| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 英文缩略词表 | 第14-15页 |
| 引言 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-25页 |
| 综述一 布鲁氏菌病致病机制的研究进展 | 第16-21页 |
| 1 布鲁氏菌病的危害 | 第16页 |
| 2 布鲁氏菌的生物学特征、分类及致病过程 | 第16-17页 |
| 3 布鲁氏菌的毒力研究现状 | 第17-21页 |
| 3.1 表面因子 | 第18页 |
| 3.2 二元调控系统 | 第18-19页 |
| 3.3 IV型分泌系统 | 第19页 |
| 3.4 密度感应系统 | 第19-20页 |
| 3.5 磷酸转移酶系统 | 第20-21页 |
| 综述二 转录组和蛋白组相关知识介绍 | 第21-25页 |
| 1 RNA-seq技术与细菌转录组学研究进展 | 第21-23页 |
| 1.1 转录组测序技术介绍 | 第21-22页 |
| 1.1.1 转录组测序的一般步骤 | 第21页 |
| 1.1.2 高质量RNA的获得 | 第21-22页 |
| 1.1.3 文库的构建 | 第22页 |
| 1.1.4 高通量测序和数据分析 | 第22页 |
| 1.2 细菌转录组学研究进展 | 第22-23页 |
| 2 蛋白组学的研究进展和主要技术简介 | 第23-25页 |
| 2.1 蛋白质组学的研究进展 | 第23页 |
| 2.2 蛋白质组学主要的技术简介 | 第23-25页 |
| 第二章 试验研究 | 第25-80页 |
| 试验一 羊种布鲁氏菌TCS TceS/TceR和TcfS/TcfR体外诱导高效表达条件的确定 | 第25-32页 |
| 1 材料与方法 | 第25-28页 |
| 1.1 材料 | 第25-26页 |
| 1.1.1 菌株和培养基 | 第25-26页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第26页 |
| 1.1.3 主要仪器 | 第26页 |
| 1.1.4 实验所需引物 | 第26页 |
| 1.2 方法 | 第26-28页 |
| 1.2.1 体外诱导最佳表达条件的确定 | 第27-28页 |
| 1.2.2 体外诱导最佳表达条件的刺激时间点的确定 | 第28页 |
| 2 结果 | 第28-31页 |
| 2.1 RNA提取结果 | 第28-29页 |
| 2.2 引物的特异性分析 | 第29页 |
| 2.3 最佳体外刺激环境的确定 | 第29-30页 |
| 2.4 体外诱导高效表达条件下最佳刺激时间点的确定 | 第30-31页 |
| 3 讨论 | 第31-32页 |
| 试验二 16M和突变株 16M△ TceSR和 16M△ TcfSR在体外诱导高效表达条件下的比较蛋白组学研究 | 第32-53页 |
| 1 材料与方法 | 第33-34页 |
| 1.1 材料 | 第33页 |
| 1.1.1 本实验需的菌株和培养基 | 第33页 |
| 1.1.2 试剂、材料和仪器 | 第33页 |
| 1.2 方法 | 第33-34页 |
| 1.2.1 亲本株 16M和突变株 16M△TceSR及 16M△TcfSR全菌蛋白样品的制备 | 第33-34页 |
| 1.2.2 FASP酶解 | 第34页 |
| 1.2.3 Q-Exactive LC-MS/MS质谱分析 | 第34页 |
| 1.2.4 质谱数据采集 | 第34页 |
| 1.2.5 数据分析 | 第34页 |
| 2 结果 | 第34-50页 |
| 2.1 亲本株与突变株中差异蛋白的筛选 | 第34-48页 |
| 2.2 差异蛋白的生物信息学分析结果 | 第48-50页 |
| 2.2.1 对样品 16M与 16M△ TceSR中鉴定到的总的差异蛋白进行生物学信息分析 | 第48-49页 |
| 2.2.2 对样品 16M与 16M△ TceSR中鉴定到的总的差异蛋白进行生物学信息分析 | 第49-50页 |
| 3 讨论 | 第50-53页 |
| 试验三 体外高效表达条件下TCS TceSR和TcfSR的转录组分析 | 第53-80页 |
| 1 材料与方法 | 第54-58页 |
| 1.1 材料 | 第54-55页 |
| 1.1.1 实验菌株、培养基 | 第54页 |
| 1.1.2 主要试剂与仪器 | 第54页 |
| 1.1.3 需要的软件介绍 | 第54-55页 |
| 1.2 方法 | 第55-58页 |
| 1.2.1 细菌体外诱导最佳表达条件下总RNA的提取 | 第55-56页 |
| 1.2.2 提取的总RNA的质量检测 | 第56页 |
| 1.2.3 文库构建 | 第56-57页 |
| 1.2.4 库检 | 第57页 |
| 1.2.5 上机测序 | 第57页 |
| 1.2.6 转录组分析 | 第57-58页 |
| 2 实验结果 | 第58-77页 |
| 2.1 用于转录组测序的RNA样品的质量检测结果 | 第58-59页 |
| 2.2 转录组结果分析 | 第59-77页 |
| 2.2.1 RNA-seq数据基础分析 | 第59页 |
| 2.2.2 全基因组定位分析 | 第59-60页 |
| 2.2.3 差异基因表达分析 | 第60-77页 |
| 3 讨论 | 第77-80页 |
| 3.1 亲本株 16M和突变株 16M△ TceSR的比较转录组 | 第77-78页 |
| 3.1.1 与二元调控系统相关的基因在 16M△ TceSR中富集性的低表达 | 第77-78页 |
| 3.1.2 与核糖体蛋白合成相关的基因在 16M△ TceSR中富集性的高表达 | 第78页 |
| 3.1.3 与ABC转运系统相关的基因在 16M△ TceSR中富集性的高表达 | 第78页 |
| 3.1.4 与碳代谢相关的基因在 16M△ TceSR中的表达也受到了影响 | 第78页 |
| 3.2 亲本株 16M和突变株 16M△ TcfSR的比较转录组 | 第78-80页 |
| 3.2.1 与核糖体蛋白合成相关的基因在 16M△ TcfSR中富集性的低表达 | 第79页 |
| 3.2.2 与T4SS分泌系统相关的基因在 16M△ TcfSR中富集性的高表达 | 第79页 |
| 3.2.3 与嘌呤、嘧啶代谢和DNA复制、修复以及RNA降解相关的基因的在 16M△ TcfSR中的表达也发生了变化 | 第79-80页 |
| 全文总结 | 第80-81页 |
| 创新点 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 作者简介 | 第91页 |
| 文章发表情况 | 第91-92页 |
| 附件 | 第92页 |
