| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 绪论 | 第13-41页 |
| 1.1 水产育种研究进展 | 第13-23页 |
| 1.1.1 水产育种方法 | 第13-16页 |
| 1.1.1.1 传统选择育种 | 第13-14页 |
| 1.1.1.2 雌核/雄核发育和单性育种 | 第14-15页 |
| 1.1.1.3 杂交育种 | 第15页 |
| 1.1.1.4 多倍体育种 | 第15-16页 |
| 1.1.1.5 其他 | 第16页 |
| 1.1.2 分子标记技术的发展对水产育种的影响 | 第16-23页 |
| 1.1.2.1 群体多样性分析 | 第17-18页 |
| 1.1.2.2 经济性状的QTL定位 | 第18-19页 |
| 1.1.2.3 亲子鉴定 | 第19页 |
| 1.1.2.4 高通量测序技术在水产育种中的展望 | 第19-22页 |
| 1.1.2.5 水产贝类的育种现状 | 第22-23页 |
| 1.2 群体遗传选育研究进展 | 第23-29页 |
| 1.2.1 群体的变异规律分析方法 | 第23-26页 |
| 1.2.1.1 群体内遗传多样性 | 第23-25页 |
| 1.2.1.2 群体间遗传多样性 | 第25-26页 |
| 1.2.2 群体的遗传规律分析方法 | 第26-29页 |
| 1.2.2.1 连锁不平衡分析 | 第26-28页 |
| 1.2.2.2 有效群体大小 | 第28-29页 |
| 1.3 全基因组关联分析和全基因组选择技术研究进展 | 第29-39页 |
| 1.3.1 全基因组关联分析(GWAS) | 第29-32页 |
| 1.3.1.1 全基因组关联分析概论 | 第29-30页 |
| 1.3.1.2 GWAS目标性状的选择 | 第30页 |
| 1.3.1.3 GWAS分析方法 | 第30-31页 |
| 1.3.1.4 影响GWAS的因素 | 第31页 |
| 1.3.1.5 GWAS的应用 | 第31-32页 |
| 1.3.2 全基因组选择育种(GS) | 第32-39页 |
| 1.3.2.1 全基因组选择概论 | 第32-33页 |
| 1.3.2.2 全基因组选择技术原理及进展 | 第33-37页 |
| 1.3.2.3 全基因组选择的应用 | 第37-38页 |
| 1.3.2.4 全基因组选择在水产育种中的应用展望 | 第38-39页 |
| 1.4 研究意义 | 第39-41页 |
| 2 栉孔扇贝连续选择群体的构建及表型性状分析 | 第41-49页 |
| 引言 | 第41-42页 |
| 2.1 栉孔扇贝连续选择群体的构建 | 第42-46页 |
| 2.1.1 实验材料和方法 | 第42-44页 |
| 2.1.2 选育手段及方法 | 第44-45页 |
| 2.1.3 结果与讨论 | 第45-46页 |
| 2.2 栉孔扇贝BSA群体表型性状分析 | 第46-49页 |
| 2.2.1 实验方法 | 第46页 |
| 2.2.1.1 性状测定方法 | 第46页 |
| 2.2.1.2 统计分析方法 | 第46页 |
| 2.2.2 实验结果 | 第46-48页 |
| 2.2.3 讨论 | 第48-49页 |
| 3 栉孔扇贝连续选择群体各世代基因型变化规律分析 | 第49-75页 |
| 引言 | 第49-50页 |
| 3.1 栉孔扇贝连续选择群体各世代SNP标记筛查 | 第50-59页 |
| 3.1.1 实验材料和方法 | 第50-55页 |
| 3.1.1.1 实验材料 | 第50页 |
| 3.1.1.2 主要仪器及试剂 | 第50-51页 |
| 3.1.1.3 栉孔扇贝基因组DNA提取 | 第51-52页 |
| 3.1.1.4 2b-RAD一步法文库构建 | 第52-54页 |
| 3.1.1.5 文库测序及返回数据质量分析 | 第54页 |
