| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 符号说明(英文缩略词) | 第12-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-51页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-51页 |
| 1 关联分析研究进展 | 第15-27页 |
| 1.1 关联分析的原理与方法 | 第15-22页 |
| 1.1.1 连锁不平衡 | 第16-17页 |
| 1.1.2 统计方法 | 第17-19页 |
| 1.1.3 关联分析步骤 | 第19-21页 |
| 1.1.4 连锁不平衡对关联分析的影响 | 第21-22页 |
| 1.2 关联分析的应用研究进展 | 第22-24页 |
| 1.2.1 大豆 | 第22-23页 |
| 1.2.2 其他植物 | 第23-24页 |
| 1.3 展望 | 第24-27页 |
| 1.3.1 基因功能验证 | 第25页 |
| 1.3.2 功能标记开发 | 第25-26页 |
| 1.3.3 优异等位基因挖掘和分子设计育种 | 第26-27页 |
| 2 精细定位研究进展 | 第27-35页 |
| 2.1 QTL初级定位群体及特点 | 第27-28页 |
| 2.2 QTL精细定位策略 | 第28-30页 |
| 2.3 精细定位群体 | 第30-33页 |
| 2.3.1 近等基因系(near isogenic line,NIL) | 第30页 |
| 2.3.2 染色体片段代换系(Chromosome segment substitute line,CSSL) | 第30-32页 |
| 2.3.3 应用HIF或RHL的QTL精细定位策略 | 第32-33页 |
| 2.4 QTLs候选基因的证实和定位克隆 | 第33-35页 |
| 2.5 展望 | 第35页 |
| 3 高等植物种子大小的发育调控 | 第35-47页 |
| 3.1 粒形的遗传学研究 | 第36-39页 |
| 3.2 粒形性状间的相关性研究 | 第39-40页 |
| 3.3 作物粒形的QTL定位、基因克隆与功能研究进展 | 第40-42页 |
| 3.3.1 水稻粒形的QTL定位和基因克隆 | 第40-41页 |
| 3.3.2 控制番茄果实大小的QTL和FW2.2基因 | 第41页 |
| 3.3.3 小麦粒形的QTL定位 | 第41-42页 |
| 3.3.4 玉米粒形的QTL定位和基因克隆 | 第42页 |
| 3.3.5 大豆粒形的QTL定位 | 第42页 |
| 3.4 粒形形成的分子基础 | 第42-47页 |
| 3.4.1 植物激素(plant hormone)信号途径参与种子大小调节 | 第43-44页 |
| 3.4.2 植物发育和代谢途径 | 第44-46页 |
| 3.4.3 表观遗传学(Epigenetics)途径 | 第46-47页 |
| 4 作物驯化的研究进展 | 第47-50页 |
| 4.1 作物的驯化和起源中心 | 第47-48页 |
| 4.2 作物驯化过程中形态和遗传基础的变化 | 第48-49页 |
| 4.2.1 驯化综合特征的演变 | 第48页 |
| 4.2.2 驯化过程中遗传基础的变化 | 第48-49页 |
| 4.3 大豆驯化的研究 | 第49-50页 |
| 4.3.1 大豆驯化的研究方法 | 第49页 |
| 4.3.2 大豆驯化相关性状的QTL分析 | 第49-50页 |
| 5 本研究的目的与研究内容 | 第50-51页 |
| 第二部分 研究报告 | 第51-105页 |
| 第二章 大豆栽培品种粒形与SSR标记的关联分析 | 第53-81页 |
| 1 引言 | 第53-54页 |
| 2 材料与方法 | 第54-60页 |
| 2.1 试验材料 | 第54-55页 |
| 2.2 SSR标记分析 | 第55-58页 |
| 2.2.1 实验仪器 | 第55页 |
| 2.2.2 DNA的提取 | 第55-56页 |
| 2.2.3 PCR扩增体系 | 第56页 |
| 2.2.4 凝胶电泳检测 | 第56-58页 |
| 2.3 表型数据分析 | 第58页 |
| 2.4 群体结构分析 | 第58-59页 |
| 2.5 关联定位的方法 | 第59页 |
| 2.6 优异等位变异的挖掘 | 第59页 |
| 2.7 候选基因的预测 | 第59-60页 |
| 3 结果与分析 | 第60-76页 |
| 3.1 大豆粒形性状的表型变异特征 | 第60-61页 |
| 3.2 大豆粒形性状间的相关分析 | 第61页 |
| 3.3 群体结构分析 | 第61-62页 |
| 3.4 关联定位的结果 | 第62-71页 |
| 3.5 优异等位基因的发掘 | 第71-72页 |
| 3.6 候选基因的预测 | 第72-73页 |
| 3.7 设计育种 | 第73-76页 |
| 4 讨论 | 第76-81页 |
| 4.1 检测位点的可靠性 | 第76-78页 |
| 4.2 表型与遗传型的相关 | 第78-80页 |
| 4.3 育种设计的解析与探讨 | 第80-81页 |
| 第三章 大豆粒形QTL的精细定位与遗传分解 | 第81-93页 |
| 1 引言 | 第81-82页 |
| 2 材料与方法 | 第82-84页 |
| 2.1 材料 | 第82页 |
| 2.2 SSR标记开发和分析 | 第82-83页 |
| 2.2.1 SSR标记开发 | 第82-83页 |
| 2.2.2 DNA提取 | 第83页 |
| 2.2.3 PCR扩增体系 | 第83页 |
| 2.2.4 电泳和银染体系 | 第83页 |
| 2.2.5 目标区段遗传连锁图构建 | 第83页 |
| 2.3 田间试验、表型测定与统计分析 | 第83-84页 |
| 2.4 QTL定位方法 | 第84页 |
| 3 结果分析 | 第84-88页 |
| 3.1 粒形性状的表型变异特征 | 第84-85页 |
| 3.2 粒形性状间的简单相关和偏相关分析 | 第85页 |
| 3.3 粒长、粒宽和长宽比的QTL定位 | 第85-88页 |
| 3.3.1 粒长的QTL定位 | 第85页 |
| 3.3.2 粒宽的QTL定位 | 第85-86页 |
| 3.3.3 长宽比的QTL定位 | 第86-88页 |
| 3.4 目标区域候选基因的预测 | 第88页 |
| 4 讨论 | 第88-93页 |
| 4.1 群体的选择、背景的控制以及定位结果的可靠性 | 第89-90页 |
| 4.2 表型相关与QTL紧密连锁和一因多效现象间的关系 | 第90页 |
| 4.3 关于候选基因的预测 | 第90-93页 |
| 第四章 驯化对大豆籽粒大小和粒形的影响 | 第93-103页 |
| 1 引言 | 第93-94页 |
| 2 材料与方法 | 第94-95页 |
| 2.1 材料 | 第94页 |
| 2.2 DNA提取与SSR分子标记分析 | 第94页 |
| 2.3 数据搜集 | 第94页 |
| 2.4 统计分析 | 第94-95页 |
| 2.5 QTL定位 | 第95页 |
| 3 结果与分析 | 第95-100页 |
| 3.1 品种群体百粒重、籽粒大小和粒形的表型特征 | 第95页 |
| 3.2 驯化导致的大豆籽粒大小和粒形的变化 | 第95-96页 |
| 3.3 因子1和因子2的QTL分析 | 第96-100页 |
| 4 讨论 | 第100-103页 |
| 第五章 全文结论和创新点 | 第103-105页 |
| 1 全文结论 | 第103-104页 |
| 2 创新点 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第131-133页 |
| 附表 | 第133-134页 |
