| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第10-12页 |
| 1.1.1 基于生物大数据的数学建模方法 | 第10-11页 |
| 1.1.2 生物数学模型的重要应用 | 第11-12页 |
| 1.2 物种的系统发育分析 | 第12-13页 |
| 1.2.1 物种的系统发育分析目的及意义 | 第12页 |
| 1.2.2 物种的系统发育分析方法 | 第12-13页 |
| 1.3 非编码RNA预测 | 第13-14页 |
| 1.3.1 非编码RNA的相关概念 | 第13页 |
| 1.3.2 非编码RNA的预测方法 | 第13-14页 |
| 1.4 论文的主要研究内容 | 第14-18页 |
| 1.4.1 预备知识 | 第14-16页 |
| 1.4.2 论文的主要研究内容 | 第16-18页 |
| 第2章 基于字符间隔距离的生物序列模型 | 第18-25页 |
| 2.1 基于碱基间隔距离的DNA序列模型 | 第18-23页 |
| 2.1.1 碱基间隔距离序列 | 第19-20页 |
| 2.1.2 碱基间隔距离序列重构DNA序列 | 第20-21页 |
| 2.1.3 基于碱基间隔距离序列的20维特征向量 | 第21-23页 |
| 2.2 基于氨基酸间隔距离的蛋白质序列模型 | 第23-24页 |
| 2.2.1 氨基酸间隔距离序列 | 第23页 |
| 2.2.2 氨基酸间隔距离序列重构蛋白质序列 | 第23-24页 |
| 2.2.3 基于氨基酸间隔距离序列的100维特征向量 | 第24页 |
| 2.3 本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 基于字符间隔距离的生物序列相似性分析 | 第25-51页 |
| 3.1 DNA序列的相似性分析 | 第26-36页 |
| 3.1.1 真哺乳亚纲动物的相似性分析 | 第26-31页 |
| 3.1.2 线粒体RNA数据集相似性分析 | 第31-36页 |
| 3.1.3 经典的11物种相似性分析 | 第36页 |
| 3.2 非编码RNA序列相似性分析 | 第36-41页 |
| 3.3 蛋白质序列相似性分析 | 第41-50页 |
| 3.3.1 ND5数据集相似性分析 | 第41-43页 |
| 3.3.2 FG数据集相似性分析 | 第43-47页 |
| 3.3.3 转铁蛋白相似性分析 | 第47-50页 |
| 3.4 本章小结 | 第50-51页 |
| 第4章 基于碱基间隔距离的必需基因识别 | 第51-56页 |
| 4.1 支持向量机和AUC面积 | 第51-52页 |
| 4.2 机器学习中的评价指标 | 第52-53页 |
| 4.3 五类细菌的必需基因识别 | 第53-55页 |
| 4.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 结论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 攻读硕士学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64页 |