| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 符号说明 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-15页 |
| 1 研究牛乳中脂肪酸组成具有重要意义 | 第11-12页 |
| 2 奶牛乳腺组织在不同泌乳阶段生理特征 | 第12-13页 |
| 3 乳腺组织转录组测序 | 第13-14页 |
| 3.1 转录组研究内容 | 第13页 |
| 3.2 转录组技术研究进展 | 第13-14页 |
| 4 本研究目的及意义 | 第14-15页 |
| 第二章 奶牛泌乳周期中乳成分及乳脂肪酸变化规律 | 第15-25页 |
| 1 引言 | 第15-16页 |
| 2 材料与方法 | 第16-18页 |
| 2.1 材料 | 第16-17页 |
| 2.1.1 实验材料采集 | 第16页 |
| 2.1.2 主要实验试剂 | 第16页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第16-17页 |
| 2.2 实验方法 | 第17页 |
| 2.2.1 乳成分测定 | 第17页 |
| 2.2.2 乳脂的抽提及甲酯化 | 第17页 |
| 2.2.3 脂肪酸气相色谱测定 | 第17页 |
| 2.3 统计方法 | 第17-18页 |
| 3 结果与分析 | 第18-22页 |
| 3.1 不同泌乳时期乳成分分析 | 第18-19页 |
| 3.2 气相色谱法脂肪酸检测结果 | 第19-22页 |
| 4 讨论 | 第22-25页 |
| 4.1 不同泌乳时期乳成分分析 | 第22-23页 |
| 4.2 不同泌乳阶段几种主要脂肪酸与乳脂代谢关系 | 第23-25页 |
| 第三章 奶牛乳腺组织转录组分析 | 第25-77页 |
| 1 试验材料 | 第25-27页 |
| 1.1 试验动物和样品的采集 | 第25页 |
| 1.2 主要仪器 | 第25-26页 |
| 1.3 主要试剂 | 第26页 |
| 1.4 主要数据库 | 第26页 |
| 1.5 主要软件 | 第26-27页 |
| 2 实验步骤 | 第27-28页 |
| 2.1 总RNA提取 | 第27页 |
| 2.2 上机测序 | 第27页 |
| 2.3 数据预处理以及质量控制 | 第27页 |
| 2.4 基因定量、差异基因筛选、功能富集及聚类分析 | 第27-28页 |
| 3 数据统计分析 | 第28-32页 |
| 3.1 参考序列比对分析 | 第28页 |
| 3.2 基因表达水平分析 | 第28页 |
| 3.3 基因表达量分析 | 第28页 |
| 3.4 差异表达基因的筛选及GO和KEGG富集分析 | 第28-29页 |
| 3.5 脂质代谢基因表达趋势的聚类及GO富集分析 | 第29-31页 |
| 3.6 转录组脂质代谢基因生物信息分析总流程图 | 第31-32页 |
| 4 结果及分析 | 第32-72页 |
| 4.1 总RNA的质量检测 | 第32页 |
| 4.2 RNASeq测序质控 | 第32-35页 |
| 4.2.1 碱基质量分布检查 | 第32-34页 |
| 4.2.2 转录组项目评估 | 第34-35页 |
| 4.3 基因差异表达分析及筛选 | 第35-44页 |
| 4.3.1 所有泌乳周期中各时期上调、下调差异基因 | 第36-37页 |
| 4.3.2 对照-7d整个泌乳周期各时间段差异基因交集 | 第37-39页 |
| 4.3.3 通过各时期差异基因筛选可能与脂质相关的各时期差异基因 | 第39-44页 |
| 4.4 各时间段与脂肪代谢相关上调、下调基因的GO、KEGG富集分析结果 | 第44-62页 |
| 4.4.1 各时间段可能与脂肪代谢相关上调、下调基因的GO富集分析结果 | 第44-55页 |
| 4.4.2 各时间段可能与脂肪代谢相关上调、下调基因的KEGG富集分析结果 | 第55-62页 |
| 4.5 时间序列基因表达数据的聚类 | 第62-72页 |
| 4.5.1 基因表达趋势 | 第62页 |
| 4.5.2 基因表达趋势聚类模型 | 第62-72页 |
| 5 讨论 | 第72-77页 |
| 5.1 差异表达基因GO富集分析与KEGG功能富集分析 | 第72-74页 |
| 5.2 时间序列基因表达数据的聚类分析 | 第74-77页 |
| 结论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-85页 |
| 附录 Appendix | 第85-88页 |
| 附录1 | 第85-86页 |
| 附录2 | 第86-87页 |
| 附录3 | 第87-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 攻读学位期间发表和参与发表的学术论文目录 | 第89-90页 |
