| 摘要 | 第1-17页 |
| Abstract | 第17-24页 |
| 缩略语表 | 第24-25页 |
| 第一章 课题的提出和前人研究进展 | 第25-57页 |
| ·课题的提出 | 第25-27页 |
| ·前人研究进展 | 第27-55页 |
| ·柿属植物种质资源研究进展 | 第27-38页 |
| ·柿属植物的种类和分布 | 第27页 |
| ·柿的品种资源及分布 | 第27-29页 |
| ·柿的原产地及起源植物 | 第29页 |
| ·柿的品种分类 | 第29-30页 |
| ·柿属植物的品种鉴定、分类和亲缘关系分析研究 | 第30-38页 |
| ·依据形态特征进行柿品种鉴定、分类和亲缘关系等研究 | 第30-32页 |
| ·利用细胞学标记进行柿品种分类和柿属植物系统进化研究 | 第32-33页 |
| ·利用同工酶进行柿品种鉴定、分类和亲缘关系等研究 | 第33页 |
| ·利用DNA分子标记进行柿属植物品种鉴定、分类和亲缘关系等研究 | 第33-37页 |
| ·利用基因的DNA序列进行柿属植物系统进化等研究 | 第37-38页 |
| ·植物逆转座子的研究进展 | 第38-44页 |
| ·逆转座子的类型和结构 | 第38-39页 |
| ·LTR逆转座子的复制与转座机制 | 第39-40页 |
| ·逆转座子的起源 | 第40页 |
| ·逆转座子的分布特点 | 第40-41页 |
| ·逆转座子的纵、横向传递 | 第41页 |
| ·逆转座子的高异质性 | 第41-42页 |
| ·逆转座子的活性 | 第42-43页 |
| ·逆转座子在植物基因组进化中的作用 | 第43-44页 |
| ·逆转座子与植物基因组扩增 | 第43页 |
| ·逆转座子与植物基因组重排 | 第43页 |
| ·逆转座子与基因突变 | 第43-44页 |
| ·逆转座子的生物多样性与生物进化 | 第44页 |
| ·逆转座子分子标记及其在果树上的应用 | 第44-53页 |
| ·逆转座子分子标记的类型、原理及特点 | 第44-47页 |
| ·SSAP逆转座子分子标记 | 第45-46页 |
| ·IRAP逆转座子分子标记 | 第46页 |
| ·REMAP逆转座子分子标记 | 第46页 |
| ·RBIP逆转座子分子标记 | 第46-47页 |
| ·逆转座子引物的获得 | 第47-50页 |
| ·逆转座子基因序列引物的获得 | 第47-48页 |
| ·逆转座子其它序列引物的获得 | 第48-50页 |
| ·逆转座子分子标记在果树上的应用 | 第50-53页 |
| ·品种鉴定及基因组组成分析 | 第51-52页 |
| ·遗传多样性及系统进化分析 | 第52页 |
| ·遗传作图与QTL定位 | 第52-53页 |
| ·问题与展望 | 第53页 |
| ·芽变及芽变研究中的分子标记应用进展 | 第53-55页 |
| ·芽变的概念及其在果树育种中的地位 | 第53-54页 |
| ·芽变的特点及遗传学基础 | 第54页 |
| ·芽变研究中的分子标记应用进展 | 第54-55页 |
| ·本研究的目的和内容 | 第55-57页 |
| ·研究目的 | 第55-56页 |
| ·研究内容 | 第56页 |
| ·技术路线 | 第56-57页 |
| 第二章 柿Tyl-copia类逆转座子RNase H-LTR序列分离、分析及逆转座子引物开发 | 第57-76页 |
| ·前言 | 第57-58页 |
| ·材料和方法 | 第58-65页 |
| ·仪器及试剂耗材 | 第58-59页 |
| ·试材 | 第59页 |
| ·DNA提取 | 第59-60页 |
| ·染色体步行法分离柿Tyl-copia类逆转座子RNaseH-LTR序列 | 第60-65页 |
| ·基因组DNA的酶切 | 第60页 |
| ·接头准备 | 第60-61页 |
| ·接头连接 | 第61页 |
| ·抑制PCR第一轮扩增 | 第61-62页 |
| ·抑制PCR第二轮扩增 | 第62页 |
| ·电泳检测 | 第62页 |
| ·PCR产物纯化 | 第62-63页 |
| ·PCR产物连接 | 第63页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第63-64页 |
| ·转化 | 第64页 |
| ·质粒DNA提取 | 第64-65页 |
| ·阳性克隆检测 | 第65页 |
| ·测序、序列分析和引物设计 | 第65页 |
| ·序列提交 | 第65页 |
| ·结果与分析 | 第65-72页 |
| ·RNase H-LTR序列的PCR扩增及克隆测序 | 第65-66页 |
| ·Tyl-copia类逆转座子RNaseH 3'端氨基酸序列特性分析 | 第66-67页 |
