| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-17页 |
| 第一章 前言 | 第17-35页 |
| ·核开关(Riboswitch)研究进展 | 第17-28页 |
| ·核开关的发现及命名 | 第17-18页 |
| ·核开关的类型 | 第18-23页 |
| ·调控氨基酸代谢的核开关 | 第18-19页 |
| ·调控维生素代谢的核开关 | 第19页 |
| ·调控嘌呤代谢的核开关 | 第19-20页 |
| ·Glms核开关 | 第20页 |
| ·Cyclic-di-GMP核开关 | 第20-23页 |
| ·核开关的调控机理 | 第23-26页 |
| ·转录水平的调控 | 第24-25页 |
| ·翻译水平的调控 | 第25页 |
| ·参与mRNA的剪切和加工 | 第25-26页 |
| ·研究核开关的方法 | 第26页 |
| ·SAM核开关的研究进展 | 第26-28页 |
| ·SAM核开关的分类 | 第27-28页 |
| ·SAM核开关的三维结构解析 | 第28页 |
| ·SAM核开关的应用前景 | 第28页 |
| ·十字花科黑腐病菌分子生物学研究简介 | 第28-33页 |
| ·十字花科黑腐病菌简介 | 第28-29页 |
| ·十字花科黑腐病菌致病机理研究进展简介 | 第29-32页 |
| ·十字花科黑腐病菌的基因表达调控进展简介 | 第32-33页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第33-35页 |
| 第二章 材料与方法 | 第35-64页 |
| ·菌株和质粒 | 第35-36页 |
| ·探针及引物 | 第36-39页 |
| ·抗生素 | 第39页 |
| ·培养基 | 第39-40页 |
| ·试剂和缓冲液 | 第40-42页 |
| ·菌株的活化、培养及保存条件 | 第42-43页 |
| ·相关试材 | 第43页 |
| ·总DNA的提取 | 第43页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第43-44页 |
| ·电泳 | 第44-46页 |
| ·DNA的琼脂糖凝胶电泳 | 第44页 |
| ·RNA的聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第44-46页 |
| ·常规PCR反应 | 第46-47页 |
| ·DNA纯化 | 第47页 |
| ·DNA酶切 | 第47-48页 |
| ·DNA胶回收 | 第48页 |
| ·DNA连接 | 第48页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第48-49页 |
| ·转化 | 第49-50页 |
| ·化学转化 | 第49页 |
| ·电脉冲转化 | 第49-50页 |
| ·测序 | 第50页 |
| ·三亲本结合 | 第50页 |
| ·突变体营养缺陷型检测 | 第50-51页 |
| ·植株致病力测定 | 第51页 |
| ·GUS活性测定 | 第51-53页 |
| ·平板检测 | 第51页 |
| ·定量检测 | 第51-53页 |
| ·翻译融合报告菌株的构建 | 第53页 |
| ·引物介导的定点突变 | 第53-55页 |
| ·RNA操作 | 第55-57页 |
| ·RNA的提取 | 第55-56页 |
| ·RNA的定量与纯度测定 | 第56-57页 |
| ·RT-PCR | 第57-58页 |
| ·RNA样品中的DNA消化处理 | 第57页 |
| ·RNA消化产物的验证 | 第57页 |
| ·反转录合成cDNA | 第57-58页 |
| ·以cDNA为模板进行PCR验证 | 第58页 |
| ·Northern Blot | 第58-59页 |
| ·生物信息学分析方法 | 第59-60页 |
| ·5'-RACE | 第60-64页 |
| ·RNA的提取及纯度检测 | 第60页 |
| ·DNA的消化及验证 | 第60页 |
| ·第一链cDNA合成 | 第60-61页 |
| ·S.N.A.P.柱纯化cDNA | 第61-62页 |
| ·cDNA加尾 | 第62页 |
| ·dC-tailed常规PCR | 第62-64页 |
| 第三章 结果与分析 | 第64-96页 |
| ·Xcc 8004基因组中存在一段与Ⅰ型SAM核开关序列高度相似的序列 | 第64-65页 |
| ·SAM-I_(XCC)位于一个可能是编码甲硫氨酸合成途径关键酶的基因簇的5'UTR区 | 第65-67页 |
| ·XC1251-XC1252-XC1253共转录 | 第67-68页 |
| ·XC1251-XC1253基因簇是Xcc 8004合成甲硫氨酸必需的且与致病相关 | 第68-72页 |
| ·XC1251-XC1253基因簇突变体为甲硫氨酸营养缺陷型 | 第68-70页 |
| ·极性突变体1201pk2在含有甲硫氨酸的基本培养基中恢复生长 | 第70-71页 |
| ·甲硫氨酸营养缺陷型突变体的致病力下降 | 第71-72页 |
| ·XC1251-XC1253基因簇的转录受甲硫氨酸的抑制 | 第72-75页 |
| ·5'UTR_(1251-1253)具有感受甲硫氨酸和调控XC1251-XC1253基因簇表达的功能 | 第75-81页 |
| ·XC1251-XC1253基因簇的转录起始位点的确定 | 第75-76页 |
| ·报告菌株8004/pLAFR3-UTR_(1251)-GUS的构建 | 第76-79页 |
| ·甲硫氨酸对8004/pLAFR3-UTR_(1251)-GUS的GUS活性影响 | 第79-81页 |
| ·SAM-I_(XCC)能够感受甲硫氨酸并调控XC1251-XC1253基因簇的表达 | 第81-93页 |
| ·SAM-I_(XCC)的二级结构及腺苷甲硫氨酸结合位点预测 | 第81-82页 |
| ·SAM-I_(XCC)中推测的腺苷甲硫氨酸结合位点的突变导致感受甲硫氨酸的能力下降 | 第82-93页 |
| ·报告菌株8004/pLAFR6-MtUTR_(1251-1)的构建 | 第82-86页 |
| ·报告菌株8004/pLAFR6-MtUTR_(1251-2)的构建 | 第86-89页 |
| ·报告菌株8004/pLAFR6-UTR_(1251)的构建 | 第89-91页 |
| ·点突变报告菌株对甲硫氨酸反应迟钝 | 第91-93页 |
| ·转录提前终止可能是SAM-I_(XCC)调控XC1251-XC1253基因簇的机制 | 第93-96页 |
| ·总RNA提取、消化及cDNA的合成 | 第93-94页 |
| ·适体存在时导致基因转录提前终止 | 第94-96页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第96-99页 |
| ·结论 | 第96-97页 |
| ·讨论 | 第97-99页 |
| ·Northern Blot结果显示XC1251的5'UTR区转录的复杂性 | 第97页 |
| ·8004/pLAFR6-MtUTR_(1251-2)证实SAM-I_(XCC)二级结构预测与其自然构象存在偏差 | 第97页 |
| ·SAM与SAM-I_(XCC)体外结合条件的探索及In-line Probing检测条件优化 | 第97-98页 |
| ·体外转录检测转录提前终止 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-112页 |
| 附录1 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第114页 |
