| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 缩略词 | 第11-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-31页 |
| ·概述 | 第15-16页 |
| ·链霉菌基因组学研究进展 | 第16-26页 |
| ·链霉菌基因组的特性 | 第17-21页 |
| ·链霉菌转录组学研究进展 | 第21-24页 |
| ·链霉菌蛋白组学研究进展 | 第24-26页 |
| ·膜复合蛋白SecDF研究进展 | 第26-29页 |
| ·链霉菌生物学研究走向系统生物学 | 第29-30页 |
| ·本论文主要研究内容 | 第30-31页 |
| 第2章 链霉菌基因组可塑性及系统进化 | 第31-59页 |
| ·引言 | 第31-32页 |
| ·材料与方法 | 第32-33页 |
| ·基因组数据 | 第32页 |
| ·序列相似性比对及同源基因家族鉴定 | 第32-33页 |
| ·功能分类分析 | 第33页 |
| ·结果与讨论 | 第33-57页 |
| ·泛基因组含有17,362同源基因家族 | 第33-34页 |
| ·链霉菌基因组成分定位分析 | 第34-40页 |
| ·链霉菌核心基因组 | 第40-49页 |
| ·链霉菌谱系特异性扩增 | 第49-57页 |
| ·本章小结 | 第57-59页 |
| 第3章 链霉菌sigma因子介导的基因转录调控网络 | 第59-79页 |
| ·引言 | 第59-60页 |
| ·材料与方法 | 第60-61页 |
| ·sigma因子鉴定及分类 | 第60页 |
| ·sigma因子序列相似性分析及同源家族分类 | 第60页 |
| ·相互作用网络分析 | 第60-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-77页 |
| ·链霉菌sigma因子分类 | 第61-63页 |
| ·链霉菌sigma基因家族鉴定 | 第63-69页 |
| ·链霉菌sigma因子相互作用蛋白分析 | 第69-77页 |
| ·本章小结 | 第77-79页 |
| 第4章 链霉菌转运分泌网络 | 第79-103页 |
| ·引言 | 第79-80页 |
| ·材料与方法 | 第80-81页 |
| ·基因组数据及转运蛋白家族分类数据 | 第80页 |
| ·转运蛋白鉴定及分类 | 第80-81页 |
| ·转运蛋白保守结构域分析 | 第81页 |
| ·转运蛋白跨膜结构分析 | 第81页 |
| ·转运蛋白底物分析 | 第81页 |
| ·结果与讨论 | 第81-101页 |
| ·链霉菌转运蛋白鉴定 | 第81-82页 |
| ·链霉菌转运蛋白跨膜结构分析 | 第82-85页 |
| ·链霉菌转运蛋白家族分类 | 第85-96页 |
| ·链霉菌转运蛋白底物分布 | 第96-98页 |
| ·链霉菌蛋白质分泌系统 | 第98-101页 |
| ·本章小结 | 第101-103页 |
| 第5章 SecD/F进化与功能分析 | 第103-129页 |
| ·引言 | 第103-104页 |
| ·材料与方法 | 第104-115页 |
| ·菌株、质粒、引物、主要仪器及设备 | 第104-107页 |
| ·培养基及培养条件 | 第107-109页 |
| ·大肠杆菌相关基因克隆实验技术 | 第109-110页 |
| ·链霉菌基因组DNA抽提 | 第110页 |
| ·链霉菌质粒的构建及转化 | 第110-111页 |
| ·链霉菌基因敲除株的构建及验证 | 第111-112页 |
| ·链霉菌总RNA抽提及检测 | 第112-113页 |
| ·链霉菌胞内及胞外蛋白提取及检测 | 第113-114页 |
| ·报告蛋白检测方法 | 第114-115页 |
| ·分子进化分析方法 | 第115页 |
| ·结果与讨论 | 第115-127页 |
| ·链霉菌secD/F同源基因分子进化 | 第115-118页 |
| ·S coelicolor secD/F同源基因敲除及验证 | 第118-119页 |
| ·S coelicolor secD/F同源基因缺失株表型分析 | 第119-121页 |
| ·S coelicolor secD/F同源基因功能分化 | 第121-123页 |
| ·S coelicolor secD/F同源基因表达分化 | 第123-127页 |
| ·本章小结 | 第127-129页 |
| 第6章 结论与展望 | 第129-131页 |
| ·本文研究成果 | 第129-130页 |
| ·后续研究展望 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-145页 |
| 攻读博士学位期间的主要研究成果 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146页 |
