| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-46页 |
| 1.1 金黄色葡萄球菌简介 | 第12-15页 |
| 1.1.1 引言 | 第12页 |
| 1.1.2 金黄色葡萄球菌的基本生理特征 | 第12-13页 |
| 1.1.3 金黄色葡萄球菌的致病性简介 | 第13-15页 |
| 1.2 金黄色葡萄球菌的基因组简介 | 第15-27页 |
| 1.2.1 引言 | 第15-16页 |
| 1.2.2 金黄色葡萄球菌基因组的基本特征 | 第16-19页 |
| 1.2.3 金黄色葡萄球菌的可移动元件 | 第19-27页 |
| 1.3 CRISPR-Cas系统简介 | 第27-38页 |
| 1.3.1 引言 | 第27-28页 |
| 1.3.2 CRISPR-Cas系统的发现历史与基本特征 | 第28页 |
| 1.3.3 CRISPR-Cas系统的分型与分布 | 第28-32页 |
| 1.3.4 CRISPR-Cas系统的免疫功能研究进展 | 第32-35页 |
| 1.3.5 CRISPR-Cas系统的免疫之外的功能研究进展 | 第35-38页 |
| 1.4 Ⅲ型CRISPR-Cas系统研究进展 | 第38-45页 |
| 1.4.1 引言 | 第38页 |
| 1.4.2 Ⅲ型CRISPR-Cas系统中的免疫效应复合物 | 第38-41页 |
| 1.4.3 Ⅲ型CRISPR-Cas系统免疫机制研究进展 | 第41-44页 |
| 1.4.4 Ⅲ型CRISPR-Cas系统的识别自我与非我的机制 | 第44-45页 |
| 1.5 本课题的研究内容及研究目的 | 第45-46页 |
| 1.5.1 本课题的提出背景 | 第45页 |
| 1.5.2 本课题的研究内容及目的 | 第45-46页 |
| 第二章 实验材料及方法 | 第46-68页 |
| 2.1 实验材料 | 第46-55页 |
| 2.1.1 实验中所使用的菌株 | 第46页 |
| 2.1.2 实验中所使用的质粒 | 第46-48页 |
| 2.1.3 实验中所使用的引物 | 第48-53页 |
| 2.1.4 实验中所使用的培养基 | 第53-54页 |
| 2.1.5 实验中所使用的试剂 | 第54-55页 |
| 2.1.6 实验中所使用的仪器 | 第55页 |
| 2.2 实验方法 | 第55-68页 |
| 2.2.1 细菌的培养条件与感受态制备方法 | 第55-57页 |
| 2.2.2 大肠杆菌相关的分子生物学实验方法 | 第57-59页 |
| 2.2.3 金黄色葡萄球菌相关的生物学实验方法 | 第59-65页 |
| 2.2.4 实验中所使用质粒的构建方法 | 第65-66页 |
| 2.2.5 含Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统临床菌株的筛选方法 | 第66-67页 |
| 2.2.6 金黄色葡萄球菌高通量测序及相关的分析方法 | 第67-68页 |
| 第三章 实验结果及分析 | 第68-100页 |
| 3.1 含Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统临床菌株的鉴定 | 第68-76页 |
| 3.1.1 葡萄球菌中CRISPR-Cas系统的序列分析与筛选引物设计 | 第68-69页 |
| 3.1.2 在临床菌株中通过PCR筛选确定CRISPR-Cas系统阳性的菌株 | 第69-72页 |
| 3.1.3 六个含CRISPR-Cas系统菌株的全基因组测序与菌株分型分析 | 第72-76页 |
| 3.2 葡萄球菌中Ⅲ-A型系统中CRISPR序列的分析 | 第76-83页 |
| 3.2.1 葡萄球菌中Ⅲ-A型CRISPR序列中Repeat序列的比对分析 | 第76-78页 |
| 3.2.2 Ⅲ-A型中CRISPR序列中Spacer序列的比对分析 | 第78-80页 |
| 3.2.3 金黄色葡萄球菌的Ⅲ-A型CRISPR序列中spacer的同源序列分析 | 第80-83页 |
| 3.3 临床菌株中Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统的免疫功能与机制研究 | 第83-91页 |
| 3.3.1 葡萄球菌中Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统免疫对靶标转录依赖性的研究 | 第84-87页 |
| 3.3.2 葡萄球菌中Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统识别靶序列的匹配要求探索 | 第87-90页 |
| 3.3.3 葡萄球菌中Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统中Cas蛋白的功能探索 | 第90-91页 |
| 3.4 CRISPR-Cas系统敲除菌株的非经典功能研究 | 第91-100页 |
| 3.4.1 RNA-Seq测序数据分析 | 第92-93页 |
| 3.4.2 AH3菌株中部分差异表达基因分析及RealTime-PCR检测 | 第93-96页 |
| 3.4.3 AH3菌株中CRISPR-Cas系统对毒力基因表达的调控功能研究 | 第96-100页 |
| 第四章 讨论 | 第100-104页 |
| 4.1 CRISPR-Cas系统的筛选总结 | 第100页 |
| 4.2 Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统中leader序列的功能 | 第100-102页 |
| 4.3 Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统免疫之外的功能分析 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 致谢 | 第114-116页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第116页 |
