| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略语表 | 第7-8页 |
| 1 前言 | 第8-18页 |
| ·文献综述 | 第8-16页 |
| ·水稻代谢组研究意义与现状 | 第8-9页 |
| ·GWAS研究现状 | 第9-12页 |
| ·PheWAS研究现状 | 第12-13页 |
| ·系统遗传学简介与应用 | 第13-16页 |
| ·研究目的与意义 | 第16-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-26页 |
| ·主要硬件及软件 | 第18页 |
| ·工具和数据库 | 第18-20页 |
| ·数据来源 | 第20-21页 |
| ·数据处理与分析 | 第21-26页 |
| ·统计学分析方法 | 第21-24页 |
| ·生物学分析方法 | 第24-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-44页 |
| ·表型群体分布 | 第26-28页 |
| ·全表型组关联分析结果 | 第28-34页 |
| ·系统关联与基因互作网络 | 第28-31页 |
| ·显著关联对分布 | 第31-32页 |
| ·与GWAS结果比较 | 第32-34页 |
| ·生物学功能分析与验证 | 第34-44页 |
| ·一般匹配（general match） | 第34-37页 |
| ·精确匹配（exact match） | 第37-44页 |
| 4 讨论 | 第44-48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 附录 | 第54-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |