| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表Abbreviaiton | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-35页 |
| ·生物固氮 | 第13页 |
| ·生物固氮的类型 | 第13页 |
| ·根瘤菌-豆科植物共生固氮体系 | 第13-22页 |
| ·根瘤的类型 | 第14-16页 |
| ·共生固氮调控模式 | 第16-17页 |
| ·类菌体时期的物质运输 | 第17-18页 |
| ·类菌体分化 | 第18-20页 |
| ·细胞周期 | 第20-22页 |
| ·CtrA的调控作用 | 第21页 |
| ·c-di-GMP | 第21-22页 |
| ·类菌体分离纯化技术 | 第22-25页 |
| ·密度梯度离心 | 第22-24页 |
| ·蔗糖密度梯度离心 | 第22-23页 |
| ·Percoll密度梯度离心 | 第23-24页 |
| ·差速离心 | 第24页 |
| ·两种方法的优缺点比较 | 第24-25页 |
| ·蛋白质互作网络(PPI network) | 第25-27页 |
| ·蛋白质互作网络的预测方法 | 第25-26页 |
| ·蛋白质互作网络的研究方向 | 第26-27页 |
| ·蛋白质互作网络的可视化 | 第27页 |
| ·转录组研究进展 | 第27-30页 |
| ·转录组研究 | 第27-28页 |
| ·转录组研究的方法 | 第28-30页 |
| ·生物芯片(Microarrays) | 第29页 |
| ·转录组测序技术(RNA-Seq) | 第29-30页 |
| ·转录组数据公共数据库 | 第30页 |
| ·根瘤菌转录组研究 | 第30-33页 |
| ·根瘤菌在自生与共生条件下的全局基因表达差异分析 | 第31-32页 |
| ·根瘤菌突变体与豆科植物共生时类菌体基因表达差异 | 第32页 |
| ·胁迫环境下类菌体转录组研究 | 第32-33页 |
| ·利用RNA-Seq技术对根瘤菌转录组的研究 | 第33页 |
| ·研究目的与意义 | 第33-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-50页 |
| ·材料 | 第35-40页 |
| ·供试质粒和菌株 | 第35-36页 |
| ·培养基 | 第36-38页 |
| ·酶、试剂和试剂盒 | 第38页 |
| ·抗生素 | 第38-39页 |
| ·常用缓冲液与试剂 | 第39-40页 |
| ·方法 | 第40-50页 |
| ·分子生物学基本操作 | 第40页 |
| ·类菌体物理分离方法 | 第40-41页 |
| ·RNA的抽提和质量控制、检测 | 第41页 |
| ·类菌体总RNA的抽提 | 第41-43页 |
| ·RNA-Seq实验设计,文库构建与测序 | 第43-44页 |
| ·Microarrays实验设计与基因表达分析流程 | 第44页 |
| ·RNA-Seq和Microarrays实验数据统计分析 | 第44-45页 |
| ·KEGG代谢通路富集分析(enriched KEGG pathways) | 第45页 |
| ·基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA) | 第45-46页 |
| ·蛋白质互作网络(PPI network)的构建与分析 | 第46-47页 |
| ·SOE-PCR(重叠延伸PCR技术) | 第47页 |
| ·利用三亲本技术构建双交换突变株 | 第47-48页 |
| ·紫云英植物实验 | 第48-49页 |
| ·Real-Time PCR | 第49-50页 |
| 3 结果与讨论 | 第50-92页 |
| ·类菌体RNA的抽提纯化 | 第50-51页 |
| ·定量根瘤总RNA中细菌RNA的比例 | 第51-53页 |
| ·M.huakuii 7653R蛋白质互作网络的构建 | 第53-55页 |
| ·M.huakuii 7653R转录组分析 | 第55-82页 |
| ·RNA-Seq和Microarrays结果总览 | 第55-67页 |
| ·全局基因差异表达谱 | 第55-57页 |
| ·差异基因共线性分析 | 第57-61页 |
| ·遗传途径分析 | 第61-63页 |
| ·基因集富集分析(GSEA) | 第63-67页 |
| ·类菌体中心代谢途径分析 | 第67-72页 |
| ·糖酵解,糖异生,Entner-Doudoroff(ED)途径和磷酸戊糖途径 | 第68页 |
| ·三羧酸循环 | 第68-69页 |
| ·PHB生物合成 | 第69页 |
| ·支链氨基酸运输(Branched-chain amino acids transport) | 第69-71页 |
| ·脂肪酸代谢 | 第71-72页 |
| ·类菌体分化 | 第72-77页 |
| ·细胞周期 | 第72-73页 |
| ·c-di-GMP | 第73-77页 |
| ·差异表达数据与7653R蛋白质互作网络整合 | 第77-81页 |
| ·共生固氮子网络 | 第77-80页 |
| ·以CtrA为中心的细胞周期子网 | 第80-81页 |
| ·重构和比较5种中慢生根瘤菌代谢网络 | 第81-82页 |
| ·关键基因的挑选与突变体的构建与筛选 | 第82-87页 |
| ·关键基因的挑选 | 第82-83页 |
| ·突变体的构建与筛选 | 第83-87页 |
| ·SOE-PCR | 第83-85页 |
| ·置换载体的构建 | 第85-86页 |
| ·突变株的筛选 | 第86-87页 |
| ·细菌单杂交随机文库构建准备工作 | 第87-92页 |
| ·转录因子表达载体改造 | 第88-89页 |
| ·构建随机单杂交基因组文库预实验 | 第89-92页 |
| ·Sau3AI酶切M.huakuii 7653R gDNA预实验 | 第89-90页 |
| ·CIP碱性磷酸酶载体去磷酸化预实验 | 第90-91页 |
| ·随机文库构建预实验 | 第91-92页 |
| 4 小结与展望 | 第92-95页 |
| ·小结 | 第92-93页 |
| ·展望 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-108页 |
| 附录 | 第108-120页 |
| 致谢 | 第120页 |
