含隐变量的生物系统动力学：从单分子到细胞
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| ·生物功能的基础–蛋白质 | 第9-12页 |
| ·生物系统中的隐变量 | 第12-14页 |
| ·研究对象 | 第14-17页 |
| 第2章 单分子反应动力学 | 第17-43页 |
| ·单分子酶反应速率的涨落 | 第19-29页 |
| ·背景 | 第19-20页 |
| ·经典米氏反应方程 | 第20-21页 |
| ·离散反应网络模型 | 第21-22页 |
| ·连续反应模型 | 第22-29页 |
| ·小结 | 第29页 |
| ·外力作用下的酶反应动力学 | 第29-43页 |
| ·背景 | 第29-34页 |
| ·两路径动力学模型 | 第34-36页 |
| ·酶催化反应速率对力的响应 | 第36-41页 |
| ·小结 | 第41-43页 |
| 第3章 亚细胞尺度上的动力学 | 第43-64页 |
| ·RNA 聚合酶在DNA上的运动 | 第43-48页 |
| ·转录起始过程的反应通路模型 | 第48-51页 |
| ·状态能量 | 第51页 |
| ·三条路径的反应速率 | 第51-53页 |
| ·模型参数和分析方法 | 第53-54页 |
| ·转录起始特性参数 | 第54-56页 |
| ·无产物转录起始复合体 | 第56-57页 |
| ·加入2碱基长度的产物RNA 的影响 | 第57-58页 |
| ·NTP 浓度对转录起始的影响 | 第58-62页 |
| ·同时变化所有NTP 浓度 | 第58-60页 |
| ·分别改变不同NTP 浓度 | 第60-62页 |
| ·小结 | 第62-64页 |
| 第4章 细胞尺度动力学 | 第64-85页 |
| ·E.coli 的运动 | 第64-73页 |
| ·化学趋向性 | 第64-68页 |
| ·温度趋向性 | 第68-69页 |
| ·温度趋向模型结果 | 第69-72页 |
| ·小结 | 第72-73页 |
| ·变化环境中的细胞 | 第73-85页 |
| ·背景 | 第73-75页 |
| ·含延时的随机种群生长模型 | 第75-78页 |
| ·周期变化环境 | 第78-82页 |
| ·随机涨落环境 | 第82-84页 |
| ·小结 | 第84-85页 |
| 第5章 单分子反应动力学参数估计 | 第85-97页 |
| ·光镊拉伸单分子RNA 实验 | 第85-87页 |
| ·力致RNA 分子折叠/去折叠动力学 | 第87-92页 |
| ·两态模型 | 第87-88页 |
| ·折叠/去折叠速率公式推导 | 第88-91页 |
| ·时间序列模拟 | 第91-92页 |
| ·贝叶斯参数估计 | 第92-94页 |
| ·柱状图拟合方法与贝叶斯方法的比较 | 第94-96页 |
| ·小结 | 第96-97页 |
| 第6章 总结 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
| 附录 A 相关实验技术简介 | 第109-115页 |
| A.1 原子力显微镜 | 第109-110页 |
| A.2 激光光镊 | 第110-111页 |
| A.3 荧光共振能量转移 | 第111-113页 |
| A.4 全内反射显微镜 | 第113-115页 |
| 附录 B Wiita模型的解析求解 | 第115-117页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第117页 |
