| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-27页 |
| 1.1 香菇 | 第12-14页 |
| 1.1.1 香菇的生产概述 | 第12页 |
| 1.1.2 香菇的研究概述 | 第12-14页 |
| 1.2 转录组 | 第14-17页 |
| 1.2.1 转录组学研究技术 | 第14-17页 |
| 1.2.2 Illumina技术 | 第17页 |
| 1.3 蛋白质组 | 第17-21页 |
| 1.3.1 蛋白质组在真菌中的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3.2 蛋白质组在食用菌的研究进展 | 第19-21页 |
| 1.4 真菌感光器的研究进展 | 第21-23页 |
| 1.5 光对真菌次级代谢影响的研究进展 | 第23-26页 |
| 1.6 本课题研究目的、内容及意义 | 第26-27页 |
| 第二章 光诱导香菇转色分子机制的转录组分析 | 第27-75页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-36页 |
| 2.2.1 供试菌株 | 第27页 |
| 2.2.2 培养基和培养条件 | 第27页 |
| 2.2.3 菌丝的色差测定 | 第27-28页 |
| 2.2.4 RNA 提取和检测 | 第28页 |
| 2.2.5 构建转录组文库并进行测序 | 第28-29页 |
| 2.2.6 生物信息学分析 | 第29-33页 |
| 2.2.6.1 测序的原始数据 | 第29-30页 |
| 2.2.6.2 原始测序数据的处理 | 第30页 |
| 2.2.6.3 测序数据组装拼接 | 第30-31页 |
| 2.2.6.4 Unigene 的功能注释 | 第31页 |
| 2.2.6.5 Unigene 的 GO 分类 | 第31页 |
| 2.2.6.6 Unigene 的代谢通路分析 | 第31-32页 |
| 2.2.6.7 预测编码蛋白框（CDS) | 第32页 |
| 2.2.6.8 Unigene 表达量注释 | 第32页 |
| 2.2.6.9 差异表达基因的筛选 | 第32-33页 |
| 2.2.6.10 差异基因的 GO 显著性富集分析 | 第33页 |
| 2.2.6.11 差异基因的 Pathway 显著性富集分析 | 第33页 |
| 2.2.7 差异基因的实时定量 PCR 验证 | 第33-36页 |
| 2.3 结果与分析 | 第36-71页 |
| 2.3.1 香菇菌丝在不同处理下生长的比较 | 第36-37页 |
| 2.3.2 菌丝色差值的变化 | 第37-38页 |
| 2.3.3 RNA 提取和检测 | 第38-39页 |
| 2.3.4 转录组测序产量分析 | 第39-43页 |
| 2.3.5 测序数据及其组装的质量分析 | 第43-49页 |
| 2.3.6 Unigene 注释结果 | 第49-50页 |
| 2.3.7 Unigene 的 GO 分类 | 第50页 |
| 2.3.8 Unigene 的 GOG 分类 | 第50-52页 |
| 2.3.9 Unigene 的代谢通路分析 | 第52-55页 |
| 2.3.10 Unigene 的编码蛋白框的预测 | 第55-57页 |
| 2.3.11 Unigene 的差异表达分析 | 第57-60页 |
| 2.3.12 差异表达基因在三个样品间的比较分析 | 第60-61页 |
| 2.3.13 差异 Unigene 的 GO 注释与功能分析 | 第61-64页 |
| 2.3.14 差异 Unigene 的 COG 功能分析 | 第64-67页 |
| 2.3.15 差异 Unigene 的 Pathway 富集分析 | 第67-70页 |
| 2.3.16 差异 Unigene 的荧光定量 PCR 分析 | 第70-71页 |
| 2.4 讨论 | 第71-75页 |
| 第三章 光诱导香菇转色形成机制的蛋白质组分析 | 第75-104页 |
| 3.1 引言 | 第75-76页 |
