| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 引言 | 第15-33页 |
| 1.1 蛋白质简介 | 第15-26页 |
| 1.1.1 蛋白质的组成 | 第15-19页 |
| 1.1.2 蛋白质的结构 | 第19-21页 |
| 1.1.3 蛋白质的折叠 | 第21-24页 |
| 1.1.4 蛋白质别构效应 | 第24-26页 |
| 1.2 分子动力学模拟方法 | 第26-29页 |
| 1.2.1 分子动力学的基本思想 | 第26-27页 |
| 1.2.2 分子力场 | 第27-28页 |
| 1.2.3 生物大分子的分子动力学模拟 | 第28-29页 |
| 1.3 生物大分子的多尺度模拟方法 | 第29-33页 |
| 1.3.1 生物大分子的粗粒化模型 | 第29-31页 |
| 1.3.2 生物大分子的多尺度模拟方法 | 第31-33页 |
| 第二章 离子结合,别构运动耦合的S100A12的二聚化 | 第33-54页 |
| 2.1 引言 | 第33-37页 |
| 2.2 模型和方法 | 第37-43页 |
| 2.2.1 基于原子相互作用的粗粒化模型 | 第37-38页 |
| 2.2.2 双势阱模型 | 第38-41页 |
| 2.2.3 隐式配体模型 | 第41页 |
| 2.2.4 模型中的参数 | 第41-43页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第43-53页 |
| 2.3.1 S100A12蛋白二聚化与单体构象变化和离子结合的相互耦合 | 第43-48页 |
| 2.3.2 S100A12蛋白动力学中的阻挫效应 | 第48-52页 |
| 2.3.3 钙离子与锌离子结合的耦合 | 第52-53页 |
| 2.4 结论 | 第53-54页 |
| 第三章 Ⅱ型分子伴侣的构象变化和与底物的识别 | 第54-85页 |
| 3.1 引言 | 第54-61页 |
| 3.2 模型和方法 | 第61-66页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第66-83页 |
| 3.3.1 相邻单体的构象变化 | 第67-71页 |
| 3.3.2 相邻界面的构象变化 | 第71-74页 |
| 3.3.3 单个环的构象变化 | 第74-80页 |
| 3.3.4 Ⅱ型分子伴侣与底物的识别和结合 | 第80-83页 |
| 3.4 结论 | 第83-85页 |
| 第四章 总结与展望 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-107页 |
| 攻读博士学位期间完成的学术成果 | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |