| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 主要符号表 | 第11-12页 |
| 第1章 引言 | 第12-19页 |
| 1.1 环状RNA研究简介 | 第12-14页 |
| 1.1.1 环状RNA的发现 | 第12页 |
| 1.1.2 环状RNA的结构特征及形成机制 | 第12-13页 |
| 1.1.3 环状RNA的生物学功能 | 第13-14页 |
| 1.2 环状RNA高通量测序及生物信息学预测 | 第14-16页 |
| 1.2.1 测序技术与生物信息学的发展 | 第14-15页 |
| 1.2.2 环状RNA的高通量测序 | 第15页 |
| 1.2.3 环状RNA的生物信息学预测简介 | 第15-16页 |
| 1.3 大黄鱼基因组及转录组研究进展 | 第16-18页 |
| 1.3.1 大黄鱼基因组的研究概况 | 第16页 |
| 1.3.2 大黄鱼转录组的研究概况 | 第16-17页 |
| 1.3.3 大黄鱼以及其他鱼类的性腺转录组研究概况 | 第17-18页 |
| 1.4 本研究的目的及内容 | 第18-19页 |
| 第2章 大黄鱼环状RNA挖掘流程的搭建与评估 | 第19-25页 |
| 2.1 材料与方法 | 第19-21页 |
| 2.1.1 生物信息学工具 | 第19页 |
| 2.1.2 模拟数据构建 | 第19-20页 |
| 2.1.3 不同流程对模拟数据的挖掘 | 第20-21页 |
| 2.2 模拟结果与分析 | 第21-22页 |
| 2.2.1 在相同表达量的线性转录本与不同表达量的环性转录本下，两种流程的挖掘结果比较 | 第21页 |
| 2.2.2 在相同表达量的环性转录本与不同表达量的线性转录本下，两种流程的挖掘结果比较 | 第21-22页 |
| 2.2.3 在高表达量的环性转录本与低表达的线性转录本下，两种流程的挖掘结果比较 | 第22页 |
| 2.3 讨论 | 第22-25页 |
| 第3章 大黄鱼普通转录组中环状RNA的挖掘与功能分析 | 第25-36页 |
| 3.1 材料与方法 | 第25-28页 |
| 3.1.1 大黄鱼普通转录组中环状RNA挖掘与分析的总体流程 | 第25页 |
| 3.1.2 生物信息学工具 | 第25-26页 |
| 3.1.3 大黄鱼转录组数据集预处理 | 第26页 |
| 3.1.4 大黄鱼环状RNA的预测 | 第26页 |
| 3.1.5 大黄鱼环状RNA的实验验证 | 第26-27页 |
| 3.1.6 大黄鱼环状RNA来源基因的GO与KEGG分析 | 第27页 |
| 3.1.7 大黄鱼环状RNA上的潜在microRNA靶位点预测 | 第27-28页 |
| 3.2 结果与分析 | 第28-33页 |
| 3.2.1 大黄鱼传统转录组中的环状RNA预测结果分析 | 第28-29页 |
| 3.2.2 大黄鱼环状RNA的实验验证 | 第29-30页 |
| 3.2.3 大黄鱼环状RNA来源基因的GO与KEGG富集分析 | 第30-32页 |
| 3.2.4 大黄鱼环状RNA潜在microRNA靶位点预测结果分析 | 第32-33页 |
| 3.3 讨论与小结 | 第33-36页 |
| 第4章 大黄鱼雌雄鱼性腺转录组中环状RNA的挖掘分析 | 第36-48页 |
| 4.1 实验材料 | 第36-37页 |
| 4.1.1 试验用鱼 | 第36页 |
| 4.1.2 主要实验仪器与试剂 | 第36页 |
| 4.1.3 生物信息分析工具 | 第36-37页 |
| 4.2 实验方法与步骤 | 第37-38页 |
| 4.2.1 RNA提取 | 第37-38页 |
| 4.2.2 去除基因组DNA | 第38页 |
| 4.2.3 上机测序文库构建与测序 | 第38页 |
| 4.3 测序数据的生物信息学分析 | 第38-40页 |
| 4.3.1 数据质量控制与过滤 | 第38页 |
| 4.3.2 大黄鱼性腺中环状RNA的挖掘与表达量评估 | 第38-39页 |
| 4.3.3 大黄鱼雌雄鱼性腺中环状RNA的差异分析 | 第39页 |
| 4.3.4 差异环状RNA的编码基因GO与KEGG分析 | 第39-40页 |
| 4.3.5 差异环状RNA的microRNA的靶位点预测以及circRNA-miRNA-mRNA转录调控网络分析 | 第40页 |
| 4.4 结果与分析 | 第40-46页 |
| 4.4.1 大黄鱼性腺环状RNA表达结果分析 | 第40-41页 |
| 4.4.2 大黄鱼雌雄性腺环状RNA差异结果分析 | 第41-43页 |
| 4.4.3 差异性腺环状RNA的编码基因的GO与KEGG分析 | 第43-44页 |
| 4.4.4 差异性腺环状RNA、mRNA以及miRNA的网络结果分析 | 第44-46页 |
| 4.5 讨论 | 第46-48页 |
| 第5章 总结与展望 | 第48-50页 |
| 5.1 总结 | 第48页 |
| 5.2 创新点 | 第48-49页 |
| 5.3 展望 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 附录 | 第55-60页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第60页 |