| 3.2 材料与方法 | 第76-83页 |
| 3.2.1 供试菌株和培养处理 | 第76页 |
| 3.2.2 主要溶液及其配置 | 第76-77页 |
| 3.2.3 香菇菌丝蛋白质样品制备 | 第77-78页 |
| 3.2.4 蛋白质定量 | 第78页 |
| 3.2.5 蛋白质的等电聚焦电泳 | 第78-79页 |
| 3.2.6 胶条平衡及 SDS-PAGE 电泳 | 第79页 |
| 3.2.7 凝胶染色 | 第79-80页 |
| 3.2.8 凝胶扫描以及图像分析 | 第80页 |
| 3.2.9 蛋白质的酶解 | 第80-81页 |
| 3.2.10 本地数据库构建 | 第81页 |
| 3.2.11 差异蛋白质的质谱鉴定及数据库检索 | 第81页 |
| 3.2.12 差异蛋白质 GO 和 Pathway 分析 | 第81-82页 |
| 3.2.13 蛋白质生物信息分析 | 第82-83页 |
| 3.3 结果与分析 | 第83-96页 |
| 3.3.1 不同光照处理下香菇菌丝比较 | 第83页 |
| 3.3.2 不同方法对蛋白质提取的比较分析 | 第83-84页 |
| 3.3.3 样品电泳的三个重复比较 | 第84-85页 |
| 3.3.4 蛋白质表达谱分析 | 第85-88页 |
| 3.3.5 差异蛋白质的质谱鉴定分析 | 第88页 |
| 3.3.6 差异蛋白点的肽质量指纹图谱分析 | 第88-89页 |
| 3.3.7 差异蛋白质的功能分类 | 第89-90页 |
| 3.3.8 差异蛋白质的 GO 和 Pathway 分析结果 | 第90-92页 |
| 3.3.9 差异蛋白质的生物信息学分析 | 第92-96页 |
| 3.4 讨论 | 第96-103页 |
| 3.4.1 香菇菌丝总蛋白质的制备 | 第96页 |
| 3.4.2 差异蛋白质的分析 | 第96-102页 |
| 3.4.3 光诱导香菇菌丝转色形成的蛋白质分析 | 第102-103页 |
| 3.5 小结与展望 | 第103-104页 |
| 第四章 基于转录组测序的香菇菌丝 DNA 分子标记的开发 | 第104-112页 |
| 4.1 引言 | 第104-105页 |
| 4.2 材料与方法 | 第105页 |
| 4.2.1 供试菌株 | 第105页 |
| 4.2.2 转录组数据来源 | 第105页 |
| 4.2.3 转录组 SSR 的筛选 | 第105页 |
| 4.2.4 基于转录组的 SSR 引物的设计 | 第105页 |
| 4.3 结果与分析 | 第105-111页 |
| 4.3.1 转录组 SSR 的筛选和分布 | 第105-109页 |
| 4.3.2 转录组 SSR 引物批量设计 | 第109-111页 |
| 4.4 讨论与小结 | 第111-112页 |
| 总结与展望 | 第112-114页 |
| 创新点 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-127页 |
| 附录 I 符号中英文注释 | 第127-128页 |
| 附录 II 实验所使用的主要仪器及设备 | 第128-129页 |
| 附录ⅲ 样品间（313C/118）显著差异表达基因中上调表达的前 80 个基因列表 | 第129-132页 |
| 附录ⅳ 样品间（313C/313W）显著差异表达基因中上调表达的前 80 个基因列表 | 第132-135页 |
| 附录ⅴ 涉及真菌感光器和次级代谢的差异表达基因 | 第135-136页 |
| 附录ⅵ 候选的部分基因与其他真菌物种比较结果 | 第136-137页 |
| 附录ⅶ 涉及 MAPK 和双组分系统的候选差异基因（313C/313W）结果 | 第137-143页 |
| 附录ⅷ 成功鉴定的蛋白列表以及这些蛋白点在不同处理下的表达变化情况 | 第143-147页 |
| 附录ⅸ 部分差异蛋白质的肽段序列及其 MALDI-TOF-TOF MS 二级质谱图 | 第147-149页 |
| 致谢 | 第149-150页 |
| 攻读博士学位期间（待）发表的学术论文和奖励 | 第150-152页 |