| 3.1.1.6 SNP分型 | 第54-55页 |
| 3.1.2 实验结果及讨论 | 第55-59页 |
| 3.1.2.1 DNA及文库构建质量 | 第55-57页 |
| 3.1.2.2 返回测序数据分析及SNP分型结果 | 第57-58页 |
| 3.1.2.3 Barcode的使用 | 第58-59页 |
| 3.2 栉孔扇贝连续选择群体群体遗传学参数分析 | 第59-67页 |
| 3.2.1 实验材料及方法 | 第59页 |
| 3.2.1.1 实验材料 | 第59页 |
| 3.2.1.2 实验方法 | 第59页 |
| 3.2.2 实验结果 | 第59-66页 |
| 3.2.2.1 三个世代选择群体内遗传多样性分析 | 第59-62页 |
| 3.2.2.2 三个世代选择群体间变异程度分析 | 第62-66页 |
| 3.2.3 讨论 | 第66-67页 |
| 3.3 栉孔扇贝全基因组水平连锁不平稳检测分析 | 第67-75页 |
| 3.3.1 材料和方法 | 第68-69页 |
| 3.3.1.1 实验群体 | 第68页 |
| 3.3.1.2 SNP筛查 | 第68页 |
| 3.3.1.3 SNP标记物理距离的获得 | 第68页 |
| 3.3.1.4 统计分析 | 第68-69页 |
| 3.3.2 实验结果 | 第69-72页 |
| 3.3.2.1 SNP筛查 | 第69页 |
| 3.3.2.2 SNP物理位置定位 | 第69-70页 |
| 3.3.2.3 连锁不平衡计算 | 第70-72页 |
| 3.3.3 讨论 | 第72-73页 |
| 3.3.3.1 各世代LD衰退水平评价 | 第72-73页 |
| 3.3.3.2 选择是否影响连锁不平衡 | 第73页 |
| 3.3.4 小结 | 第73-75页 |
| 4 全基因组选择与全基因组关联分析的应用 | 第75-95页 |
| 4.1 全基因组选择在栉孔扇贝中的应用 | 第75-83页 |
| 4.1.1 实验材料和方法 | 第75-76页 |
| 4.1.1.1 实验材料 | 第75页 |
| 4.1.1.2 SNP分型 | 第75页 |
| 4.1.1.3 育种值估计方法 | 第75-76页 |
| 4.1.2 实验结果 | 第76-81页 |
| 4.1.3 讨论 | 第81-83页 |
| 4.2 全基因组关联分析在栉孔扇贝中的应用 | 第83-89页 |
| GWAS概述 | 第83页 |
| 4.2.1 材料方法 | 第83页 |
| 4.2.2 实验结果 | 第83-88页 |
| 4.2.3 讨论 | 第88-89页 |
| 4.3 贝类全基因组选择遗传育种分析评估系统的完善 | 第89-95页 |
| 4.3.1 系统环境配置 | 第89-92页 |
| 4.3.1.1 Linux操作系统 | 第89页 |
| 4.3.1.2 Apache服务器安装配置 | 第89-90页 |
| 4.3.1.3 MySQL数据库配置 | 第90页 |
| 4.3.1.4 PHP设置 | 第90-92页 |
| 4.3.1.5 ThinkPHP框架 | 第92页 |
| 4.3.2 系统方案设计 | 第92-94页 |
| 4.3.2.1 数据库设计 | 第92页 |
| 4.3.2.2 GBLUP模块设计 | 第92-93页 |
| 4.3.2.3 Bayes LASSO模块设计 | 第93-94页 |
| 4.3.3 小结 | 第94-95页 |
| 5 结语 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-104页 |
| 附录 | 第104-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 个人简历 | 第120页 |
| 发表的学术论文 | 第120页 |
