基于多层网络模型的药物靶标模块预测方法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-22页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14-16页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第16-19页 |
| 1.2.1 基于配体的方法 | 第16-17页 |
| 1.2.2 基于对接技术的方法 | 第17-18页 |
| 1.2.3 基于网络的方法 | 第18-19页 |
| 1.3 本文主要工作与结构安排 | 第19-22页 |
| 第二章 组织特异性与多层网络相关基础 | 第22-30页 |
| 2.1 组织特异性简介 | 第22-24页 |
| 2.2 多层网络模型 | 第24-29页 |
| 2.2.1 基本概念 | 第24-25页 |
| 2.2.2 基于张量的表示方式 | 第25-26页 |
| 2.2.3 基于超邻接的表示方式 | 第26-27页 |
| 2.2.4 多层网络的分类 | 第27-28页 |
| 2.2.5 基于多层网络模型的模块挖掘算法 | 第28-29页 |
| 2.3 本章小结 | 第29-30页 |
| 第三章 基于多层网络模型的药物靶标模块预测方法 | 第30-50页 |
| 3.1 药物靶标模块预测方法整体框架 | 第30-32页 |
| 3.2 实验数据 | 第32-35页 |
| 3.2.1 药物作用下基因的表达数据 | 第32页 |
| 3.2.2 疾病的基因表达数据 | 第32页 |
| 3.2.3 组织特异性PPI网络数据 | 第32-33页 |
| 3.2.4 药物靶标数据 | 第33-34页 |
| 3.2.5 疾病致病基因数据 | 第34-35页 |
| 3.3 药物靶标模块预测方法 | 第35-49页 |
| 3.3.1 药物影响的基因集合构建 | 第35-36页 |
| 3.3.2 组织特异性PPI网络预处理 | 第36-38页 |
| 3.3.3 多层网络构建 | 第38页 |
| 3.3.4 基于多层网络模型挖掘候选药物靶标模块 | 第38-39页 |
| 3.3.5 算法参数选择 | 第39-42页 |
| 3.3.6 药物靶标模块筛选 | 第42-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 第四章 药物靶标模块预测结果验证与分析 | 第50-58页 |
| 4.1 多层网络和单层网络预测结果比较 | 第50-52页 |
| 4.1.1 差异性比较 | 第50-52页 |
| 4.1.2 功能富集性比较 | 第52页 |
| 4.2 模块显著性验证与分析 | 第52-54页 |
| 4.3 模块功能分析 | 第54-57页 |
| 4.3.1 共表达网络分析 | 第54-56页 |
| 4.3.2 作用机理分析 | 第56-57页 |
| 4.4 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 5.1 总结 | 第58-59页 |
| 5.2 展望 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 作者简介 | 第68-69页 |