| ·Tyl-copia类逆转座子PPT和末端倒转重复序列(IR)的特性分析 | 第67-68页 |
| ·RNaseH-LTR序列的同源性及聚类分析 | 第68-69页 |
| ·LTR序列中的启动子结构预测 | 第69-71页 |
| ·逆转座子引物设计 | 第71-72页 |
| ·讨论 | 第72-76页 |
| ·利用RNaseH基因保守结构域分离柿Tyl-copia类逆转座子RNaseH-LTR序列的可行性 | 第72页 |
| ·利用抑制PCR方法开发柿逆转座子引物的有效性 | 第72-73页 |
| ·引物的有用性 | 第73页 |
| ·柿逆转座子的高异质性 | 第73-74页 |
| ·Tyl-copia类逆转座子LTR内的启动子结构与调控元件 | 第74-76页 |
| 第三章 柿属植物IRAP和REMAP逆转座子分子标记技术体系的建立及其磨盘柿变异单株的IRAP分析 | 第76-89页 |
| ·前言 | 第76-77页 |
| ·材料和方法 | 第77-79页 |
| ·材料 | 第77页 |
| ·DNA提取 | 第77页 |
| ·IRAP反应体系优化 | 第77-78页 |
| ·IRAP分析 | 第78页 |
| ·REMAP反应体系建立 | 第78页 |
| ·产物电泳检测 | 第78页 |
| ·数据分析 | 第78-79页 |
| ·结果与分析 | 第79-86页 |
| ·不同DNA模板浓度对IRAP反应的影响 | 第79页 |
| ·不同Mg~(2+)浓度对IRAP反应的影响 | 第79页 |
| ·不同dNTPs浓度对IRAP反应的影响 | 第79-80页 |
| ·不同引物浓度对IRAP反应的影响 | 第80页 |
| ·不同Taq聚合酶浓度对IRAP反应的影响 | 第80页 |
| ·不同退火温度对IRAP反应的影响 | 第80-81页 |
| ·IRAP反应体系的确立 | 第81页 |
| ·IRAP分析结果 | 第81-82页 |
| ·REMAP分子标记体系的确立 | 第82-83页 |
| ·磨盘柿变异单株的IRAP分析 | 第83-86页 |
| ·IRAP多态性分析 | 第83页 |
| ·IRAP相似指数计算 | 第83-85页 |
| ·IRAP聚类分析 | 第85-86页 |
| ·讨论 | 第86-89页 |
| ·IRAP反应体系的优化 | 第86-87页 |
| ·IRAP扩增的多态性 | 第87页 |
| ·IRAP对磨盘柿变异的鉴定 | 第87-89页 |
| 第四章 柿属植物SSAP逆转座子分子标记技术体系的建立及其在遗传分析中的应用 | 第89-111页 |
| ·前言 | 第89页 |
| ·材料和方法 | 第89-96页 |
| ·试材 | 第89页 |
| ·DNA提取 | 第89页 |
| ·SSAP分析 | 第89-95页 |
| ·基因组DNA酶切 | 第90-91页 |
| ·接头准备 | 第91页 |
| ·连接反应 | 第91-92页 |
| ·预扩增反应 | 第92页 |
| ·选择性扩增反应 | 第92-93页 |
| ·选择性扩增产物电泳检测 | 第93-95页 |
| ·玻璃板的准备 | 第93页 |
| ·制胶 | 第93-94页 |
| ·预电泳 | 第94页 |
| ·正式电泳 | 第94页 |
| ·银染 | 第94-95页 |
| ·数据统计 | 第95-96页 |
| ·结果与分析 | 第96-106页 |
| ·SSAP引物筛选及琼脂糖检测 | 第96-97页 |
| ·逆转座子引物对SSAP扩增的影响 | 第97-98页 |
| ·接头引物末端选择性碱基的组成及排序对SSAP扩增的影响 | 第98-99页 |
| ·内切酶引物类别对SSAP扩增的影响 | 第99-100页 |
| ·SSAP在柿属植物遗传分析中的应用 | 第100-106页 |
| ·SSAP多态性分析 | 第100页 |
| ·SSAP相似指数及聚类分析 | 第100-102页 |
| ·高信息量SSAP引物组合的鉴定 | 第102-103页 |
| ·基于不同逆转座子的SSAP分子标记应用于28份试材遗传分析的比较研究 | 第103-106页 |
| ·讨论 | 第106-111页 |
| ·SSAP体系建立需注意的问题 | 第106页 |
| ·SSAP扩增的影响因素 | 第106-108页 |
| ·SSAP分子标记的多态性 | 第108页 |
| ·基于不同逆转座子因子的SSAP分子标记分析的特点 | 第108-109页 |
| ·SSAP分子标记的聚类分析结果 | 第109-111页 |
| 第五章 部分柿属植物亲缘关系的IRAP和ISTR分析 | 第111-127页 |
