| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 拟南芥的生物学研究基础 | 第15页 |
| 1.2 植物中小非编码RNA简介 | 第15-21页 |
| 1.2.1 microRNA | 第16-19页 |
| 1.2.1.1 microRNA简介 | 第16-17页 |
| 1.2.1.2 microRNA的生物合成 | 第17-18页 |
| 1.2.1.3 microRNA的功能研究 | 第18-19页 |
| 1.2.2 siRNA | 第19-21页 |
| 1.2.2.1 trans-acting siRNA的生成过程 | 第20页 |
| 1.2.2.2 tasiRNA的功能 | 第20页 |
| 1.2.2.3 phasiRNA的发现 | 第20页 |
| 1.2.2.4 phasiRNA的调控机制 | 第20-21页 |
| 1.3. 植物中单核昔酸多态性(SNP)简介 | 第21-25页 |
| 1.3.1 研究植物中单核昔酸多态性的意义 | 第21-22页 |
| 1.3.2 SNP位点的识别技术 | 第22-25页 |
| 1.3.2.1 基于EST序列数据识别SNP位点 | 第22-23页 |
| 1.3.2.2 基于阵列数据分析来识别SNP位点 | 第23页 |
| 1.3.2.3 扩增子重测序技术 | 第23-24页 |
| 1.3.2.4 从基因组测序中识别SNP | 第24页 |
| 1.3.2.5 利用二代测序技术(NGS)识别SNP | 第24-25页 |
| 1.4. 本研究的目的与意义 | 第25-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-47页 |
| 2.1. 生物信息学功能数据库简介 | 第27-30页 |
| 2.1.1 miRBase数据库 | 第27页 |
| 2.1.2 The Arabidopsis Information Resource(TAIR)数据库 | 第27-30页 |
| 2.1.2.1. 通过序列或者结构相似性来查找基因 | 第29页 |
| 2.1.2.2. 通过基因表达数据来查找基因 | 第29页 |
| 2.1.2.3. 对基因的功能进行分类 | 第29页 |
| 2.1.2.4. 利用正向和反向遗传资源来解析生物过程或特定基因功能 | 第29-30页 |
| 2.1.3 The Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP)数据库 | 第30页 |
| 2.2. 样本数据收集 | 第30-34页 |
| 2.3. SNP位点的识别与分析方法 | 第34-47页 |
| 2.3.1 对small RNA的高通量测序数据(HTS)的预处理 | 第34-38页 |
| 2.3.1.1 根据测序质量分数过滤数据 | 第34-35页 |
| 2.3.1.2 去除3'末端的接头 | 第35-36页 |
| 2.3.1.3 获取小RNA序列并统计其频率 | 第36-37页 |
| 2.3.1.4 对valid reads计算并统计长度分布 | 第37页 |
| 2.2.1.5 样本数据valid reads的类型分布 | 第37-38页 |
| 2.3.2 对microRNA序列上的单核苷酸突变事件的识别 | 第38-41页 |
| 2.3.2.1 将small RNA 比对到microRNA前体上 | 第39页 |
| 2.3.2.2 将small RNA进行过滤获取源自于pre-miRNA的序列 | 第39-40页 |
| 2.3.2.3 识别microRNA前体上的单核苷酸突变事件 | 第40-41页 |
| 2.3.3 识别的单核苷酸突变位点的P值 | 第41页 |
| 2.3.4 单核苷酸变异位点的判定标准 | 第41页 |
| 2.3.5 对于microRNA中发生的单核苷酸变异事件的命名 | 第41-42页 |
| 2.3.6 对于收集的数据样本进行分析并整合不同样本的结果 | 第42页 |
| 2.3.7 收集已经公布的拟南芥的microRNA上的SNP位点信息 | 第42-44页 |
| 2.3.7.1 下载并整理gff文件 | 第43页 |
| 2.3.7.2 根据gff文件计算microRNA上的SNP位点 | 第43-44页 |
| 2.3.7.3 统计发生在成熟microRNA序列上的SNP位点信息 | 第44页 |
| 2.3.7.4 对统计的SNP位点进行统一格式命名 | 第44页 |
| 2.3.8 在样本数据中识别microRNA上的新的SNP位点 | 第44页 |
| 2.3.9 靶基因预测分析 | 第44-45页 |
| 2.3.10 二级结构预测分析 | 第45页 |
| 2.3.11 GO以及通路分析 | 第45-47页 |
| 第三章 结果与分析 | 第47-87页 |
| 3.1. 拟南芥small RNA测序数据长度分布统计 | 第47-48页 |
| 3.2. 样本数据中的valid reads的类型分布 | 第48-50页 |
| 3.3. microRNA序列上的单核苷酸变异 | 第50页 |
| 3.4. microRNA保守性家族的确定 | 第50-51页 |
| 3.5. dbSNP数据库中发生在microRNA序列上的SNP位点的识别 | 第51-70页 |
| 3.5.2 dbSNP数据库中识别的microRNA上的SNP事件碱基突变类型 | 第69-70页 |
| 3.6. 样本数据中识别出的SNP位点 | 第70-78页 |
| 3.6.1 A-to-I(G)类型SNP位点的识别与分析 | 第74-75页 |
| 3.6.2 C-to-U类型SNP位点的识别与分析 | 第75-76页 |
| 3.6.3 other类型SNP位点的识别与分析 | 第76-77页 |
| 3.6.4 两类典型的单核苷酸变异位点的分析 | 第77-78页 |
| 3.7. 靶基因预测分析 | 第78-81页 |
| 3.7.1 用MiRME识别的SNP位点对microRNA靶基因影响情况 | 第78-79页 |
| 3.7.2 dbSNP中SNP位点对microRNA靶基因影响情况 | 第79-81页 |
| 3.8. SNP事件对pre-miRNA二级结构的影响 | 第81-85页 |
| 3.9 对于发生SNP前后的microRNA的靶基因进行GO分析 | 第85-87页 |
| 第四章 总结与展望 | 第87-91页 |
| 4.1. 结论 | 第87-88页 |
| 4.2. 讨论 | 第88-89页 |
| 4.3 展望 | 第89-91页 |
| 致谢 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-103页 |
| 附录 硕士期间发表论文目录 | 第103页 |
