| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-24页 |
| ·石油脱硫概述 | 第9-11页 |
| ·石油的一般性质 | 第9页 |
| ·硫在石油中的存在形态 | 第9-10页 |
| ·含硫化合物的石油品质及其使用过程的影响 | 第10-11页 |
| ·石油脱硫的意义 | 第11页 |
| ·常见原油脱硫方法 | 第11-14页 |
| ·还原性脱硫（HDS） | 第11-12页 |
| ·吸附脱硫 | 第12-13页 |
| ·溶剂萃取法 | 第13页 |
| ·络合脱硫法 | 第13页 |
| ·催化氧化法 | 第13-14页 |
| ·生物脱硫 | 第14页 |
| ·生物脱硫(BDS) | 第14-16页 |
| ·生物脱硫机理 | 第14-15页 |
| ·脱硫菌种的筛选 | 第15-16页 |
| ·生物脱硫的分子生物学研究 | 第16-17页 |
| ·脱硫菌IGTS8 的几个脱硫相关基因 | 第16-17页 |
| ·分子生物学方法在脱硫基因中的应用 | 第17页 |
| ·脱硫基因与在异源菌中的表达 | 第17页 |
| ·蛋白质的同源模建 | 第17-21页 |
| ·同源模建理论及实验基础 | 第17-18页 |
| ·同源模建的方法 | 第18-21页 |
| ·结构保守性分析 | 第18-19页 |
| ·主链结构预测 | 第19-20页 |
| ·侧链结构预测 | 第20页 |
| ·模型优化及后处理 | 第20-21页 |
| ·本文涉及的分子模拟方法 | 第21-23页 |
| ·分子动力学 | 第21页 |
| ·分子对接方法 | 第21-23页 |
| ·本文的研究内容 | 第23-24页 |
| 第二章 脱硫酶DszB的同源模建 | 第24-36页 |
| ·研究背景介绍 | 第24-28页 |
| ·概述 | 第24页 |
| ·DszB酶研究现况 | 第24-26页 |
| ·Rhodococcus erythropolis DszB酶的晶体结构及脱硫机理 | 第26-27页 |
| ·本章研究内容 | 第27-28页 |
| ·研究方法介绍 | 第28-29页 |
| ·概述 | 第28页 |
| ·模拟工具简介 | 第28-29页 |
| ·模型构建软件Modeller | 第28-29页 |
| ·三维分子视图软件VMD | 第29页 |
| ·研究方法 | 第29-30页 |
| ·构建单体模型 | 第29页 |
| ·模型优化 | 第29-30页 |
| ·结果与讨论 | 第30-35页 |
| ·DOPE优化 | 第30-31页 |
| ·后续优化结果 | 第31-33页 |
| ·DszB单体模型的确立及比较 | 第33-35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 第三章 脱硫酶DszB与HBPS相互作用的动力学研究 | 第36-49页 |
| ·研究背景 | 第36页 |
| ·研究方法介绍 | 第36-38页 |
| ·结合能的计算 | 第36-37页 |
| ·模拟工具简介 | 第37-38页 |
| ·Sybyl 软件平台 | 第37-38页 |
| ·分子视图软件DeepView | 第38页 |
| ·分子动力学软件Gromacs | 第38页 |
| ·研究方法 | 第38-39页 |
| ·初建复合物模型 | 第38-39页 |
| ·分子动力学模拟（MD） | 第39页 |
| ·结果与讨论 | 第39-47页 |
| ·再现X-ray实验复合物结构 | 第40-41页 |
| ·DszB复合物结构的分子动力学研究 | 第41-47页 |
| ·DszB酶的柔性及复合物结构的确立 | 第41-42页 |
| ·两复合物运动轨迹氢键的比较 | 第42-43页 |
| ·两复合物表面电荷分布情况的比较 | 第43-45页 |
| ·两复合物结合能的比较 | 第45页 |
| ·两复合物结合口袋空间结构的比较 | 第45-47页 |
| ·本章小结 | 第47-49页 |
| 第四章 DszA/DszC酶的同源模建及活性位点预测 | 第49-62页 |
| ·引言 | 第49页 |
| ·模拟工具简介 | 第49-51页 |
| ·模型构建软件Modeller | 第49页 |
| ·分子对接工具AutoDock | 第49-50页 |
| ·ADT | 第50页 |
| ·分子对接评分工具Xscore | 第50-51页 |
| ·研究方法 | 第51-53页 |
| ·模型构建 | 第51页 |
| ·模型优化 | 第51-52页 |
| ·Autodock分子对接 | 第52页 |
| ·分子动力学模拟 | 第52-53页 |
| ·结果与讨论 | 第53-60页 |
| ·蛋白模型构建结果及比较 | 第53-56页 |
| ·活性位点的预测 | 第56-60页 |
| ·DszA酶的活性位点的预测 | 第56-59页 |
| ·DszC酶的活性位点的预测 | 第59-60页 |
| ·本章小结 | 第60-62页 |
| 第五章 dszC基因的异源表达 | 第62-75页 |
| ·引言 | 第62页 |
| ·实验材料 | 第62-64页 |
| ·菌株 | 第62页 |
| ·质粒 | 第62-63页 |
| ·实验材料与试剂 | 第63页 |
| ·实验器材与装置 | 第63页 |
| ·主要试剂 | 第63-64页 |
| ·实验方法 | 第64-70页 |
| ·大肠杆菌培养基配制 | 第64-65页 |
| ·抗生素的配制 | 第65页 |
| ·大肠杆菌质粒的提取 | 第65-66页 |
| ·小量碱法抽提质粒 | 第65页 |
| ·中量碱法抽提质粒 | 第65-66页 |
| ·dszC的扩增 | 第66-70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-74页 |
| ·dszC扩增结果 | 第70页 |
| ·dszC基因表达载体的构建 | 第70-71页 |
| ·重组质粒的鉴定 | 第71-74页 |
| ·小结 | 第74-75页 |
| 第六章 结果与展望 | 第75-77页 |
| ·结果概括 | 第75页 |
| ·结果展望 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