| ·前言 | 第111-112页 |
| ·材料和方法 | 第112-115页 |
| ·材料 | 第112-113页 |
| ·DNA提取 | 第113页 |
| ·IRAP分析 | 第113页 |
| ·ISTR分析 | 第113-114页 |
| ·ISTR体系优化 | 第113-114页 |
| ·ISTR扩增所选用引物序列 | 第113-114页 |
| ·ISTR-PCR反应参数的设置 | 第114页 |
| ·利用优化后的ISTR体系进行32份柿属基因型的正式分析 | 第114页 |
| ·产物电泳检测 | 第114页 |
| ·数据分析 | 第114-115页 |
| ·结果与分析 | 第115-122页 |
| ·柿属植物ISTR反应体系的建立 | 第115-117页 |
| ·Mg~(2+)浓度 | 第115页 |
| ·dNTP浓度 | 第115页 |
| ·引物浓度 | 第115页 |
| ·Taq酶浓度 | 第115-116页 |
| ·DNA酶浓度 | 第116-117页 |
| ·ISTR反应体系的确立 | 第117页 |
| ·IRAP的多态性、相似指数、UPGMA聚类分析 | 第117-119页 |
| ·ISTR的多态性、相似指数及UPGMA聚类分析 | 第119-120页 |
| ·IRAP和ISTR在柿属植物亲缘关系分析中的比较研究 | 第120-122页 |
| ·IRAP和ISTR多态性水平(Pi)、多样性指数(DI)、有效多重系数(EMR)及标记指数(MI)比较 | 第120-121页 |
| ·IRAP和ISTR两种分子标记揭示的遗传相似性及相关性比较 | 第121页 |
| ·IRAP和ISTR分子标记聚类结果比较 | 第121-122页 |
| ·讨论 | 第122-127页 |
| ·IRAP分子标记的多态性 | 第122-123页 |
| ·柿属植物ISTR反应体系的优化 | 第123页 |
| ·ISTR分子标记及多态性 | 第123-124页 |
| ·IRAP和ISTR分子标记比较 | 第124页 |
| ·基于IRAP和ISTR数据的柿属植物间的遗传关系 | 第124-127页 |
| 第六章 柿属植物种间亲缘关系的IRAP和DAMD分析 | 第127-145页 |
| ·前言 | 第127-128页 |
| ·材料和方法 | 第128-130页 |
| ·材料 | 第128页 |
| ·DNA提取 | 第128页 |
| ·IRAP分析 | 第128页 |
| ·DAMD分析 | 第128-130页 |
| ·产物电泳检测 | 第130页 |
| ·数据分析 | 第130页 |
| ·结果与分析 | 第130-138页 |
| ·IPAP多态性、相似指数及UPGMA聚类分析 | 第130-134页 |
| ·DAMD多态性、相似指数及UPGMA聚类分析 | 第134-137页 |
| ·IRAP和ISTR在柿属植物亲缘关系分析中的比较研究 | 第137-138页 |
| ·IRAP和ISTR多态性水平(Pi)、多样性指数(DI)、有效多重系数(EMR)及标记指数(MI)比较 | 第137页 |
| ·IRAP和DAMD两种分子标记揭示的遗传相似性及相关性比较 | 第137页 |
| ·IRAP和DAMD分子标记聚类结果比较 | 第137-138页 |
| ·讨论 | 第138-145页 |
| ·IRAP标记在柿属植物种间和种下的多态性 | 第138-139页 |
| ·IRAP揭示的部分柿属植物的分类学地位 | 第139-141页 |
| ·DAMD分子标记及其多态性 | 第141-142页 |
| ·DAMD分子标记揭示的部分柿属植物的分类学地位 | 第142-143页 |
| ·IRAP和DAMD分子标记比较 | 第143-144页 |
| ·美洲柿的分类学地位 | 第144-145页 |
| 第七章 IRAP、REMAP和SSAP逆转座子分子标记在柿属植物遗传分析中的应用 | 第145-162页 |
| ·前言 | 第145页 |
| ·材料和方法 | 第145-149页 |
| ·试材 | 第145-146页 |
| ·DNA提取 | 第146页 |
| ·IRAP和REMAP分析 | 第146-147页 |
| ·SSAP分析 | 第147页 |
| ·AFLP分析 | 第147页 |
| ·谱带统计及数据分析 | 第147-149页 |
| ·结果与分析 | 第149-157页 |
| ·IRAP、REMAP、SSAP用于柿属植物种质鉴定 | 第149-151页 |
| ·IRAP、REMAP、SSAP多态性 | 第149-150页 |
| ·IRAP、REMAP、SSAP用于柿属植物种质鉴定 | 第150-151页 |
