| 中文摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-40页 |
| ·亲和肽配基的理性设计 | 第9-15页 |
| ·亲和色谱和配基 | 第9-10页 |
| ·肽配基筛选技术 | 第10-12页 |
| ·理性设计 | 第12-15页 |
| ·分子模拟在蛋白质折叠和聚集研究中的应用 | 第15-38页 |
| ·蛋白质折叠 | 第15-20页 |
| ·蛋白质错误折叠和聚集所导致的疾病 | 第20-24页 |
| ·分子动力学模拟对蛋白质折叠和聚集的研究 | 第24-33页 |
| ·海藻糖在蛋白质折叠和聚集过程中的作用 | 第33-38页 |
| ·本课题的研究内容和研究思路 | 第38-40页 |
| ·多肽配基的理性设计 | 第38-39页 |
| ·海藻糖对蛋白质折叠和聚集的影响 | 第39-40页 |
| 第二章 α-淀粉酶亲和肽配基的理性设计和亲和色谱 | 第40-62页 |
| ·前言 | 第40-41页 |
| ·实验材料与方法 | 第41-46页 |
| ·分子模拟部分 | 第41-42页 |
| ·实验部分 | 第42-46页 |
| ·结果与讨论 | 第46-60页 |
| ·α-淀粉酶肽配基的理性设计 | 第46-49页 |
| ·α-淀粉酶与高亲和性六肽配基（FHENWS）亲和力的分析 | 第49-54页 |
| ·吸附平衡实验 | 第54-55页 |
| ·亲和色谱实验 | 第55-60页 |
| ·小结 | 第60-62页 |
| 第三章 结合分子动力学模拟的t-PA 亲和肽配基的理性设计及对猪心t-PA 的亲和纯化 | 第62-82页 |
| ·前言 | 第62-63页 |
| ·实验材料与方法 | 第63-68页 |
| ·分子模拟部分 | 第63-65页 |
| ·实验部分 | 第65-68页 |
| ·结果与讨论 | 第68-81页 |
| ·氨基酸定位 | 第68-70页 |
| ·分子对接 | 第70-72页 |
| ·配基与t-PA 之间的亲和作用力分析 | 第72-74页 |
| ·分子动力学模拟对四肽QDES 与t-PA 受体腔亲和力的分析 | 第74-79页 |
| ·从猪心粗提液中分离纯化t-PA | 第79-81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| 第四章 海藻糖促进或抑制β-hairpin 折叠的分子动力学研究 | 第82-99页 |
| ·前言 | 第82-83页 |
| ·模型系统与方法 | 第83-86页 |
| ·MD 模拟体系构建及模拟过程 | 第83-84页 |
| ·模拟参数设置 | 第84-85页 |
| ·数据分析 | 第85-86页 |
| ·结果与讨论 | 第86-98页 |
| ·多肽在不同浓度海藻糖溶液中折叠的性质 | 第86-87页 |
| ·海藻糖分子对多肽折叠的影响 | 第87-89页 |
| ·多肽折叠的自由能势能面分析 | 第89-96页 |
| ·氢键分析 | 第96-98页 |
| ·小结 | 第98-99页 |
| 第五章 海藻糖抑制Aβ16-22聚集沉淀的分子动力学研究 | 第99-125页 |
| ·引言 | 第99-100页 |
| ·模型和方法 | 第100-103页 |
| ·模拟体系 | 第100-101页 |
| ·模拟参数设置 | 第101页 |
| ·分析方法 | 第101-103页 |
| ·结果与讨论 | 第103-123页 |
| ·海藻糖抑制三个Aβ16-22 单体的聚集沉淀 | 第103-112页 |
| ·海藻糖抑制Aβ16-22 单体向三聚体的聚集沉淀 | 第112-120页 |
| ·海藻糖对Aβ16-22 三聚体聚集沉淀的抑制 | 第120-123页 |
| ·小结 | 第123-125页 |
| 第六章 海藻糖抑制Aβ40和Aβ42构象转变的分子动力学研究 | 第125-142页 |
| ·引言 | 第125页 |
| ·模型系统和方法 | 第125-128页 |
| ·MD 模拟体系 | 第125-127页 |
| ·分子动力学模拟参数设置 | 第127页 |
| ·数据分析方法 | 第127-128页 |
| ·结果和讨论 | 第128-141页 |
| ·Aβ40 和Aβ42 在不同浓度海藻糖溶液中的二级结构分析 | 第128-131页 |
| ·溶液接触面积 | 第131-133页 |
| ·多肽侧链接触图 | 第133-135页 |
| ·优先水合作用分析 | 第135-137页 |
| ·二面角主成分自由能势能面分析 | 第137-141页 |
| ·小结 | 第141-142页 |
| 第七章 结论与展望 | 第142-147页 |
| ·本文总结 | 第142-143页 |
| ·创新点 | 第143-144页 |
| ·未来工作的建议与展望 | 第144-147页 |
| 参考文献 | 第147-169页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第169-171页 |
| 致谢 | 第171页 |
