| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一篇 生物信息学方法 | 第10-31页 |
| 第一章 鱼类免疫相关基因的生物信息学预测方法及实例 | 第11-31页 |
| 第一节 鱼类免疫相关基因的生物信息学预测方法 | 第11-16页 |
| ·数据库及软件 | 第12-13页 |
| ·基因ORF的预测方法 | 第13-14页 |
| ·基因5′UTR及3′UTR的预测方法 | 第14-15页 |
| ·不同模式鱼比较基因组学分析确定编码序列 | 第15页 |
| ·基因组序列中gap区的处理 | 第15页 |
| ·基因组序列的错误处理 | 第15-16页 |
| 第二节 生物信息学预测的实例 | 第16-23页 |
| ·Stickleback SOCS7的预测 | 第16-17页 |
| ·Chicken SOCS5的预测 | 第17-18页 |
| ·Tetraodon SOCS4的预测及基因组序列错误的纠正 | 第18-20页 |
| ·Stickleback SOCS5的预测及基因组序列错误的纠正 | 第20-21页 |
| ·Fugu IL-2的预测 | 第21-22页 |
| ·X.tropicalis SOCS2的选择性剪接变体预测 | 第22-23页 |
| 第三节 几个生物信息学软件的开发及使用简介 | 第23-30页 |
| ·GeneMaper/GetBLAT的开发及使用 | 第23-28页 |
| ·TransSeq的开发及使用 | 第28-30页 |
| 参考文献 | 第30-31页 |
| 第二篇 鱼类MIF基因的分子克隆、进化、表达与功能分析 | 第31-73页 |
| 第二章 鱼类MIF基因的分子克隆、结构及进化分析 | 第32-50页 |
| 第一节 鱼类MIF基因的分子克隆 | 第32-41页 |
| ·材料和方法 | 第32-36页 |
| ·实验鱼的处理与组织收集 | 第32页 |
| ·总RNA的抽提及第一链cDNA的合成 | 第32-33页 |
| ·RT-PCR、5′RACE和3′RACE反应 | 第33-34页 |
| ·T-A克隆 | 第34-36页 |
| ·测序 | 第36页 |
| ·结果与讨论 | 第36-41页 |
| 第二节 鱼类MIF的基因结构与系统进化分析 | 第41-49页 |
| ·材料与方法 | 第41页 |
| ·基因结构分析 | 第41页 |
| ·氨基酸序列多序列比对 | 第41页 |
| ·MIF系统进化分析 | 第41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-49页 |
| ·基因结构分析 | 第41-42页 |
| ·氨基酸序列多序列比对 | 第42-46页 |
| ·MIF系统进化分析 | 第46-49页 |
| 参考文献 | 第49-50页 |
| 第三章 鱼类MIF基因的Southern杂交、组织分布和诱导表达分析 | 第50-60页 |
| 第一节 黑青斑河豚MIF基因的Southern杂交 | 第50-55页 |
| ·材料与方法 | 第50-53页 |
| ·基因组提取 | 第50页 |
| ·地高辛标记探针 | 第50页 |
| ·确定探针效率 | 第50-51页 |
| ·DNA样品制备 | 第51页 |
| ·DNA转移 | 第51-52页 |
| ·DNA固定 | 第52页 |
| ·预杂交和杂交 | 第52页 |
| ·免疫检测 | 第52-53页 |
| ·去除和复标 | 第53页 |
| ·结果与讨论 | 第53-55页 |
| 第二节 鱼类MIF基因的组织分布和诱导表达分析 | 第55-59页 |
| ·材料与方法 | 第55-56页 |
| ·PCR模板制备 | 第55页 |
| ·RT-PCR分析 | 第55页 |
| ·Rea time PCR分析 | 第55页 |
| ·斑马鱼MIF基因的数字化差异显示分析 | 第55-56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-59页 |
| ·黑青斑河豚MIF的组织表达分析 | 第56-58页 |
| ·斑马鱼MIF基因的数字化差异显示分析 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-60页 |
