| 摘要 | 第8-12页 |
| Abstract | 第12-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-42页 |
| 1 文昌鱼概况 | 第17-23页 |
| 1.1 文昌鱼的发现和分布概况 | 第17-18页 |
| 1.2 文昌鱼的生活习性 | 第18-19页 |
| 1.3 文昌鱼成体的结构 | 第19-21页 |
| 1.4 文昌鱼的生长发育 | 第21-23页 |
| 2 文昌鱼的分子系统发育学 | 第23-30页 |
| 2.1 文昌鱼的进化地位 | 第23-26页 |
| 2.2 文昌鱼的分子系统发育关系 | 第26-30页 |
| 3 文昌鱼的免疫学研究 | 第30-38页 |
| 3.1 组织和细胞水平的免疫学研究 | 第30-35页 |
| 3.2 基因表达水平的免疫学研究 | 第35-38页 |
| 4 文昌鱼的人工养殖及其价值 | 第38-39页 |
| 5 本学位论文的研究思路、研究目的及意义 | 第39-42页 |
| 第二章 文昌鱼分子系统发育及免疫相关基因演化特征 | 第42-65页 |
| 1 前言 | 第42-43页 |
| 2 材料和方法 | 第43-50页 |
| 2.1 样品和转录组测序 | 第43-45页 |
| 2.2 从头组装、基因集矫正和功能注释 | 第45-46页 |
| 2.3 直系同源基因调取及系统发育关系重建 | 第46-47页 |
| 2.4 分歧时间推测 | 第47-49页 |
| 2.5 分子进化分析 | 第49-50页 |
| 3 结果 | 第50-60页 |
| 3.1 测序、组装、基因矫正和注释 | 第50-53页 |
| 3.2 文昌鱼基因进化速率和分子系统发育关系 | 第53-55页 |
| 3.3 文昌鱼物种分歧时间推测 | 第55-57页 |
| 3.4 文昌鱼物种间结构域的进化和基因功能分析 | 第57-58页 |
| 3.5 文昌鱼物种间快速进化基因鉴定及功能分析 | 第58-60页 |
| 4 讨论 | 第60-63页 |
| 5 小结与展望 | 第63-65页 |
| 第三章 文昌鱼不同发育阶段和组织实时荧光定量PCR内参基因筛选 | 第65-87页 |
| 1 前言 | 第65-66页 |
| 2 材料和方法 | 第66-72页 |
| 2.1 试验样品收集 | 第66-67页 |
| 2.2 RNA纯化和cDNA合成 | 第67-69页 |
| 2.3 备选内参基因和目的基因的鉴定 | 第69页 |
| 2.4 内参基因选择、引物设计及扩增效率评估 | 第69-71页 |
| 2.5 qRT-PCR分析 | 第71页 |
| 2.6 备选内参基因表达稳定性评估 | 第71-72页 |
| 2.7 确定候选内参基因表达的稳定性 | 第72页 |
| 3 结果 | 第72-83页 |
| 3.1 引物可行性确定和基因表达谱描述 | 第72-74页 |
| 3.2 内参基因在不同发育阶段中表达稳定性评估 | 第74-75页 |
| 3.3 内参基因在不同组织中表达稳定性评估 | 第75页 |
| 3.4 内参基因在LPS免疫的文昌鱼三个不同组织中表达稳定性评估 | 第75-81页 |
| 3.5 确定每个实验条件下最适标准化因子数量 | 第81-82页 |
| 3.6 文昌鱼不同发育阶段内参基因可行性验证 | 第82-83页 |
| 4 讨论 | 第83-85页 |
| 5 小结与展望 | 第85-87页 |
| 第四章 LPS免疫刺激下文昌鱼基因表达谱的时间动态变化研究 | 第87-107页 |
| 1 前言 | 第87页 |
| 2 材料和方法 | 第87-91页 |
| 3 结果 | 第91-101页 |
| 3.1 基因组指导的比对分析 | 第91页 |
| 3.2 差异表达基因的观察 | 第91-94页 |
| 3.3 差异表达基因的GO和KEGG富集分析 | 第94-97页 |
| 3.4 时间特异表达基因的鉴别 | 第97-98页 |
| 3.5 时间特异表达基因的GO和KEGG富集分析 | 第98-100页 |
| 3.6 qRT-PCR确认基因表达谱 | 第100-101页 |
| 4 讨论 | 第101-105页 |
| 5 小结与展望 | 第105-107页 |
| 第五章 poly(I:C)免疫刺激下文昌鱼miRNA的鉴定及表达谱研究 | 第107-126页 |
| 1 前言 | 第107-108页 |
| 2 材料和方法 | 第108-112页 |
| 2.1 B.belcheri样品采集和病毒模拟物刺激 | 第108页 |
| 2.2 RNA提取、文库构建和深度测序 | 第108-109页 |
| 2.3 B.belcheri miRNA的数据处理和鉴定 | 第109-110页 |
| 2.4 在pIC免疫条件下差异表达miRNA的鉴定 | 第110页 |
| 2.5 差异表达miRNA的目标基因预测和功能富集分析 | 第110-111页 |
| 2.6 miRNA深度测序数据确认 | 第111-112页 |
| 3 结果 | 第112-122页 |
| 3.1 小非编码RNA分析 | 第112-114页 |
| 3.2 B.belcheri保守和新miRNA鉴定 | 第114-116页 |
| 3.3 免疫应答miRNA的鉴定和qRT-PCR验证 | 第116-119页 |
| 3.4 免疫应答miRNA的靶基因预测和功能富集分析 | 第119-120页 |
| 3.5 免疫相关KEGG通路中的靶基因分析 | 第120-122页 |
| 4 讨论 | 第122-125页 |
| 5 小结与展望 | 第125-126页 |
| 全文总结及创新点 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-139页 |
| 已发表论文 | 第139-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
