| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 综述 | 第13-22页 |
| 1 甘蔗与黑穗病菌互作的研究现状 | 第13-16页 |
| 1.1 甘蔗黑穗病 | 第13-14页 |
| 1.2 甘蔗品种抗黑穗病性的形态和生理生化机理研究 | 第14页 |
| 1.3 甘蔗品种抗黑穗病性的分子机理研究 | 第14-16页 |
| 2 植物miRNA研究概况 | 第16-19页 |
| 2.1 miRNA的发现 | 第16-17页 |
| 2.2 miRNA的起源、加工与合成 | 第17页 |
| 2.3 miRNA的命名规则 | 第17页 |
| 2.4 miRNA的作用机制 | 第17-18页 |
| 2.5 miRNA与植物的生长发育 | 第18页 |
| 2.6 miRNA与植物激素的调节及信号转导 | 第18-19页 |
| 2.7 miRNA与植物生物和非生物胁迫 | 第19页 |
| 3 植物miRNA的获得与检测 | 第19-20页 |
| 4 研究背景、目的与意义 | 第20-21页 |
| 5 技术路线 | 第21-22页 |
| 第二章 甘蔗小RNA高通量测序和miRNA的鉴定与注释 | 第22-39页 |
| 1 实验材料 | 第22-23页 |
| 1.1 甘蔗黑穗病菌孢子收集 | 第22页 |
| 1.2 植物材料及处理 | 第22-23页 |
| 1.3. 主要试剂 | 第23页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第23页 |
| 1.5 主要使用的数据库 | 第23页 |
| 2 实验方法 | 第23-25页 |
| 2.1 总RNA提取 | 第23页 |
| 2.2 总RNA质量检测 | 第23-24页 |
| 2.2.1 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第24页 |
| 2.2.2 酶标仪与Agilent 2100检测 | 第24页 |
| 2.3 HiSeq测序 | 第24-25页 |
| 3 结果与分析 | 第25-37页 |
| 3.1 总RNA质量检测 | 第25-26页 |
| 3.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第25-26页 |
| 3.1.2 酶标仪与Agilent 2100检测 | 第26页 |
| 3.2 测得小RNA数据的评估 | 第26-28页 |
| 3.2.1 测得小RNA数据质量 | 第26-27页 |
| 3.2.2 小RNA序列长度分布 | 第27页 |
| 3.2.3 样品间小RNA公共及特有序列分析 | 第27-28页 |
| 3.3 小RNA序列的清理 | 第28-30页 |
| 3.3.1 小RNA与重复序列的比对 | 第28-29页 |
| 3.3.2 小RNA序列与GenBank数据库比对结果 | 第29-30页 |
| 3.3.3 小RNA序列与Rfam数据库比对结果 | 第30页 |
| 3.4 小RNA的分类注释 | 第30-32页 |
| 3.5 已知miRNA表达谱信息 | 第32-33页 |
| 3.6 新miRNA预测信息统计 | 第33-37页 |
| 3.6.1 新miRNA筛选 | 第33-35页 |
| 3.6.2 新miRNA的碱基分布统计 | 第35-37页 |
| 3.6.2.1 新miRNA的首位点碱基分布 | 第35-36页 |
| 3.6.2.2 新miRNA各位点碱基分布 | 第36-37页 |
| 4 讨论 | 第37-39页 |
| 第三章 差异miRNA的筛选及其qRT-PCR表达分析 | 第39-57页 |
| 1 实验材料 | 第39页 |
| 1.1 植物材料及处理 | 第39页 |
| 1.2 主要试剂 | 第39页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第39页 |
| 2 实验方法 | 第39-42页 |
| 2.1 不同样本中差异表达miRNA的筛选及其表达模式聚类分析 | 第39-40页 |
