| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| 1.1 阿尔戈蛋白介绍 | 第10-11页 |
| 1.2 蛋白Ago绑定的小核苷酸简介 | 第11-13页 |
| 1.3 Ago蛋白的研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3.1 真核Ago蛋白 | 第13-14页 |
| 1.3.2 原核Ago蛋白 | 第14-15页 |
| 1.4 本文的工作和结构 | 第15-17页 |
| 第二章 AGO蛋白识别及其结构域注释工具的开发 | 第17-32页 |
| 2.1 研究背景 | 第17-19页 |
| 2.2 材料与方法 | 第19-22页 |
| 2.2.1 BLAST | 第19-20页 |
| 2.2.2 MUSCLE | 第20-21页 |
| 2.2.3 Ago蛋白BLAST数据库构建 | 第21页 |
| 2.2.4 Ago蛋白多序列比对参考序列集构建 | 第21页 |
| 2.2.5 Ago蛋白的结构域模板边界确定 | 第21-22页 |
| 2.2.6 AGONOTES工具的实现 | 第22页 |
| 2.3 结果与分析 | 第22-26页 |
| 2.3.1 AGONOTES工具使用说明 | 第22-23页 |
| 2.3.2 Ago蛋白的识别 | 第23-25页 |
| 2.3.3 Ago蛋白结构域的划分 | 第25-26页 |
| 2.4 AGONOTES工具评估 | 第26-30页 |
| 2.5 案例研究 | 第30-31页 |
| 2.6 本章小结 | 第31-32页 |
| 第三章 AGO蛋白三维结构建模 | 第32-42页 |
| 3.1 研究背景 | 第32-34页 |
| 3.2 材料与方法 | 第34-38页 |
| 3.2.1 Ago蛋白及PIWI蛋白PDB数据收集 | 第34页 |
| 3.2.2 建立本地Ago蛋白及PIWI蛋白PIR数据库 | 第34-35页 |
| 3.2.3 打分矩阵BLOSUM | 第35页 |
| 3.2.4 构建蛋白的三维结构 | 第35-37页 |
| 3.2.5 AGO3D在线服务的实现 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与分析 | 第38-39页 |
| 3.3.1 AGO3D在线服务使用说明 | 第38页 |
| 3.3.2 Ago蛋白三维结构预测及展示 | 第38-39页 |
| 3.4 AGO3D与现有工具的比较 | 第39-40页 |
| 3.5 本章小结 | 第40-42页 |
| 第四章 寻找潜在的AGO蛋白 | 第42-49页 |
| 4.1 研究背景 | 第42页 |
| 4.2 材料和方法 | 第42-43页 |
| 4.2.1 寻找潜在的Ago蛋白 | 第42页 |
| 4.2.2 系统发育树构建 | 第42-43页 |
| 4.2.3 潜在Ago蛋白序列保守位点分析 | 第43页 |
| 4.3 结果与分析 | 第43-48页 |
| 4.3.1 潜在Ago蛋白的在细菌中的分布 | 第43-44页 |
| 4.3.2 潜在原核Ago蛋白的保守氨基酸 | 第44-48页 |
| 4.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第五章 总结和展望 | 第49-51页 |
| 5.1 本文总结 | 第49-50页 |
| 5.2 工作展望 | 第50-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-59页 |
| 攻读硕士期间研究成果 | 第59页 |