| 第四章 黑青斑河豚MIF原核表达、抗血清制备与组织细胞表达分析 | 第60-69页 |
| 第一节 黑青斑河豚MIF的原核表达与纯化 | 第60-63页 |
| ·材料与方法 | 第60-62页 |
| ·黑青斑河豚MIF的原核表达 | 第60-61页 |
| ·目的蛋白可溶性分析以及最适IPTG浓度确定 | 第61页 |
| ·Ni-NTA可溶性蛋白纯化步骤 | 第61-62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-63页 |
| 第二节 黑青斑河豚MIF抗血清制备与组织细胞表达分析 | 第63-68页 |
| ·材料与方法 | 第63-66页 |
| ·抗原制备 | 第64页 |
| ·实验兔的免疫 | 第64页 |
| ·间接ELISA法测定抗血清效价 | 第64页 |
| ·组织蛋白提取 | 第64页 |
| ·Western Blotting | 第64-66页 |
| ·石蜡切片 | 第66页 |
| ·免疫组化分析 | 第66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-68页 |
| ·抗血清制备 | 第66页 |
| ·MIF蛋白的组织表达分析 | 第66页 |
| ·免疫组化分析 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-69页 |
| 第五章 鱼类MIF免疫生物学功能的初步分析 | 第69-73页 |
| 第一节 游走抑制实验 | 第69-70页 |
| ·材料与方法 | 第69-70页 |
| ·白细胞分离与培养 | 第69页 |
| ·游走抑制试验 | 第69-70页 |
| ·结果与讨论 | 第70页 |
| 第二节 鱼类MIF信号通路与SOCS关系的初探 | 第70-72页 |
| ·材料与方法 | 第70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-73页 |
| 第三篇 鱼类SOCS基因家族的分子克隆、进化与表达分析 | 第73-156页 |
| 第六章 鱼类SOCS基因家族的克隆及分子进化分析 | 第74-136页 |
| 第一节 鱼类SOCS基因家族的分子克隆 | 第74-87页 |
| ·材料和方法 | 第74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-87页 |
| 第二节 鱼类SOCS的基因结构分析 | 第87-93页 |
| ·材料与方法 | 第87页 |
| ·结果与讨论 | 第87-93页 |
| 第三节 SOCS蛋白家族功能域预测及多序列比对分析 | 第93-111页 |
| ·材料与方法 | 第93页 |
| ·SOCS蛋白功能域预测 | 第93页 |
| ·SOCS蛋白家族多序列比对分析 | 第93页 |
| ·结果与讨论 | 第93-111页 |
| ·SOCS蛋白保守domain预测 | 第93-94页 |
| ·寻找SOCS蛋白家族的功能motif | 第94-96页 |
| ·SOCS蛋白的PESTmotif分析 | 第96-101页 |
| ·SOCS蛋白家族多序列比对分析 | 第101-111页 |
| 第四节 SOCS基因家族的系统进化分析 | 第111-122页 |
| ·材料与方法 | 第111页 |
| ·结果与讨论 | 第111-122页 |
| 第五节 SOCS家族基因的分子起源与进化假说 | 第122-136页 |
| ·基因重复与基因家族 | 第122-123页 |
| ·SOCS3a、SOCS3b是鱼类特异的基因复制事件 | 第123-125页 |
| ·鱼类SOCS基因家族中发生的基因复制事件 | 第125-128页 |
| ·SOCS家族基因的分子起源与进化假说 | 第128-136页 |
| ·非经典的逆转座模型 | 第128-129页 |
| ·SOCS家族基因的分子起源与进化假说 | 第129-136页 |
| 第七章 鱼类SOCS的组织分布和诱导表达分析 | 第136-153页 |
| 第一节 斑马鱼SOCS3a、SOCS3b基因的组织分布分析 | 第136-141页 |
| ·材料与方法 | 第136页 |
| ·结果与讨论 | 第136-141页 |