| 2.1.1 差异表达miRNA筛选 | 第39-40页 |
| 2.1.2 差异表达miRNA的表达模式聚类分析 | 第40页 |
| 2.2 实时荧光定量(qRT-PCR)表达验证 | 第40-42页 |
| 2.2.1 总RNA提取与检测 | 第40页 |
| 2.2.2 引物设计 | 第40-41页 |
| 2.2.3 反转录 | 第41-42页 |
| 2.2.4 qRT-PCR表达分析 | 第42页 |
| 2.3 miRNA的表达模式分析 | 第42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-55页 |
| 3.1 不同样本中差异表达的已知miRNA筛选 | 第42-47页 |
| 3.1.1 已知miRNA的差异表达分析 | 第42-45页 |
| 3.1.2 已知miRNA的表达模式聚类分析 | 第45-47页 |
| 3.2 不同样本中差异表达的新miRNA筛选 | 第47-49页 |
| 3.2.1 新miRNA的差异表达分析 | 第47-48页 |
| 3.2.2 新miRNA的表达模式聚类分析 | 第48-49页 |
| 3.3 miRNA表达的qRT-PCR验证 | 第49-52页 |
| 3.3.1 miRNA和内参基因的溶解曲线 | 第49-51页 |
| 3.3.2 qRT-PCR表达验证 | 第51-52页 |
| 3.4 miRNA的表达模式分析 | 第52-55页 |
| 4 讨论 | 第55-57页 |
| 第四章 差异miRNA的功能分析和靶基因预测及其表达分析 | 第57-80页 |
| 1 实验材料 | 第57-58页 |
| 1.1 植物材料及处理 | 第57页 |
| 1.2 主要试剂与仪器 | 第57页 |
| 1.3 数据库 | 第57-58页 |
| 2 实验方法 | 第58-60页 |
| 2.1 miRNA靶基因预测 | 第58页 |
| 2.2 GO富集分析 | 第58-59页 |
| 2.3 KEGG通路分析 | 第59页 |
| 2.4 靶基因的qRT-PCR表达分析 | 第59-60页 |
| 2.4.1 总RNA提取与检测 | 第59页 |
| 2.4.2 引物设计 | 第59-60页 |
| 2.4.3 反转录 | 第60页 |
| 2.4.4 qRT-PCR表达分析 | 第60页 |
| 3 结果与分析 | 第60-75页 |
| 3.1 miRNA靶基因的预测 | 第60-62页 |
| 3.2 GO分析 | 第62-69页 |
| 3.2.1 已知miRNA靶基因的GO分析 | 第62-66页 |
| 3.2.1.1 GO富集倍数分析 | 第62-65页 |
| 3.2.1.2 靶基因的种类和分布 | 第65-66页 |
| 3.2.2 新miRNA靶基因的GO分析 | 第66-69页 |
| 3.2.2.1 GO富集倍数分析 | 第66-67页 |
| 3.2.2.2 靶基因的种类和分布 | 第67-69页 |
| 3.3 KEGG分析 | 第69-71页 |
| 3.3.1 已知miRNA靶基因的KEGG分析 | 第69-70页 |
| 3.3.2 新miRNA靶基因的KEGG分析 | 第70-71页 |
| 3.4 靶基因的qRT-PCR表达分析 | 第71-75页 |
| 3.4.1 靶基因和内参基因的溶解曲线 | 第71-73页 |
| 3.4.2 qRT-PCR表达分析 | 第73-75页 |
| 4 讨论 | 第75-80页 |
| 4.1 靶基因的预测与功能注释 | 第75-76页 |
| 4.2 抗性相关代谢途径分析 | 第76-79页 |
| 4.2.1 植物MAPK信号途径 | 第76-77页 |
| 4.2.2 植物激素信号转导途径 | 第77页 |
| 4.2.3 植物与病原菌互作途径 | 第77-79页 |
| 4.3 部分靶基因的qRT-PCR表达分析 | 第79-80页 |
| 第五章 结论与展望 | 第80-82页 |
| 5.1 结论 | 第80-81页 |
| 5.2 创新点与后续工作展望 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
