| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第16-26页 |
| 1.1 研究内容简介 | 第16-18页 |
| 1.1.1 大西洋鲑 | 第16-17页 |
| 1.1.2 杀鲑气单胞菌 | 第17-18页 |
| 1.2 杀鲑气单胞菌在大西洋鲑中的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.2.1 杀鲑气单胞菌致病机制研究 | 第18-19页 |
| 1.3 代谢组学相关研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4 蛋白质组学相关研究进展 | 第20-21页 |
| 1.5 磷酸化蛋白质组学的研究进展 | 第21页 |
| 1.6 本研究的目的意义与研究思路 | 第21-26页 |
| 1.6.1 目的与意义 | 第21-22页 |
| 1.6.2 科学问题 | 第22页 |
| 1.6.3 研究内容与技术路线 | 第22-24页 |
| 1.6.4 预期成果 | 第24页 |
| 1.6.5 本章小结 | 第24-26页 |
| 第二章 ~1H核磁共振(NMR)光谱法分析感染A. salmonocida的大西洋鲑肾脏中差异代谢物的情况 | 第26-42页 |
| 2.1 前言 | 第26页 |
| 2.2 材料与方法 | 第26-30页 |
| 2.2.1 杀鲑气单胞菌的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.2 杀鲑气单胞菌感染大西洋鲑并提取组织 | 第27页 |
| 2.2.3 实时定量PCR（RT-qPCR）定量杀鲑气单胞菌 | 第27-28页 |
| 2.2.4 ~1H核磁共振（NMR）光谱分析法分析大西洋鲑的肾脏组织 | 第28-29页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第29-30页 |
| 2.3 实验结果 | 第30-39页 |
| 2.3.1 RT-q PCR检测大西洋鲑感染杀鲑气单胞菌的结果 | 第30-31页 |
| 2.3.2 ~1H核磁共振（NMR）光谱分析法分析肾脏组织 | 第31-33页 |
| 2.3.3 多元化分析 | 第33-39页 |
| 2.4 讨论 | 第39-41页 |
| 2.5 本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 通过蛋白质组学中的iTRAQ技术分析感染A. salmonocida的大西洋鲑肾脏中差异蛋白的情况 | 第42-68页 |
| 3.1 前言 | 第42页 |
| 3.2 材料与方法 | 第42-48页 |
| 3.2.1 杀鲑气单胞菌的提取 | 第42页 |
| 3.2.2 大西洋鲑感染实验和肾脏组织的提取 | 第42-43页 |
| 3.2.3 RT-qPCR定量杀鲑气单胞菌 | 第43页 |
| 3.2.4 大西洋鲑肾脏组织中总蛋白的提取和胰蛋白酶水解蛋白 | 第43-44页 |
| 3.2.5 iTRAQ标记样品及蛋白质组学分析 | 第44-45页 |
| 3.2.6 构建蛋白功能网络互作图 | 第45页 |
| 3.2.7 实时定量PCR分析基因表达 | 第45-48页 |
| 3.3 实验结果 | 第48-64页 |
| 3.3.1 RT-qPCR检测大西洋鲑感染杀鲑气单胞菌的结果 | 第48-49页 |
| 3.3.2 蛋白的鉴定及功能注释 | 第49-56页 |
| 3.3.3 蛋白网络互作分析 | 第56-62页 |
| 3.3.4 RT-qPCR分析基因的转录表达 | 第62-64页 |
| 3.4 讨论 | 第64-67页 |
| 3.4.1 对蛋白互作图中筛选的9种蛋白的功能分析及预测 | 第64-66页 |
| 3.4.2 对蛋白互作图中其他蛋白进行功能分析及预测 | 第66-67页 |
| 3.5 本章小结 | 第67-68页 |
| 第四章 研究ALDH7A1蛋白在感染A. salmonocida的大西洋鲑肾脏中的作用 | 第68-98页 |
| 4.1 前言 | 第68页 |
| 4.2 材料与方法 | 第68-77页 |
| 4.2.1 杀鲑气单胞菌的提取 | 第68-69页 |
| 4.2.2 实验所用大西洋鲑 | 第69页 |
| 4.2.3 序列分析 | 第69页 |
| 4.2.4 原核表达ALDH7A1蛋白 | 第69-75页 |
| 4.2.5 ELISA分析rALDH7A1与A. salmonicida的相互作用 | 第75-76页 |
| 4.2.6 定量大西洋鲑不同组织中ALDH7A1的基因表达量 | 第76页 |
| 4.2.7 大西洋鲑体外感染实验 | 第76-77页 |
| 4.2.8 大西洋鲑体累积死亡率实验分析 | 第77页 |
| 4.3 结果 | 第77-94页 |
| 4.3.1 ALDH7A1蛋白的序列分析 | 第77-80页 |
| 4.3.2 rALDH7A1蛋白的验证即其与A salmonicida的结合 | 第80-81页 |
| 4.3.3 ALDH7A1在大西洋鲑各组织中的表达情况 | 第81-82页 |
| 4.3.4 检测大西洋鲑中A. salmonicida的感染情况 | 第82-84页 |
| 4.3.5 NF-kB,P-38 MAPK,Caspase-3和TNF-α在大西洋鲑的肾、肝和脾三个组织中的基因相对表达量 | 第84-92页 |
| 4.3.6 rALDH7A1蛋白对感染杀鲑气单胞菌的大西洋鲑的影响（累积死亡率） | 第92-94页 |
| 4.4 讨论 | 第94-96页 |
| 4.5 本章小结 | 第96-98页 |
| 第五章 通过磷酸化蛋白质组学分析感染A. salmonocida的大西洋鲑肾脏中差异磷酸化蛋白及磷酸化位点的情况 | 第98-122页 |
| 5.1 前言 | 第98页 |
| 5.2 材料与方法 | 第98-100页 |
| 5.2.1 杀鲑气单胞菌的提取 | 第98-99页 |
| 5.2.2 大西洋鲑感染实验和肾脏组织的提取 | 第99页 |
| 5.2.3 RT-qPCR定量杀鲑气单胞菌 | 第99页 |
| 5.2.4 蛋白的提取和胰蛋白酶的肽段水解 | 第99页 |
| 5.2.5 TMT标记蛋白并进行磷酸化蛋白质组的数据分析 | 第99-100页 |
| 5.2.6 对磷酸化激酶和基序进行分析 | 第100页 |
| 5.3 实验结果 | 第100-117页 |
| 5.3.1 多元化分析磷酸化蛋白质组学 | 第100-111页 |
| 5.3.2 Motif和蛋白激酶分析 | 第111-114页 |
| 5.3.3 磷酸化蛋白网络分析 | 第114-117页 |
| 5.4 讨论 | 第117-120页 |
| 5.5 本章小结 | 第120-122页 |
| 第六章 总结与展望 | 第122-126页 |
| 6.1 总结 | 第122-123页 |
| 6.2 创新性 | 第123页 |
| 6.3 存在问题 | 第123-124页 |
| 6.4 研究展望 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-138页 |
| 致谢 | 第138-140页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第140-141页 |