| ·斑马鱼SOCS3a、SOCS3b的数字化差异显示分析 | 第136-137页 |
| ·斑马鱼SOCS3a、SOCS3b基因表达的RT-PCR分析 | 第137-138页 |
| ·斑马鱼SOCS基因家族其它成员的数字化差异显示分析 | 第138-141页 |
| 第二节 黑青斑河豚SOCS1基因的选择性剪接分析 | 第141-145页 |
| ·材料与方法 | 第141-142页 |
| ·RT-PCR | 第141-142页 |
| ·DNA-PAGE | 第142页 |
| ·实时定量PCR | 第142页 |
| ·结果与讨论 | 第142-145页 |
| 第三节 黑青斑河豚SOCS3a基因的组织分布分析 | 第145-147页 |
| ·材料与方法 | 第145页 |
| ·结果与讨论 | 第145-147页 |
| 第四节 鱼类SOCS家族基因其它成员的组织分布和诱导表达分析 | 第147-151页 |
| ·材料与方法 | 第147页 |
| ·结果与讨论 | 第147-151页 |
| 第五节 SOCS基因的选择性剪接现象 | 第151-153页 |
| ·材料与方法 | 第151页 |
| ·结果与讨论 | 第151-153页 |
| 第八章 黑青斑河豚SOCS3a的原核表达与纯化、多抗制备等研究 | 第153-156页 |
| 第一节 黑青斑河豚SOCS3a的原核表达和纯化 | 第153-154页 |
| ·材料与方法 | 第153页 |
| ·结果与讨论 | 第153-154页 |
| 第二节 黑青斑河豚SOCS3a的多抗制各与蛋白组织表达分析 | 第154-155页 |
| ·材料与方法 | 第154页 |
| ·结果与讨论 | 第154-155页 |
| 第三节 石蜡切片及免疫组化研究 | 第155-156页 |
| ·材料与方法 | 第155页 |
| ·结果与讨论 | 第155-156页 |
| 文献综述:MIF和SOCS基因研究现状与进展 | 第156-183页 |
| 第一章 MIF研究现状与进展 | 第157-165页 |
| 一、MIF基因和蛋白的结构 | 第158-159页 |
| 二、MIF的表达形式 | 第159页 |
| 三、MIF的生物学功能 | 第159-163页 |
| (一) 免疫生物学功能 | 第159-162页 |
| 1) 特殊的细胞因子 | 第160页 |
| 2) MIF抑制p53活性 | 第160-161页 |
| 3) MIF和炎症反应 | 第161-162页 |
| (二) 神经内分泌功能 | 第162-163页 |
| (三) 酶功能 | 第163页 |
| 四、治疗前景 | 第163-165页 |
| 第二章 SOCS基因研究现状与进展 | 第165-178页 |
| 一、细胞因子信号抑制分子(SOCS)家族的结构特点 | 第165-166页 |
| 二、SOCS家族的诱导表达 | 第166-168页 |
| 三、SOCS对JAK-STAT信号通路的调控机制 | 第168-171页 |
| (一) SOCS直接与JAK结合抑制JAKs的激酶活性 | 第168-169页 |
| (二) SOCS与受体结合竞争激酶底物而抑制激酶活性 | 第169-170页 |
| (三) SOCS介导信号蛋白通过依赖蛋白酶体的途径降解 | 第170-171页 |
| 四、SOCS家族的功能研究进展 | 第171-178页 |
| (一) SOCS1和SOCS3研究进展 | 第171-173页 |
| (二) SOCS2研究进展 | 第173-174页 |
| (三) SOCS4和SOCS5研究进展 | 第174-175页 |
| (四) SOCS6研究进展 | 第175-176页 |
| (五) SOCS7研究进展 | 第176页 |
| (六) CIS研究进展 | 第176-177页 |
| (七) SOCS蛋白之间的相互调控网络 | 第177-178页 |
| (八) 治疗前景 | 第178页 |
| 参考文献 | 第178-183页 |
| 附录 | 第183-227页 |
| A1引物 | 第184-187页 |
| A2序列登录号 | 第187-188页 |
| A3物种名称表 | 第188-189页 |
| A4基因序列及结构图 | 第189-227页 |
| 博士期间已发表、录用及投稿的论文 | 第227-228页 |
| 致谢 | 第228页 |
