| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第12-25页 |
| 1.1 家鸡肤色研究进展 | 第12-14页 |
| 1.1.1 浅色肤遗传机制概述 | 第12-13页 |
| 1.1.2 深色肤遗传机制概述 | 第13-14页 |
| 1.2 类胡萝卜素和BCDO2基因综述 | 第14-19页 |
| 1.2.1 类胡萝卜素综述 | 第14页 |
| 1.2.2 β-胡萝卜素研就进展 | 第14-16页 |
| 1.2.3 BCDO2基因综述 | 第16-18页 |
| 1.2.4 鸡BCDO2基因研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3 分子遗传标记及其在动物育种中的应用 | 第19-21页 |
| 1.4 表观遗传学概述及基因的甲基化研究进展 | 第21-25页 |
| 1.4.1 表观遗传学概述 | 第21-22页 |
| 1.4.2 表观遗传学的应用 | 第22-23页 |
| 1.4.3 DNA甲基化研究技术手段 | 第23页 |
| 1.4.4 鸡基因组DNA甲基化状态研究进展 | 第23-25页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-43页 |
| 2.1 试验材料 | 第25-28页 |
| 2.1.1 试验样品的来源及采样方法 | 第25-26页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第26页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第26-27页 |
| 2.1.4 主要试剂及耗材缓冲液及需要配制的试剂 | 第27页 |
| 2.1.5 主要试数据库和软件 | 第27-28页 |
| 2.2 SNPs分析的试验方法 | 第28-35页 |
| 2.2.1 鸡胫色黄度值b*值统计 | 第28页 |
| 2.2.2 血液基因组DNA提取 | 第28-29页 |
| 2.2.3 DNA模板质量检测 | 第29页 |
| 2.2.4 引物设计 | 第29-30页 |
| 2.2.5 PCR扩增 | 第30-31页 |
| 2.2.6 寻找SNPs | 第31-35页 |
| 2.3 BCDO2基因在不同组织中的差异表达 | 第35-39页 |
| 2.3.1 总RNA提取 | 第35-37页 |
| 2.3.2 RNA质量及浓度纯度检测 | 第37页 |
| 2.3.3 反转录 | 第37页 |
| 2.3.4 荧光定量引物设计 | 第37-38页 |
| 2.3.5 荧光定量标准曲线的绘制 | 第38-39页 |
| 2.4 启动子区甲基化检测试验方法 | 第39-43页 |
| 2.4.1 实验样品采集 | 第39页 |
| 2.4.2 动物组织全基因组DNA提取 | 第39-40页 |
| 2.4.3 重亚硫酸盐处理全基因组DNA | 第40-41页 |
| 2.4.4 BSP引物设计 | 第41-42页 |
| 2.4.5 BSP扩增 | 第42-43页 |
| 2.4.6 BSP产物测序与分析 | 第43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-70页 |
| 3.1 BCDO2基因SNPs分析及不同组织中的差异表达 | 第43-66页 |
| 3.1.1 血液基因组DNA提取结果 | 第43-44页 |
| 3.1.2 PCR扩增产物琼脂糖凝胶电泳图 | 第44-45页 |
| 3.1.3 PCR产物克隆测序结果分析 | 第45-47页 |
| 3.1.4 BCDO2基因SNPs群体遗传学分析 | 第47-60页 |
| 3.1.5 BCDO2基因各SNPs间的连锁平衡分析 | 第60-62页 |
| 3.1.6 各SNPs基因型与表型值颈部肤色黄度值（b*）的相关性分析 | 第62-63页 |
| 3.1.7 总RNA提取结果 | 第63-64页 |
| 3.1.8 实时荧光定量检测结果 | 第64-65页 |
| 3.1.9 BCDO2基因在不同组织间的差异表达 | 第65-66页 |
| 3.2 BCDO2基因启动子区CpG岛甲基化模式及其与表达量的关系 | 第66-70页 |
| 3.2.1 组织基因组DNA提取结果 | 第67-68页 |
| 3.2.2 BSP扩增产物琼脂糖凝胶电泳图 | 第68页 |
| 3.2.3 BCDO2基因启动子区甲基化模式分析 | 第68-69页 |
| 3.2.4 BCDO2基因启动子区甲基化模式与组织差异表达的关系 | 第69-70页 |
| 4 讨论 | 第70-74页 |
| 4.1 BCDO2基因与黄色皮肤的关系 | 第70-71页 |
| 4.2 SNPs与基因表达量的关系 | 第71-72页 |
| 4.3 启动子区CpG岛甲基化程度与基因表达量的关系 | 第72页 |
| 4.4 本研究不足之处 | 第72-74页 |
| 5 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 致谢 | 第81页 |
