统学的研究步骤及常用方法 | 第10-11页 |
| ·当前分子系统学研究的局限 | 第11页 |
| ·基因组水平上的进化生物学研究 | 第11-14页 |
| ·全基因组的无序度比较 | 第12-13页 |
| ·全基因组的同源性比较 | 第13-14页 |
| ·全基因组的寡聚核苷酸频率比较 | 第14页 |
| ·基因组统计特征的参数 | 第14-17页 |
| ·基因组的 GC 含量 | 第15页 |
| ·寡聚核苷酸的相对丰度 | 第15-16页 |
| ·寡聚核苷酸的转移概率 | 第16页 |
| ·基因组的相关性分析 | 第16-17页 |
| ·系统发育树重构算法的研究现状及进展 | 第17-21页 |
| ·基于基因的系统发育树重构算法 | 第17-18页 |
| ·基于代谢网络的系统发育树重构算法 | 第18页 |
| ·基于全基因组的系统发育树重构算法 | 第18-21页 |
| ·研究内容和意义 | 第21-23页 |
| ·研究内容 | 第21页 |
| ·研究意义 | 第21-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-29页 |
| ·材料来源 | 第23页 |
| ·分析过程和方法 | 第23-29页 |
| ·寡聚核苷酸长度的选择 | 第23页 |
| ·基因组寡聚核苷酸转移概率矩阵的计算 | 第23-24页 |
| ·基因组寡聚核苷酸转移概率矩阵的无序向量 | 第24-25页 |
| ·基因组寡聚核苷酸转移概率矩阵及无序向量的线性相关分析 | 第25-26页 |
| ·基因组寡聚核苷酸转移概率矩阵的图像配准分析 | 第26-28页 |
| ·基因组序列的密度相关分析 | 第28-29页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第29-47页 |
| ·三核苷酸转移概率矩阵最适合用于物种的进化分析 | 第29-30页 |
| ·微生物基因组的三核苷酸彩色图像矩阵具有种属特异性 | 第30-32页 |
| ·基因组三核苷酸转移概率矩阵的线性相关分析结果 | 第32-38页 |
| ·三核苷酸转移概率矩阵间的线性相关系数不适用于进化分析 | 第33-34页 |
| ·三核苷酸转移概率矩阵无序向量间的相关系数只适于种属间鉴定 | 第34-37页 |
| ·小结 | 第37-38页 |
| ·基因组寡聚核苷酸转移概率矩阵的图像配准分析结果 | 第38-44页 |
| ·联合直方图散度能够真实反映物种的进化距离 | 第38-40页 |
| ·基于图像配准分析物种进化关系的新方法具有更高的分辨力 | 第40-42页 |
| ·联合直方图散度可作为单基因系统发育树构建过程的补充 | 第42-44页 |
| ·小结 | 第44页 |
| ·基因组序列的密度相关分析结果 | 第44-47页 |
| 第四章 总结与展望 | 第47-51页 |
| ·总结 | 第47-48页 |
| ·展望 | 第48-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 附录 | 第57-69页 |
| 附录 1 古生菌域内物种基因组的相关信息 | 第57-61页 |
| 附录 2 原核生物域内物种基因组的相关信息 | 第61-65页 |
| 附录 3 真核生物域内物种基因组的相关信息 | 第65-67页 |
| 附录 4 各物种 16S rRNA 基因的相关信息 | 第67-68页 |
| 附录 5 欧几里徳距离与联合直方图散度的比较 | 第68-69页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 附件 | 第71页 |
