| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第7-18页 |
| 1.1 COBRA代谢网络建模框架和生化网络整合研究 | 第7-13页 |
| 1.1.1. 基于理论的建模 | 第7页 |
| 1.1.2. 基于约束的建模 | 第7-9页 |
| 1.1.3. COBRA建模框架 | 第9-10页 |
| 1.1.4. 流量均衡分析(FBA) | 第10-12页 |
| 1.1.5. 代谢网络分析方法的发展 | 第12-13页 |
| 1.1.6. 代谢网络COBRA建模的发展 | 第13页 |
| 1.2 集成调控网络的代谢网络研究 | 第13-16页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第16-18页 |
| 第二章 COBRA模型代谢调控约束的定量化研究方法 | 第18-31页 |
| 2.1 方法流程及简述 | 第18-19页 |
| 2.2 基因芯片数据二元化(Binarization) | 第19-21页 |
| 2.3 基因之间的调控分析及调控定量化计算 | 第21-25页 |
| 2.3.1 规则转换 | 第21-23页 |
| 2.3.2 P值计算 | 第23-25页 |
| 2.4 无调控约束代谢网络流量可变分析 | 第25-26页 |
| 2.5 整合定量调控约束的代谢网络模型 | 第26-31页 |
| 第三章 实验模拟及结果比较 | 第31-39页 |
| 3.1 模型选用 | 第31-32页 |
| 3.2 致死性实验 | 第32-37页 |
| 3.3 生长率表型预测 | 第37-39页 |
| 第四章 结束语 | 第39-41页 |
| 4.1 论文的主要成果 | 第39页 |
| 4.2 问题与展望 | 第39-41页 |
| 参考文献 | 第41-45页 |
| 附录A 实验菌株列表 | 第45-47页 |
| 附录B 实验条件 | 第47-52页 |
| 硕士期间发表论文 | 第52页 |
| 参与的科研项目 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