| ·AFLP多态性 | 第151-152页 |
| ·SSAP和AFLP相似系数比较 | 第152-153页 |
| ·IRAP、REMAP、SSAP、AFLP4种分子标记比较 | 第153-157页 |
| ·4种分子标记多态性水平(Pi)、多样性指数(DI)、有效多重系数(EMR)及标记指数(MI)比较 | 第153-154页 |
| ·4种分子标记揭示的遗传相似性及相关性比较 | 第154-155页 |
| ·4种分子标记聚类结果比较 | 第155-157页 |
| ·讨论 | 第157-162页 |
| ·IRAP、REMAP和SSAP逆转座子进行种质鉴定 | 第157-158页 |
| ·SSAP和AFLP遗传相似系数比较 | 第158页 |
| ·IRAP、REMAP、SSAP、AFLP 4种分子标记比较 | 第158-162页 |
| 第八章 逆转座子引物的通用性研究 | 第162-181页 |
| ·前言 | 第162页 |
| ·材料和方法 | 第162-168页 |
| ·试材 | 第162页 |
| ·样品总DNA提取 | 第162-166页 |
| ·柿属植物、柑橘类、葡萄、枇杷、枣、板栗、石榴、银杏、猕猴桃DNA提取 | 第162-164页 |
| ·桃、李、杏、樱桃DNA提取 | 第164-165页 |
| ·苹果、梨、山楂DNA提取 | 第165-166页 |
| ·样品总DNA质量检测及备用 | 第166页 |
| ·逆转座子引物来源 | 第166页 |
| ·柿逆转座子通用性检测引物来源 | 第166页 |
| ·它物种逆转座子引物通用性检测引物来源 | 第166页 |
| ·通用性检测 | 第166页 |
| ·数据统计及分析 | 第166-168页 |
| ·结果与分析 | 第168-174页 |
| ·样品总DNA质量检测 | 第168页 |
| ·柿逆转座子引物在果树类物种的通用性 | 第168-171页 |
| ·罗田甜柿逆转座子引物在柿属植物种间、种下及其它果树物种上的通用性 | 第168-169页 |
| ·罗田甜柿逆转座子引物在柿属、柑橘类、葡萄属、桃属和梨属植物中的IRAP多态性分析 | 第169-170页 |
| ·罗田甜柿逆转座子引物在柿属、柑橘类、葡萄属、桃属和梨属植物中的亲缘关系分析 | 第170-171页 |
| ·它物种逆转座子引物在果树类作物的通用性 | 第171-174页 |
| ·它物种逆转座子引物在柿属植物的通用性研究 | 第171-172页 |
| ·它物种逆转座子引物在果树类作物的通用性研究 | 第172-174页 |
| ·讨论 | 第174-181页 |
| ·样品总DNA提取方案的筛选 | 第174-175页 |
| ·柿逆转座子引物在其它果树类中的通用性 | 第175-176页 |
| ·它物种逆转座子引物在其它果树类中的通用性 | 第176-181页 |
| 第九章 大别山区新发现的不完全甜柿类型的鉴定及其与‘罗田甜柿'的亲缘关系研究 | 第181-191页 |
| ·前言 | 第181页 |
| ·材料和方法 | 第181-185页 |
| ·试材 | 第181页 |
| ·树及果实形态学观察 | 第181-183页 |
| ·单宁细胞大小及可溶性单宁含量测定 | 第183页 |
| ·分子标记分析 | 第183-185页 |
| ·分子标记数据统计及分析 | 第185页 |
| ·结果与分析 | 第185-189页 |
| ·树体形态观察 | 第185页 |
| ·果实形态观察和可溶性单宁含量 | 第185-186页 |
| ·单宁细胞形态观察及大小测定 | 第186-188页 |
| ·分子标记分析 | 第188-189页 |
| ·讨论 | 第189-191页 |
| ·‘90-1-10'树型、果实形态及可溶性单宁含量分析 | 第189-190页 |
| ·‘90-1-10'分子标记分析 | 第190-191页 |
| 第十章 总结论及讨论 | 第191-201页 |
| ·逆转座子引物开发、转用及逆转座子分子标记开发 | 第191-192页 |
| ·不同分子标记方法及聚类分析结果的比较 | 第192-196页 |
| ·不完全甜柿的发现及其在甜柿起源进化中的作用 | 第196-197页 |
| ·‘金枣柿'的分类学地位 | 第197-198页 |
| ·本研究的创新点 | 第198-199页 |
| ·进一步工作设想 | 第199-201页 |
| 参考文献 | 第201-223页 |
| 致谢 | 第223-224页 |
| 附录 | 第224-232页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第232页 |
