| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 前言 | 第10-12页 |
| 第1章 遗传密码子的研究概况 | 第12-20页 |
| ·遗传密码的破译 | 第12页 |
| ·遗传密码子的性质 | 第12-14页 |
| ·密码子具有通用性 | 第12-13页 |
| ·密码子具有简并性 | 第13页 |
| ·密码子具有摆动性 | 第13-14页 |
| ·有起始密码子和终止密码子 | 第14页 |
| ·密码子结构与所编码氨基酸的性质之间存在一定关系 | 第14页 |
| ·同义密码子的使用模式 | 第14-15页 |
| ·衡量同义密码子偏好性的各项指标 | 第15-16页 |
| ·相对同义密码子使用度 | 第15页 |
| ·同义密码子相对使用频率 | 第15页 |
| ·有效密码子数 | 第15-16页 |
| ·密码子适应指数 | 第16页 |
| ·最优密码子使用频率 | 第16页 |
| ·密码子偏好性指数 | 第16页 |
| ·影响密码子使用的因素 | 第16-18页 |
| ·碱基组成和G+C含量 | 第17页 |
| ·基因长度 | 第17页 |
| ·蛋白质编码基因在DNA双链上的位置 | 第17页 |
| ·密码子碱基组成的上下文关系 | 第17-18页 |
| ·tRNA丰度 | 第18页 |
| ·密码子偏好性的应用 | 第18-19页 |
| ·改造目标基因，提高特定蛋白的表达量 | 第18页 |
| ·基因分类和基因功能的预测 | 第18-19页 |
| ·研究蛋白质的结构和功能 | 第19页 |
| ·密码子的起源与进化 | 第19-20页 |
| 第2章 牦牛核基因组密码子使用相关分析 | 第20-34页 |
| ·材料与方法 | 第20-22页 |
| ·材料 | 第20页 |
| ·同义密码子偏好性分析 | 第20-21页 |
| ·ENC-plot分析 | 第21页 |
| ·牦牛基因组高频密码子和最优密码子的确定 | 第21页 |
| ·主要偏爱密码子的确定 | 第21页 |
| ·牦牛与其他几种生物密码子偏好性比较 | 第21-22页 |
| ·牦牛密码子使用模式与进化关系的分析 | 第22页 |
| ·结果与分析 | 第22-31页 |
| ·牦牛基因组密码子偏好性 | 第22页 |
| ·牦牛基因组的ENC-plot分布 | 第22-23页 |
| ·高频密码子和最优密码子 | 第23-25页 |
| ·牦牛基因组密码子用法 | 第25-27页 |
| ·牦牛和其他几种生物密码子偏好性比较 | 第27-31页 |
| ·牦牛密码子使用模式与进化关系 | 第31页 |
| ·讨论 | 第31-34页 |
| ·牦牛核基因组密码子偏好性与碱基组成 | 第31-32页 |
| ·牦牛基因组密码子的用法 | 第32-33页 |
| ·牦牛与其他物种密码子偏好性比较 | 第33-34页 |
| 第3章 普通牛核基因组密码子用法特征及影响因素分析 | 第34-44页 |
| ·材料与方法 | 第34-35页 |
| ·基因组数据 | 第34页 |
| ·衡量同义密码子偏好性的参数 | 第34-35页 |
| ·高频密码子和最优密码子的确定 | 第35页 |
| ·主要偏爱密码子的确定 | 第35页 |
| ·ENC-plot分析 | 第35页 |
| ·对应分析和相关分析 | 第35页 |
| ·结果与分析 | 第35-42页 |
| ·普通牛基因组密码子偏好性 | 第35-36页 |
| ·高频密码子和最优密码子 | 第36-38页 |
| ·普通牛基因组主要偏爱密码子的确定 | 第38-40页 |
| ·普通牛基因组的ENC-plot分布 | 第40-41页 |
| ·影响普通牛基因组密码子偏好性的因素 | 第41-42页 |
| ·基因长度与基因表达水平和同义密码子偏性的关系 | 第42页 |
| ·讨论 | 第42-44页 |
| ·普通牛基因组密码子的使用 | 第42-43页 |
| ·影响普通牛基因组密码子使用偏好性的因素 | 第43-44页 |
| 第4章 牛亚科动物线粒体基因密码子偏好性及聚类分析 | 第44-55页 |
| ·材料与方法 | 第44-45页 |
| ·序列数据 | 第44页 |
| ·统计分析方法 | 第44-45页 |
| ·聚类分析 | 第45页 |
| ·结果与分析 | 第45-53页 |
| ·牛亚科物种线粒体基因的密码子偏好性 | 第45-52页 |
| ·牛亚科物种的系统进化 | 第52-53页 |
| ·讨论 | 第53-55页 |
| 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-65页 |
| 附录 | 第65-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |