| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 目录 | 第16-20页 |
| 1 绪论 | 第20-48页 |
| 1.1 玉米病毒研究进展 | 第20-27页 |
| 1.1.1 引起玉米病毒病害的主要病毒 | 第20-25页 |
| 1.1.2 植物病毒协生作用研究进展 | 第25-27页 |
| 1.2 植物病毒检测技术研究进展 | 第27-42页 |
| 1.2.1 生物学检测法 | 第27页 |
| 1.2.2 电子显微镜检测法 | 第27-29页 |
| 1.2.3 血清学检测法 | 第29-30页 |
| 1.2.4 分子生物学检测法 | 第30-34页 |
| 1.2.5 第二代测序(Next-generation sequencing,NGS)检测法 | 第34-42页 |
| 1.3 植物miRNA概况及研究进展 | 第42-48页 |
| 1.3.1 植物miRNA的形成 | 第43-44页 |
| 1.3.2 植物miRNA的作用机制及其生物学功能 | 第44页 |
| 1.3.3 植物miRNA的研究方法 | 第44-48页 |
| 2 实验方法 | 第48-65页 |
| 2.1 实验材料与仪器 | 第48-49页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第48页 |
| 2.1.2 试剂与仪器 | 第48-49页 |
| 2.2 常用的分子生物学技术 | 第49-62页 |
| 2.2.1 普通PCR | 第49页 |
| 2.2.2 PCR产物回收纯化 | 第49-50页 |
| 2.2.3 质粒提取 | 第50-51页 |
| 2.2.4 连接反应 | 第51-52页 |
| 2.2.5 感受态细胞的制备 | 第52页 |
| 2.2.6 转化 | 第52-53页 |
| 2.2.7 菌落PCR鉴定重组质粒 | 第53页 |
| 2.2.8 酶切鉴定重组质粒 | 第53页 |
| 2.2.9 RACE-PCR(Rapid Amplification of cDNA Ends-PCR) | 第53-56页 |
| 2.2.10 玉米叶片总RNA的提取 | 第56-58页 |
| 2.2.11 Northern印迹分析(Northern Blot) | 第58-60页 |
| 2.2.12 植物RNA的反转录(参考天根试剂盒产品说明书) | 第60-61页 |
| 2.2.13 Western印迹分析(Western Blot) | 第61-62页 |
| 2.2.14 酶联免疫吸附实验(Enzyme-linked Immunosorbent Assay,ELISA) | 第62页 |
| 2.3 生物信息学分析 | 第62-65页 |
| 2.3.1 原始数据处理及分析 | 第62-63页 |
| 2.3.2 病毒来源的小RNA分析 | 第63-64页 |
| 2.3.3 序列分析及系统进化树构建 | 第64页 |
| 2.3.4 基因组结构分析及假结预测 | 第64页 |
| 2.3.5 病毒的分子变异进化分析 | 第64-65页 |
| 3 利用小RNA深度测序技术鉴定玉米病毒 | 第65-137页 |
| 3.1 材料和方法 | 第65-74页 |
| 3.1.1 样品的采集和处理 | 第65页 |
| 3.1.2 小RNA深度测序样品的准备及样品送测 | 第65-67页 |
| 3.1.3 小RNA深度测序结果分析 | 第67-68页 |
| 3.1.4 病毒侵染性克隆的构建 | 第68-71页 |
| 3.1.5 病毒编码的沉默抑制子研究 | 第71-74页 |
| 3.2 结果与分析 | 第74-134页 |
| 3.2.1 小RNA深度测序鉴定未知的玉米RNA病毒 | 第74-119页 |
| 3.2.2 小RNA深度测序鉴定已知的玉米DNA病毒 | 第119-128页 |
| 3.2.3 小RNA深度测序鉴定已知的玉米病毒 | 第128-130页 |
| 3.2.4 田间样品病毒复合侵染情况分析 | 第130-134页 |
| 3.3 讨论 | 第134-137页 |
| 4 玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)侵染玉米的小RNA分析 | 第137-165页 |
| 4.1 材料与方法 | 第137-142页 |
| 4.1.1 实验材料及样品的收集处理 | 第137页 |
| 4.1.2 样品的准备与RNA提取 | 第137页 |
| 4.1.3 玉米小RNA文库的构建和Illumia测序 | 第137-138页 |
| 4.1.4 小RNA深度测序数据分析 | 第138-140页 |
| 4.1.5 荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达miRNA | 第140-142页 |
| 4.2 结果与分析 | 第142-164页 |
| 4.2.1 病毒侵染植株症状及ELISA检测病毒滴度 | 第142-143页 |
| 4.2.2 数据质量及长度分布 | 第143-144页 |
| 4.2.3 公共的及特有的序列 | 第144-145页 |
| 4.2.4 基因组比对 | 第145-146页 |
| 4.2.5 已知miRNA的分析 | 第146-153页 |
| 4.2.6 新的miRNA及其靶基因预测 | 第153-157页 |
| 4.2.7 qRT-PCR验证差异表达的miRNA和新的miRNA | 第157-159页 |
| 4.2.8 病毒来源的siRNA分析 | 第159-164页 |
| 4.3 讨论 | 第164-165页 |
| 5 玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)和甘蔗花叶病毒(SCMV)复合侵染玉米的小RNA分析 | 第165-195页 |
| 5.1 材料与方法 | 第166-167页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第166页 |
| 5.1.2 毒源 | 第166页 |
| 5.1.3 样品的准备与RNA提取 | 第166-167页 |
| 5.1.4 小RNA文库的构建和Illumia测序 | 第167页 |
| 5.1.5 小RNA深度测序数据分析 | 第167页 |
| 5.2 结果与分析 | 第167-192页 |
| 5.2.1 SCMV毒源的分离 | 第167-168页 |
| 5.2.2 病毒侵染植株症状及ELISA检测病毒滴度 | 第168-170页 |
| 5.2.3 数据质量及长度分布 | 第170-171页 |
| 5.2.4 公共的及特有的序列 | 第171-172页 |
| 5.2.5 基因组的比对 | 第172页 |
| 5.2.6 已知miRNA的分析 | 第172-181页 |
| 5.2.7 新的miRNA及其靶基因预测 | 第181-189页 |
| 5.2.8 qRT-PCR验证实验结果 | 第189页 |
| 5.2.9 病毒来源的小RNA的热点区分析 | 第189-192页 |
| 5.3 讨论 | 第192-195页 |
| 附录Ⅰ 参考文献 | 第195-215页 |
| 附录Ⅱ 本论文所用病毒缩写及中英文对照 | 第215-216页 |
| 附录Ⅲ 常用缓冲液和培养基配方 | 第216-222页 |
| 附录Ⅳ 本论文所用术语缩写词及中英文对照 | 第222-224页 |
