| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| DEDICATIONS | 第8-17页 |
| Abbreviations | 第17-19页 |
| CHAPTER 1: INTRODUCTION | 第19-48页 |
| 1.1 Plant breeding in the modern era | 第19-20页 |
| 1.2 Cotton origin and domestication | 第20-21页 |
| 1.3 Current status of cotton production | 第21-22页 |
| 1.4 Spectrum of genetic diversity | 第22-24页 |
| 1.5 Genetic diversity in the cultivated cottons | 第24-27页 |
| 1.6 Hybrid vigor | 第27-33页 |
| 1.6.1 Dominance model of heterosis | 第27-28页 |
| 1.6.2 Overdominance model of heterosis | 第28-30页 |
| 1.6.3 Prediction of heterosis | 第30-31页 |
| 1.6.4 Phenotypic data-based prediction of heterosis | 第31-32页 |
| 1.6.5 Molecular marker-based prediction of heterosis | 第32-33页 |
| 1.7 Cotton as a model crop for heterosis | 第33-36页 |
| 1.8 Significance of F1 for commercial production of cotton | 第36-37页 |
| 1.9 Cotton research updates and advances | 第37-42页 |
| 1.9.1 Advanced mapping and sequencing technologies | 第37-38页 |
| 1.9.2 Single nucleotide polymorphisms (SNPs) | 第38-39页 |
| 1.9.3 RAD Sequencing | 第39-40页 |
| 1.9.4 Successful achievements of whole genomes assembling | 第40-41页 |
| 1.9.5 Transcriptomics and gossypomics | 第41-42页 |
| 1.10 Justifications for approaching GWAS | 第42-46页 |
| Objectives of Research | 第46-48页 |
| CHAPTER 2: MATERIALS AND METHODS. | 第48-64页 |
| 2.1 Association mapping panel construction | 第48页 |
| 2.2 Mating design | 第48页 |
| 2.3 Experimental locations | 第48-49页 |
| 2.4 Experimental design and procedures | 第49-50页 |
| 2.5 Data collection of phenotypic traits | 第50-54页 |
| 2.5.1 Plant height (cm) | 第51页 |
| 2.5.2 Bolls per plant (no.) | 第51页 |
| 2.5.3 Boll weight (g) | 第51页 |
| 2.5.4 Lint percentage (%) | 第51页 |
| 2.5.5 Fiber length (mm) | 第51-52页 |
| 2.5.6 Micronaire value (μg inch-1) | 第52页 |
| 2.5.7 Fiber strength (g tex-1) | 第52页 |
| 2.5.8 Fiber elongation (%) | 第52-53页 |
| 2.5.9 Length uniformity index (%) | 第53页 |
| 2.5.10 Fiber uniformity ratio (%) | 第53-54页 |
| 2.6 Microsatellites genotyping | 第54-56页 |
| 2.6.1 DNA quantification and qualification | 第54-55页 |
| 2.6.2 Polymerase chain reaction and electrophoresis | 第55-56页 |
| 2.7 SNP genotyping | 第56页 |
| 2.7.1 DNA extraction | 第56页 |
| 2.7.2 Sample preparation for RAD sequencing | 第56页 |
| 2.8 Phenotypic data analysis | 第56-59页 |
| 2.8.1 Principal component analysis | 第57-59页 |
| 2.9 Genotypic data analysis of microsatellites | 第59-61页 |
| 2.9.1 Population structure | 第59-60页 |
| 2.9.2 Linkage disequilibrium | 第60页 |
| 2.9.3 Association analysis and superior allele identification | 第60-61页 |
| 2.10 Genotypic data analysis of SNPs | 第61-64页 |
| 2.10.1 Alignment and genotyping | 第61-62页 |
| 2.10.2 Population genetic analysis and GWAS | 第62页 |
| 2.10.3 Haplotype block analysis | 第62-63页 |
| 2.10.4 Candidate gene finding | 第63-64页 |
| CHAPTER 3: RESULTS | 第64-118页 |
| 3.1 Phenotypic data analysis | 第64-73页 |
| 3.1.1 Summary statistics of phenotypic data | 第64页 |
| 3.1.2 Correlation (r) matrix (Pearson (n)) | 第64-65页 |
| 3.1.3 Principal component analysis | 第65-73页 |
| 3.2 Genotypic data analysis of microsatellites | 第73-86页 |
| 3.2.1 Population structure | 第73页 |
| 3.2.2 Linkage disequilibrium analysis | 第73-76页 |
| 3.2.3 Association studies between microsatellites and phenotypic traits | 第76页 |
| 3.2.4 Traits associated with microsatellites | 第76-84页 |
| 3.2.5 Discovery of favorable alleles | 第84-86页 |
| 3.3 Genotypic data analysis of SNPs | 第86-118页 |
| 3.3.1 Population structure | 第86-88页 |
| 3.3.2 Genetic variation based on SNPs | 第88-91页 |
| 3.3.3 Common SNPs among F1 sets | 第91页 |
| 3.3.4 Common QTNs among variables | 第91-93页 |
| 3.3.4.1 h QTNs with additive effects | 第92页 |
| 3.3.4.2 QTNs with dominant effects | 第92页 |
| 3.3.4.3 h QTNs with additive × dominant effects | 第92页 |
| 3.3.4.4 QTN with additive × additive effect | 第92-93页 |
| 3.3.5 Significant associations for pleiotropic and unique SNPs | 第93-99页 |
| 3.3.6 Mining of associated key SNPs | 第99-101页 |
| 3.3.7 Identified hotspot genomic regions | 第101-102页 |
| 3.3.8 Identification of candidate genes associated with SNPs | 第102-118页 |
| CHAPTER 4: DISCUSSIONS | 第118-123页 |
| 4.1 Breeding design and phenotyping | 第118-120页 |
| 4.2 Heterosis related loci identified with microsatellites and SNPs | 第120-121页 |
| 4.3 Usefulness of germplasm used | 第121-123页 |
| CONCLUSIONS | 第123-124页 |
| References (参考文献) | 第124-143页 |
| Acknowledgements | 第143-145页 |
| Curriculum Vitae (个人简介) | 第145-147页 |
| Appendices | 第147-192页 |
