| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| 1.1 研究目的和意义 | 第16页 |
| 1.2 研究方法 | 第16-30页 |
| 1.2.1 蛋白质三维结构同源模建 | 第17-18页 |
| 1.2.2 分子对接 | 第18-20页 |
| 1.2.3 分子动力学模拟 | 第20-25页 |
| 1.2.4 结合自由能计算 | 第25-30页 |
| 第二章 苹果蠹蛾羧酸酯酶 CpCE-1 对有机磷杀虫剂代谢机理的分子动力学研究 | 第30-51页 |
| 2.1 研究背景 | 第30-31页 |
| 2.2 材料与方法 | 第31-34页 |
| 2.2.1 序列来源及设备 | 第31页 |
| 2.2.2 CpCE-1 模型构建 | 第31-32页 |
| 2.2.3 构建 CpCE-1 与乙酰甲胺磷复合物结构模型 | 第32页 |
| 2.2.4 分子动力学 | 第32-33页 |
| 2.2.5 结合自由能计算 | 第33页 |
| 2.2.6 能量分解 | 第33-34页 |
| 2.2.7 丙氨酸突变扫描 | 第34页 |
| 2.2.8 生物学验证 | 第34页 |
| 2.3 结果 | 第34-49页 |
| 2.3.1 CpCE-1 结构模建与 CpCE-1-acephate 复合物的构建 | 第34-35页 |
| 2.3.2 MD 稳定性分析 | 第35-37页 |
| 2.3.3 结合自由能 | 第37页 |
| 2.3.4 能量分解 | 第37-40页 |
| 2.3.5 丙氨酸突变扫描（ASM） | 第40-43页 |
| 2.3.6 MD 验证热点 Asn232 | 第43-46页 |
| 2.3.7 生物学验证 | 第46-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-50页 |
| 2.5 结论 | 第50-51页 |
| 第三章 斑蝥素及其类似物抑制小菜蛾 Plutellaxylostella 蛋白磷酸酶生物活性研究 | 第51-77页 |
| 3.1 研究背景 | 第51-52页 |
| 3.2 材料与方法 | 第52-54页 |
| 3.2.1 小菜蛾 PSPs 克隆与表达 | 第52页 |
| 3.2.2 PSPs 分子三维模型构建 | 第52-53页 |
| 3.2.3 分子对接 | 第53页 |
| 3.2.4 结合自由能计算 | 第53页 |
| 3.2.5 PxPP5 酶活测定 | 第53-54页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第54-76页 |
| 3.3.1 验证 PSPs 序列 | 第54页 |
| 3.3.2 PxPSPs 分子三维结构 | 第54-55页 |
| 3.3.3 分子对接 | 第55页 |
| 3.3.4 结合自由能ΔGbinding 与小菜蛾生物活性 LC50 线性相关性分析 | 第55-56页 |
| 3.3.5 验证ΔGbinding 与小菜蛾生物活性 LC50 的相关性 | 第56-70页 |
| 3.3.6 结合模式分析 | 第70-76页 |
| 3.4 结论 | 第76-77页 |
| 第四章 基于分子动力学与定点突变的斑蝥素及其类似物与人类蛋白磷酸酶 5 催化亚基之间相互作用研究 | 第77-113页 |
| 4.1 研究背景 | 第77-78页 |
| 4.2 材料与方法 | 第78-88页 |
| 4.2.1 MD 模拟体系准备 | 第78-79页 |
| 4.2.2 PP5c 金属 Mn 中心与配位作用相关分子力场的开发 | 第79-84页 |
| 4.2.3 原子单点电荷（Atomic single charge）计算 | 第84-87页 |
| 4.2.4 振动频率计算 | 第87页 |
| 4.2.5 MD 模拟 | 第87页 |
| 4.2.6 结合自由能计算及能量分解 | 第87页 |
| 4.2.7 残基-残基运动相关性分析 | 第87-88页 |
| 4.2.8 丙氨酸突变（ASM）扫描 | 第88页 |
| 4.2.9 定点突变 | 第88页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第88-111页 |
| 4.3.1 QM 计算与分子力场参数 | 第88页 |
| 4.3.2 MD 模拟 | 第88-99页 |
| 4.3.3 振动频率计算 | 第99页 |
| 4.3.4 结合自由能计算 | 第99-101页 |
| 4.3.5 能量分解 | 第101-106页 |
| 4.3.6 氢键相互作用分析 | 第106-108页 |
| 4.3.7 残基-残基相关运动分析 | 第108页 |
| 4.3.8 基于丙氨酸突变扫描与定点突变验证与抑制剂结合相关的关键残基 | 第108-111页 |
| 4.4 结论 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 作者简介 | 第123页 |
