| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第11-16页 |
| 1 引言 | 第16-38页 |
| ·RNA修饰 | 第16-17页 |
| ·m6A的发现及研究历程 | 第17-19页 |
| ·m6A的发现 | 第17-18页 |
| ·m6A研究的里程碑事件 | 第18-19页 |
| ·m6A甲基化/去甲基化及修饰后的调节 | 第19-24页 |
| ·m6A甲基化/去甲基化的动态可逆过程 | 第19-20页 |
| ·METTL3 | 第20-22页 |
| ·其他相关基因的研究 | 第22-24页 |
| ·m6A分布特点及motif研究 | 第24-26页 |
| ·m6A的组织分布特点 | 第24-25页 |
| ·m6A的基因组分布特点 | 第25页 |
| ·m6A保守序列的研究 | 第25-26页 |
| ·m6A生物学功能 | 第26-28页 |
| ·m6A检测方法及IP-seq技术概述 | 第28-31页 |
| ·MeRIP-seq技术的实验原理 | 第28-29页 |
| ·MeRIP-seq技术的数据分析方法 | 第29-30页 |
| ·单核苷酸分辨率定量检测m6A水平 | 第30-31页 |
| ·调控种子早期萌发相关基因与机制的研究概述 | 第31-37页 |
| ·种子萌发 | 第31-32页 |
| ·调控种子早期发育的相关基因与机制的概述 | 第32-37页 |
| ·研究内容与研究意义 | 第37-38页 |
| 2 材料与方法 | 第38-50页 |
| ·实验样品 | 第38页 |
| ·实验试剂与耗材 | 第38-39页 |
| ·MeRIP-seq实验方法 | 第39-45页 |
| ·RNA-seq文库构建 | 第39-45页 |
| ·基于抗m~6A抗体的免疫沉淀反应 | 第45页 |
| ·数据分析方法 | 第45-50页 |
| ·原始数据的质量评估及预处理 | 第46页 |
| ·有效测序数据的序列比对 | 第46-47页 |
| ·基因定量、差异表达分析及聚类分析 | 第47-48页 |
| ·特定基因的功能分析 | 第48-49页 |
| ·m6A peak的定量及差异分析 | 第49页 |
| ·m6A保守序列的搜索与鉴定 | 第49-50页 |
| 3 结果与讨论 | 第50-80页 |
| ·甲基化区域的鉴定方法--MeRIP-PF的研发 | 第50-54页 |
| ·MeRIP-PF方法的原理 | 第50-52页 |
| ·MeRIP-PF性能测试 | 第52-53页 |
| ·MeRIP-PF与最新方法的比较 | 第53-54页 |
| ·水稻m6A甲基化修饰谱的基本特征 | 第54-60页 |
| ·6个样品的测序数据(IP+Input)的基本情况 | 第54-55页 |
| ·水稻中m6A peak的鉴定 | 第55-56页 |
| ·水稻中m6A peak的分布特征 | 第56-59页 |
| ·m6A peak与基因特征、基因表达的关系 | 第59-60页 |
| ·SMG的鉴定及其机制的探索 | 第60-65页 |
| ·SMG的定义 | 第60-61页 |
| ·SMG的鉴定与功能分析 | 第61-62页 |
| ·SMG相关机制的探索 | 第62-65页 |
| ·水稻种子萌发早期基因表达与m6A修饰的关系 | 第65-80页 |
| ·种子萌发早期的共表达基因的聚类分析 | 第66-69页 |
| ·共表达基因的功能分析 | 第69-77页 |
| ·种子萌发早期重要调控基因m6A的动态变化 | 第77-80页 |
| 4 结论 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-92页 |
| 附录A | 第92-100页 |
| 附录B | 第100-104页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第104页 |