基于粗粒化模型的生物大分子力学行为研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 引言 | 第11-13页 |
| 1.2 研究现状和问题 | 第13-21页 |
| 1.2.1 微管的研究现状 | 第13-16页 |
| 1.2.2 磷脂薄膜的研究现状 | 第16-19页 |
| 1.2.3 DNA性质的研究现状 | 第19-21页 |
| 1.3 本文的主要研究内容 | 第21-23页 |
| 第二章 微管结构稳定性的模拟分析 | 第23-45页 |
| 2.1 微管模型的建立 | 第23-34页 |
| 2.1.1 微管的结构及性质 | 第23-26页 |
| 2.1.2 针对微管的粗粒化模型 | 第26-28页 |
| 2.1.3 模型参数对微管力学性质的调控 | 第28-34页 |
| 2.2 微管的力学行为模拟 | 第34-37页 |
| 2.2.1 微管的双稳定性 | 第34-36页 |
| 2.2.2 微管的开裂行为 | 第36-37页 |
| 2.3 微管行为的力学控制 | 第37-44页 |
| 2.3.1 力学性质对微管开裂的影响 | 第37-40页 |
| 2.3.2 原纤维数对微管开裂的影响 | 第40-42页 |
| 2.3.3 GTP岛对微管开裂的影响 | 第42-44页 |
| 2.4 本章小结 | 第44-45页 |
| 第三章 微管的动力学模拟分析 | 第45-59页 |
| 3.1 微管的尖端生长 | 第45-51页 |
| 3.1.1 微管蛋白的生长模型 | 第45-48页 |
| 3.1.2 微管尖端的形貌演化 | 第48-51页 |
| 3.2 微管尖端形貌对稳定性的影响 | 第51-56页 |
| 3.2.1 多峰尖端的稳定性 | 第51-53页 |
| 3.2.2 单峰尖端的稳定性 | 第53-56页 |
| 3.3 微管的生长周期模拟 | 第56-58页 |
| 3.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 囊泡力学行为的模拟分析 | 第59-79页 |
| 4.1 囊泡的粗粒化模型 | 第59-64页 |
| 4.1.1 极性颗粒间的相互作用势 | 第59-63页 |
| 4.1.2 模拟中的环境控制 | 第63-64页 |
| 4.2 薄膜的性质分析 | 第64-72页 |
| 4.2.1 薄膜的熔化温度和相变过程 | 第64-67页 |
| 4.2.2 力学性质的调控 | 第67-72页 |
| 4.3 囊泡的性质分析 | 第72-77页 |
| 4.3.1 本征曲率驱动的薄膜闭合 | 第72-74页 |
| 4.3.2 囊泡的形貌转变 | 第74-77页 |
| 4.4 本章小结 | 第77-79页 |
| 第五章 DNA力学行为的模拟分析 | 第79-95页 |
| 5.1 模拟DNA拉伸时发现的尺寸效应 | 第79-81页 |
| 5.2 DNA分子的粗粒化模型 | 第81-83页 |
| 5.2.1 基于DNA分子结构的碱基间作用势 | 第81-83页 |
| 5.2.2 粗粒化模型的尺寸效应 | 第83页 |
| 5.3 DNA尺寸效应的成因分析 | 第83-88页 |
| 5.3.1 中间相的稳定性 | 第83-87页 |
| 5.3.2 力平台的变化规律 | 第87-88页 |
| 5.4 一般双稳定系统的尺寸效应 | 第88-93页 |
| 5.4.1 三线段模型 | 第88-90页 |
| 5.4.2 尺寸效应与本构的关系 | 第90-93页 |
| 5.5 本章小结 | 第93-95页 |
| 第六章 总结和展望 | 第95-99页 |
| 6.1 全文总结 | 第95-96页 |
| 6.2 工作展望 | 第96-99页 |
| 参考文献 | 第99-105页 |
| 附录A 本文采用的模拟方法 | 第105-109页 |
| A.1 蒙特卡罗方法 | 第105-106页 |
| A.2 分子动力学 | 第106-109页 |
| 附录B 本文模型中的部分细节 | 第109-113页 |
| B.1 颗粒的转动表述 | 第109-110页 |
| B.2 颗粒极性的实现 | 第110-113页 |
| 致谢 | 第113-115页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第115页 |
