| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1.1 极端嗜酸微生物的生态多样性 | 第13-15页 |
| 1.1.1 极端嗜酸微生物概述 | 第13-14页 |
| 1.1.2 极端嗜酸微生物的生态多样性 | 第14-15页 |
| 1.2 极端嗜酸微生物的系统发育及多样性 | 第15-17页 |
| 1.2.1 极端嗜酸微生物的系统发育 | 第15页 |
| 1.2.2 极端嗜酸微生物的多样性 | 第15-17页 |
| 1.3 微生物地理学及AMD微生物群落结构 | 第17-18页 |
| 1.3.1 微生物地理学 | 第17页 |
| 1.3.2 AMD微生物群落结构 | 第17-18页 |
| 1.4 微生物群落结构的研究方法 | 第18-21页 |
| 1.4.1 研究微生物群落结构的一般方法和原理 | 第18-21页 |
| 1.4.2 高通量测序在研究极端嗜酸微生物群落结构中的应用 | 第21页 |
| 1.5 近缘微生物群体遗传及微进化 | 第21-22页 |
| 1.5.1 近缘微生物群体遗传 | 第21-22页 |
| 1.5.2 微进化 | 第22页 |
| 1.6 研究目的意义及主要内容 | 第22-23页 |
| 1.6.1 研究目的意义 | 第22-23页 |
| 1.6.2 主要研究内容 | 第23页 |
| 1.7 技术路线 | 第23-24页 |
| 第二章 基于高通量测序技术对AMD微生物群落结构的研究 | 第24-38页 |
| 2.1 材料和方法 | 第24-26页 |
| 2.1.1 样地描述及样品采集 | 第24-25页 |
| 2.1.2 主要仪器和试剂 | 第25页 |
| 2.1.3 理化因子测定 | 第25-26页 |
| 2.1.4 样品总DNA抽提和纯化 | 第26页 |
| 2.1.5 16S rRNA基因高通量测序 | 第26页 |
| 2.2 数据分析 | 第26-27页 |
| 2.3 结果分析 | 第27-35页 |
| 2.3.1 AMD理化参数 | 第27-28页 |
| 2.3.2 高通量测序数据质控及分析 | 第28-29页 |
| 2.3.3 AMD样品细菌群落多样性分析 | 第29-30页 |
| 2.3.4 基于高通量测序的高层次分类单元门水平上的群落结构 | 第30-31页 |
| 2.3.5 AMD样品细菌多样性指数和优势属水平上群落结构 | 第31-33页 |
| 2.3.6 AMD样品细菌群落相似性分析 | 第33页 |
| 2.3.7 AMD样品中细菌群落结构的环境分异 | 第33-35页 |
| 2.4 讨论 | 第35-36页 |
| 本章小结 | 第36-38页 |
| 第三章 嗜酸Acidothiobacillus的分离、筛选、纯化及鉴定 | 第38-47页 |
| 3.1 材料和方法 | 第38-41页 |
| 3.1.1 材料 | 第38页 |
| 3.1.2 试验培养基 | 第38-39页 |
| 3.1.3 主要仪器和试剂 | 第39页 |
| 3.1.4 嗜酸Acidothiobacillus的分离、筛选和纯化 | 第39-40页 |
| 3.1.5 嗜酸Acidothiobacillus的保藏 | 第40页 |
| 3.1.6 嗜酸Acidothiobacillus菌株DNA提取 | 第40页 |
| 3.1.7 嗜酸Acidothiobacillus的鉴定 | 第40-41页 |
| 3.2 数据处理 | 第41页 |
| 3.3 结果分析 | 第41-45页 |
| 3.3.1 嗜酸Acidothiobacillus分离结果 | 第41-43页 |
| 3.3.2 ITS序列扩增结果 | 第43-45页 |
| 3.3.3 基于ITS序列的系统发育分析 | 第45页 |
| 3.4 讨论 | 第45-46页 |
| 本章小结 | 第46-47页 |
| 第四章 嗜酸Acidothiobacillus种群的基因型地理分布格局 | 第47-57页 |
| 4.1 材料和方法 | 第47-50页 |
| 4.1.1 试验菌株 | 第47-48页 |
| 4.1.2 主要仪器和试剂 | 第48页 |
| 4.1.3 rep-PCR扩增及电泳 | 第48-49页 |
| 4.1.4 多位点序列分型 | 第49-50页 |
| 4.2 数据处理 | 第50页 |
| 4.3 结果分析 | 第50-55页 |
| 4.3.1 rep-PCR聚类分析 | 第50-53页 |
| 4.3.2 MLST分析 | 第53-55页 |
| 4.4 讨论 | 第55-56页 |
| 本章小结 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-66页 |
| 附录 | 第66-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 作者简介 | 第71-72页 |
| 附件 | 第72页 |
