基于BAC序列组装籼稻珍汕97和明恢63的基因组序列
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-18页 |
| 1.1 水稻研究概述 | 第9-10页 |
| 1.2 物理图谱 | 第10-12页 |
| 1.3 测序研究进展 | 第12-16页 |
| 1.3.1 第一代测序技术 | 第13页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第13-15页 |
| 1.3.3 第三代测序技术 | 第15-16页 |
| 1.3.4 测序技术的应用 | 第16页 |
| 1.4 CBC法测定基因组序列 | 第16-17页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-30页 |
| 2.1 数据来源和分析软件 | 第18-19页 |
| 2.1.1 BAC文库 | 第18页 |
| 2.1.2 序列材料 | 第18页 |
| 2.1.3 生物信息相关软件 | 第18-19页 |
| 2.2 基于物理图谱的数据预处理 | 第19-20页 |
| 2.2.1 基于参考基因组改进物理图谱 | 第19页 |
| 2.2.2 挑选最短覆盖路径的克隆 | 第19-20页 |
| 2.3 基于BAC序列的基因组组装 | 第20-27页 |
| 2.4 测序数据分析平台组装部分功能的完善 | 第27-29页 |
| 2.4.1 分配contig至染色体 | 第27页 |
| 2.4.2 Contig基本情况展示 | 第27页 |
| 2.4.3 Filter序列标示 | 第27-28页 |
| 2.4.4 AGP文件生成及下载 | 第28页 |
| 2.4.5 数据库中数据核查 | 第28-29页 |
| 2.5 用NGS序列填补缺口 | 第29-30页 |
| 2.6 着丝粒完整性判断 | 第30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-41页 |
| 3.1 基于物理图谱的数据预处理 | 第30-32页 |
| 3.1.1 基于参考基因组改进物理图谱 | 第30-32页 |
| 3.1.2 挑选最短覆盖路径的克隆 | 第32页 |
| 3.2 基于BAC序列的基因组组装 | 第32-35页 |
| 3.3 测序数据分析平台功能的完善 | 第35-39页 |
| 3.3.1 分配contig至染色体 | 第35-36页 |
| 3.3.2 Contig基本情况展示 | 第36页 |
| 3.3.3 Filter序列标示 | 第36-37页 |
| 3.3.4 AGP文件生成及下载 | 第37-38页 |
| 3.3.5 数据库中数据核查 | 第38-39页 |
| 3.4 基于NGS序列的缺口填补 | 第39-40页 |
| 3.5 着丝粒完整性判断 | 第40-41页 |
| 4 讨论 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-49页 |
| 附录 | 第49-55页 |
| 附录Ⅰ: ZS97中NGS序列填补空缺情况 | 第49-52页 |
| 附录Ⅱ: MH63中NGS序列填补空缺情况 | 第52-54页 |
| 附录Ⅲ: 硕士期间发表的论文 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
