| 中文摘要 | 第2-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 中文文摘 | 第8-17页 |
| 绪论 | 第17-29页 |
| 1 鳗鲡简介及其发展现状 | 第17页 |
| 2 肠道菌群在鱼体内的生理作用和意义 | 第17-20页 |
| 2.1 鱼类肠道微生物的特点 | 第17-18页 |
| 2.2 鱼类肠道微生物的作用 | 第18-20页 |
| 2.2.1 提供营养物质 | 第19页 |
| 2.2.2 生物防御功能 | 第19-20页 |
| 3 益生菌应用于水产养殖中 | 第20-23页 |
| 3.1 益生菌的定义 | 第20页 |
| 3.2 益生菌在水产养殖中的应用价值 | 第20-22页 |
| 3.2.1 增强鱼体抗病力 | 第21-22页 |
| 3.2.2 为宿主提供营养物质 | 第22页 |
| 3.2.3 改善养殖水质 | 第22页 |
| 3.3 益生菌在水产养殖中存在的问题及展望 | 第22-23页 |
| 4 病原菌在水产养殖业中的危害及治疗 | 第23-24页 |
| 5 肠道菌群结构的研究方法 | 第24-27页 |
| 5.1 基于纯培养的微生物多样性研究方法 | 第24-25页 |
| 5.2 基于分子生物学技术的微生物多样性研究方法 | 第25-27页 |
| 5.2.1 基于16S rRNA为基础的分类技术简介 | 第25-26页 |
| 5.2.2 基于16S rRNA为基础的分类技术 | 第26-27页 |
| 5.2.2.1 16S rRNA文库构建 | 第26页 |
| 5.2.2.2 限制性内切酶酶切片段长度多态性分析(RFLP) | 第26页 |
| 5.2.2.3 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第26-27页 |
| 5.2.2.4 高通量测序技术(High-throughput Sequencing) | 第27页 |
| 6 本课题的研究目的及意义 | 第27-29页 |
| 第一章 传统微生物分离纯培养方法 | 第29-37页 |
| 第一节 前言 | 第29页 |
| 第二节 材料和方法 | 第29-31页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-30页 |
| 2.2.1 供试鱼 | 第29页 |
| 2.2.2 试剂及培养基配制 | 第29-30页 |
| 2.2 供试鱼的饲养 | 第30页 |
| 2.3 实验方法 | 第30-31页 |
| 2.3.1 日本鳗鲡小肠内含物的提取 | 第30页 |
| 2.3.2 鳗鲡肠道微生物的分离 | 第30-31页 |
| 2.3.3 菌株DNA的提取 | 第31页 |
| 2.3.4 菌株16S rRNA基因的扩增 | 第31页 |
| 2.3.5 日本鳗鲡小肠细菌系统发育树的构建 | 第31页 |
| 第三节 结果与分析 | 第31-36页 |
| 3.1 日本鳗鲡小肠细菌的分离 | 第31-32页 |
| 3.2 菌株的纯化 | 第32-33页 |
| 3.3 菌株16S rRNA基因的扩增 | 第33页 |
| 3.4 菌株16S rRNA测序分析 | 第33-34页 |
| 3.5 系统进化树分析 | 第34-36页 |
| 第四节 小结与讨论 | 第36-37页 |
| 第二章 日本鳗鲡小肠菌群的PCR-DGGE研究分析 | 第37-47页 |
| 第一节 前言 | 第37页 |
| 第二节 材料和方法 | 第37-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-38页 |
| 2.1.1 供试鱼 | 第37页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第37页 |
| 2.1.3 主要试剂配置 | 第37-38页 |
| 2.1.4 引物设计与合成 | 第38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-41页 |
| 2.2.1 日本鳗鲡小肠内含物的提取 | 第38页 |
| 2.2.2 日本鳗鲡小肠细菌总DNA的提取 | 第38-39页 |
| 2.2.3 细菌16S rRNA基因V3可变区片段的PCR扩增 | 第39页 |
| 2.2.4 变性梯度凝胶电泳(Denatured Gradient Gel Electrophoresis,DGGE) | 第39-41页 |
| 2.2.4.1 配胶 | 第39-40页 |
| 2.2.4.2 电泳 | 第40页 |
| 2.2.4.3 银染 | 第40页 |
| 2.2.4.4 优势条带的割胶回收、克隆与测序 | 第40页 |
| 2.2.4.5 测序结果的多样性分析 | 第40-41页 |
| 第三节 结果与分析 | 第41-45页 |
| 3.1 日本鳗鲡小肠细菌16S rRNA基因V3可变区片段的PCR扩增 | 第41页 |
| 3.2 变性梯度凝胶电泳 | 第41-42页 |
| 3.3 细菌16S rRNA基因V3可变区序列分析 | 第42-45页 |
| 第四节 小结与讨论 | 第45-47页 |
| 第三章 日本鳗鲡小肠细菌16S rRNA基因V4高变区测序 | 第47-63页 |
| 第一节 前言 | 第47页 |
| 第二节 材料和方法 | 第47-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第47-48页 |
| 2.1.1 供试鱼 | 第47页 |
| 2.1.2 主要实验试剂 | 第47页 |
| 2.1.3 引物合成 | 第47-48页 |
| 2.2 供试鱼的饲养 | 第48页 |
| 2.3 实验方法 | 第48-49页 |
| 2.3.1 日本鳗鲡小肠内含物的提取 | 第48页 |
| 2.3.2 日本鳗鲡小肠细菌总DNA的提取 | 第48页 |
| 2.3.3 16S rRNA高通量测序分析日本鳗鲡小肠细菌 | 第48-49页 |
| 2.3.4 荧光定量PCR验证 | 第49页 |
| 第三节 结果与分析 | 第49-61页 |
| 3.1 日本鳗鲡小肠细菌总DNA的提取 | 第49页 |
| 3.2 日本鳗鲡小肠细菌16S rRNA基因V4高变区测序概述 | 第49-61页 |
| 3.2.1 OTUs注释 | 第51-54页 |
| 3.2.2 日本鳗鲡小肠细菌分类等级注释 | 第54页 |
| 3.2.3 日本鳗鲡小肠菌群多样性 | 第54-61页 |
| 3.2.3.1 基于门分类水平上(phylum level)的日本鳗鲡小肠细菌多样性分析 | 第54-56页 |
| 3.2.3.2 基于纲分类水平上(class level)的日本鳗鲡小肠细菌多样性分析 | 第56-57页 |
| 3.2.3.3 基于目分类水平上(order level)的日本鳗鲡小肠细菌多样性分析 | 第57-58页 |
| 3.2.3.4 基于科分类水平上(family level)的日本鳗鲡小肠细菌多样性分析 | 第58-61页 |
| 3.2.3.5 基于属分类水平上(genus level)的日本鳗鲡小肠细菌多样性分析 | 第61页 |
| 第四节 小结与讨论 | 第61-63页 |
| 第四章 肠道乳酸乳球菌和格氏乳球菌的理化特性及其功能研究 | 第63-73页 |
| 第一节 前言 | 第63页 |
| 第二节 材料和方法 | 第63-65页 |
| 2.1 实验材料 | 第63-64页 |
| 2.1.1 供试鱼 | 第63页 |
| 2.1.2 主要实验试剂 | 第63页 |
| 2.1.3 实验菌株 | 第63-64页 |
| 2.2 实验方法 | 第64-65页 |
| 2.2.1 乳酸乳球菌和格氏乳球菌的特性研究 | 第64-65页 |
| 2.2.1.1 高温耐受性 | 第64页 |
| 2.2.1.2 低pH值耐受性 | 第64页 |
| 2.2.1.3 药敏实验 | 第64页 |
| 2.2.1.4 代谢粗提物的抑菌作用 | 第64页 |
| 2.2.1.5 在饲料中的存活率 | 第64-65页 |
| 2.2.2 乳酸乳球菌和格氏乳球菌对宿主的血液指标影响 | 第65页 |
| 2.2.2.1 实验设计 | 第65页 |
| 2.2.2.2 血液生化指标测定 | 第65页 |
| 第三节 结果与分析 | 第65-70页 |
| 3.1 乳酸乳球菌和格氏乳球菌特性 | 第65-69页 |
| 3.1.1 高温耐受性 | 第65-66页 |
| 3.1.2 低pH值耐受性 | 第66页 |
| 3.1.3 药敏实验 | 第66-68页 |
| 3.1.4 代谢粗提物的抑菌作用 | 第68页 |
| 3.1.5 在饲料中的存活率 | 第68-69页 |
| 3.2 血液生化指标测定结果 | 第69-70页 |
| 第四节 小结与讨论 | 第70-73页 |
| 第五章 结论 | 第73-77页 |
| 展望 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-97页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第97-101页 |
| 致谢 | 第101-103页 |
| 个人简历 | 第103-107页 |
