| 摘要 | 第13-14页 |
| Abstract | 第14-15页 |
| 前言 | 第16-31页 |
| 1 海洋沉积物中的微生物 | 第16-20页 |
| 1.1 海洋沉积物 | 第16-17页 |
| 1.1.1 深海沉积物 | 第16-17页 |
| 1.1.2 红树林沉积物 | 第17页 |
| 1.2 海洋沉积物中的功能微生物研究现状 | 第17-20页 |
| 1.2.1 深海沉积物中的微生物及其功能 | 第18-19页 |
| 1.2.2 红树林沉积物中的微生物及其功能 | 第19-20页 |
| 2 微生物生态学研究的方法 | 第20-22页 |
| 2.1 传统的微生物纯培养技术 | 第20-21页 |
| 2.2 分子生态学方法 | 第21-22页 |
| 3 甲醛降解的研究进展 | 第22-25页 |
| 3.1 甲醛简介及测定方法 | 第22-23页 |
| 3.2 甲醛污染及处理方法 | 第23-24页 |
| 3.3 甲醛降解微生物的研究进展 | 第24-25页 |
| 4 微生物甲醛代谢及相关酶的研究进展 | 第25-29页 |
| 4.1 微生物甲醛代谢途径的研究进展 | 第25-27页 |
| 4.2 甲醛代谢相关酶的研究进展 | 第27-29页 |
| 4.2.1 甲醛脱氢酶和甲醛歧化酶 | 第28页 |
| 4.2.2 甲酸脱氢酶 | 第28-29页 |
| 5 微生物基因组学的研究 | 第29-30页 |
| 6 本论文的研究目的与意义 | 第30-31页 |
| 1 实验材料 | 第31-36页 |
| 1.1 样品的采集与前处理 | 第31-32页 |
| 1.2 菌株、质粒和引物 | 第32页 |
| 1.3 主要试剂 | 第32-33页 |
| 1.4 培养基 | 第33页 |
| 1.5 常用溶液 | 第33-36页 |
| 1.6 数据库和分析软件 | 第36页 |
| 2 基本方法 | 第36-52页 |
| 2.1 样品中甲醛耐受菌的富集、筛选和分离 | 第36-37页 |
| 2.2 样品宏基因组DNA的提取 | 第37页 |
| 2.3 甲醛耐受菌基因组DNA的提取 | 第37页 |
| 2.4 16S rRNA基因克隆文库的构建 | 第37-40页 |
| 2.4.1 细菌16S rRNA基因片段的扩增 | 第37-38页 |
| 2.4.2 PCR产物的纯化与连接 | 第38页 |
| 2.4.3 感受态细胞的制备 | 第38-39页 |
| 2.4.4 重组载体的转化 | 第39页 |
| 2.4.5 阳性克隆子的筛选 | 第39-40页 |
| 2.5 沉积物甲醛富集样品宏基因组的16S rRNA基因克隆文库的单克隆测序及系统进化分析 | 第40-41页 |
| 2.6 沉积物甲醛富集样品中可培养的甲醛耐受菌的16S rRNA基因序列鉴定和多样性分析 | 第41-42页 |
| 2.7 甲醛和甲醛降解酶活力测定 | 第42-43页 |
| 2.7.1 甲醛标准曲线测定 | 第42页 |
| 2.7.2 甲醛降解酶活力测定 | 第42-43页 |
| 2.8 深海中一株高效降解甲醛菌株Halomonas sp. JC-5B的筛选 | 第43页 |
| 2.9 甲醛降解菌株Halomonas sp. JC-5B相关性质研究 | 第43-45页 |
| 2.9.1 温度、pH和盐度对菌株Halomonas sp. JC-5B生长的影响 | 第43-44页 |
| 2.9.2 菌株Halomonas sp. JC-5B对甲醇耐受性 | 第44页 |
| 2.9.3 菌株Halomonas sp. JC-5B对甲醛的降解能力 | 第44-45页 |
| 2.10 菌株Halomonas sp. JC-5B甲醛降解酶相关性质的研究 | 第45-48页 |
| 2.10.1 菌株Halomonas sp. JC-5B粗酶液对各种醛降解能力测定 | 第45-46页 |
| 2.10.2 菌株Halomonas sp. JC-5B中甲醛歧化酶的纯化 | 第46页 |
| 2.10.3 SDS-PAGE凝胶电泳 | 第46-47页 |
| 2.10.4 不同温度对菌株Halomonas sp. JC-5B甲醛歧化酶降解甲醛效率的影响 | 第47-48页 |
| 2.10.5 菌株Halomonas sp. JC-5B甲醛歧化酶的稳定性分析 | 第48页 |
| 2.11 菌株Halomonas sp. JC-5B全基因组测序 | 第48-52页 |
| 2.11.1 克隆文库构建 | 第48页 |
| 2.11.2 桥式PCR | 第48-49页 |
| 2.11.3 Illumina HiSeq2000测序 | 第49页 |
| 2.11.4 基因组组装 | 第49-50页 |
| 2.11.5 rRNA/tRNA查找 | 第50页 |
| 2.11.6 基因预测 | 第50页 |
| 2.11.7 基因功能注释 | 第50-51页 |
| 2.11.8 代谢途径分析 | 第51-52页 |
| 3 结果与分析 | 第52-73页 |
| 3.1 深海和近海沉积物甲醛富集样品中细菌多样性 | 第52-56页 |
| 3.1.1 宏基因组DNA提取结果 | 第52页 |
| 3.1.2 PCR扩增16S rRNA基因片段 | 第52-53页 |
| 3.1.3 深海和近海沉积物甲醛富集样品中细菌多样性比较 | 第53-56页 |
| 3.2 深海和近海沉积物中可培养甲醛耐受菌多样性分析 | 第56-58页 |
| 3.3 甲醛的标准曲线 | 第58页 |
| 3.4 深海中一株高效降解甲醛菌株Halomonas sp. JC-5B的筛选 | 第58-59页 |
| 3.5 菌株Halomonas sp. JC-5B相关性质研究 | 第59-63页 |
| 3.5.1 温度、pH和盐度对菌株Halomonas sp. JC-5B生长的影响 | 第59-61页 |
| 3.5.2 菌株Halomonas sp. JC-5B对甲醇耐受性 | 第61-62页 |
| 3.5.3 菌株Halomonas sp. JC-5B对甲醛的降解能力 | 第62-63页 |
| 3.6 菌株Halomonas sp. JC-5B甲醛降解酶相关性质的研究 | 第63-67页 |
| 3.6.1 菌株Halomonas sp. JC-5B粗酶液对各种醛降解能力测定 | 第63-64页 |
| 3.6.2 菌株Halomonas sp. JC-5B中甲醛歧化酶的纯化及该酶氨基酸序列测序结果分析 | 第64-66页 |
| 3.6.3 不同温度对Halomonas sp. JC-5B甲醛歧化酶降解甲醛效率的影响 | 第66-67页 |
| 3.6.4 菌株Halomonas sp. JC-5B甲醛歧化酶的稳定性分析 | 第67页 |
| 3.7 菌株Halomonas sp. JC-5B基因组学分析 | 第67-73页 |
| 3.7.1 基因组测序与序列的组装 | 第67-68页 |
| 3.7.2 基因组注释 | 第68-69页 |
| 3.7.3 中心代谢途径 | 第69-72页 |
| 3.7.4 甲醛代谢途径 | 第72-73页 |
| 4 讨论和展望 | 第73-77页 |
| 4.1 深海和近海沉积物中甲醛耐受菌多样性分析 | 第73-75页 |
| 4.2 一株甲醛降解菌Halomonas sp. JC-5B的初步研究 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 附录一 海洋沉积物中甲醛耐受菌16S rRNA基因克隆文库进化树 | 第82-85页 |
| 附录二 Halomonas sp. JC-5B甲醛歧化酶基因及氨基酸序列 | 第85-86页 |
| 附录三 主要仪器设备列表 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
