| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第1章 绪论 | 第15-39页 |
| 1.1 分子考古学的研究对象 | 第15-22页 |
| 1.1.1 蛋白质 | 第15-16页 |
| 1.1.2 DNA | 第16-22页 |
| 1.2 分子考古学的研究技术 | 第22-28页 |
| 1.2.1 古DNA采样的选择 | 第22-23页 |
| 1.2.2 古DNA提取技术 | 第23页 |
| 1.2.3 古DNA的扩增和测序技术 | 第23-24页 |
| 1.2.4 古基因组学研究技术 | 第24-28页 |
| 1.3 分子考古学的研究进展 | 第28-33页 |
| 1.3.1 分子考古学发展历程 | 第29-30页 |
| 1.3.2 基于新一代测序技术的古基因组学研究进展 | 第30-33页 |
| 1.4 中国北方史前人群的分子考古学研究 | 第33-37页 |
| 1.4.1 中国北方的地理位置以及与北部欧亚大陆的关系 | 第33-34页 |
| 1.4.2 已有的研究成果 | 第34-36页 |
| 1.4.3 目前研究的不足之处及运用基因组学的必要性 | 第36-37页 |
| 1.5 立题依据 | 第37-39页 |
| 第2章 材料与方法 | 第39-55页 |
| 2.1 样本采集 | 第39页 |
| 2.2 样本信息 | 第39-45页 |
| 2.2.1 新疆下坂地墓地历史背景 | 第39-43页 |
| 2.2.2 吉林大安后套木嘎墓地历史背景 | 第43-45页 |
| 2.3 实验试剂和耗材 | 第45-47页 |
| 2.4 实验方法 | 第47-53页 |
| 2.4.1 污染防治 | 第47-48页 |
| 2.4.2 古代样本的处理 | 第48页 |
| 2.4.3 DNA的提取 | 第48-49页 |
| 2.4.4 PCR扩增 | 第49-50页 |
| 2.4.5 性别鉴定： | 第50页 |
| 2.4.6 目标片段回收 | 第50页 |
| 2.4.7 DNA序列测定 | 第50-51页 |
| 2.4.8 构建DNA文库 | 第51-52页 |
| 2.4.9 建库后样本检验 | 第52页 |
| 2.4.10 目标序列的捕获 | 第52-53页 |
| 2.4.11 Illumina平台进行高通量测序 | 第53页 |
| 2.5 测序后原始数据处理 | 第53页 |
| 2.6 系统发育分析 | 第53-55页 |
| 第3章 新疆下坂地墓地青铜时期古代人群的分子遗传学分析 | 第55-77页 |
| 3.1 古代个体线粒体基因组实验结果与分析 | 第55-64页 |
| 3.1.1 结果真实性分析 | 第55-56页 |
| 3.1.2 线粒体全序列分型 | 第56-60页 |
| 3.1.3 古代人群的奠基者效应检验 | 第60-61页 |
| 3.1.4 下坂地人群各单倍型时间节点的估算 | 第61-63页 |
| 3.1.5 主成分分析 | 第63-64页 |
| 3.2 下板地古代个体M29的全基因组范围目标捕获的结果分析 | 第64-71页 |
| 3.2.1 结果真实性分析 | 第64-65页 |
| 3.2.2 全基因组范围目标捕获的测序结果 | 第65页 |
| 3.2.3 Y染色体目标捕获结果与单倍型类群分型 | 第65-66页 |
| 3.2.4 常染色体捕获数据分析 | 第66-67页 |
| 3.2.5 主成分分析 | 第67-69页 |
| 3.2.6 古代个体的遗传混合度分析 | 第69-71页 |
| 3.3 讨论 | 第71-76页 |
| 3.4 小结 | 第76-77页 |
| 第4章 吉林后套木嘎遗址中石器至西汉时期人群的分子遗传学分析 | 第77-87页 |
| 4.1 结果与分析 | 第77-84页 |
| 4.1.1 数据基本信息 | 第77-81页 |
| 4.1.2 主成分分析 | 第81-82页 |
| 4.1.3 f4-statistics分析 | 第82页 |
| 4.1.4 f3-statistics分析 | 第82-83页 |
| 4.1.5 后套木嘎古代人群的Admixture分析 | 第83-84页 |
| 4.2 讨论 | 第84-86页 |
| 4.3 小结 | 第86-87页 |
| 总结 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-99页 |
| 附录 | 第99-105页 |
| 附录 1. 欧亚大陆古代人群的线粒体单倍型频率分布 | 第99-100页 |
| 附录 2. Y染色体R1a-Z93进化树 | 第100-101页 |
| 附录 3. 本研究涉及欧亚大陆不同人群的地理位置 | 第101-102页 |
| 附录 4. 后套木嘎人群与欧亚大陆不同人群的f4-statistics分析 | 第102-105页 |
| 攻读博士学位期间获得的科研成果 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106页 |
