| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 英文缩略词 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-34页 |
| 1.1 六倍体小麦基因组 | 第14-16页 |
| 1.2 植物sRNA | 第16-23页 |
| 1.2.1 植物miRNA | 第17-19页 |
| 1.2.2 植物phasiRNA | 第19-23页 |
| 1.3 RNA分析数据库和软件 | 第23-26页 |
| 1.3.1 miRBase数据库 | 第23页 |
| 1.3.2 Rfam数据库 | 第23页 |
| 1.3.3 Repbase数据库 | 第23-24页 |
| 1.3.4 ncRNA数据库 | 第24页 |
| 1.3.5 tasiRNAdb | 第24页 |
| 1.3.6 RNA二级结构分析软件 | 第24-25页 |
| 1.3.7 sRNA靶基因预测 | 第25-26页 |
| 1.4 第二代测序信息处理 | 第26-33页 |
| 1.4.1 Illumina测序技术 | 第27页 |
| 1.4.2 数据格式 | 第27-28页 |
| 1.4.3 数据可视化 | 第28-29页 |
| 1.4.4 序列比对 | 第29-30页 |
| 1.4.5 RNA-seq差异性表达分析 | 第30-32页 |
| 1.4.6 edgeR | 第32-33页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 数据与方法 | 第34-40页 |
| 2.1 数据来源 | 第34-35页 |
| 2.1.1 小麦基因组数据 | 第34页 |
| 2.1.2 小麦sRNA数据 | 第34-35页 |
| 2.1.3 已发表的小麦miRNA数据 | 第35页 |
| 2.1.4 其它数据库数据 | 第35页 |
| 2.2 方法 | 第35-40页 |
| 2.2.1 小麦24个样本sRNA数据分析方法 | 第35-36页 |
| 2.2.2 小麦conserved miRNA预测方法 | 第36页 |
| 2.2.3 小麦novel miRNA预测方法 | 第36-38页 |
| 2.2.4 小麦phasiRNA预测方法 | 第38-40页 |
| 第三章 小麦24个sRNA样本数据分析 | 第40-44页 |
| 3.1 小麦24个sRNA样本Reads分布 | 第40-41页 |
| 3.2 小麦24个样本sRNA在不同数据库中的分布 | 第41-43页 |
| 3.3 本章小结 | 第43-44页 |
| 第四章 小麦miRNA的识别与分析 | 第44-61页 |
| 4.1 miRBase21中miRNA家族及个数分析 | 第44-45页 |
| 4.2 小麦中的保守miRNA | 第45-46页 |
| 4.3 小麦conserved miRNA靶基因预测 | 第46-52页 |
| 4.4 小麦conserved miRNA差异性表达分析 | 第52-55页 |
| 4.5 小麦中的novel miRNA | 第55-60页 |
| 4.6 本章小结 | 第60-61页 |
| 第五章 小麦phasiRNA的识别与分析 | 第61-75页 |
| 5.1 小麦tasiRNA的识别与分析 | 第61-63页 |
| 5.1.1 小麦中的TAS3 | 第61-62页 |
| 5.1.2 小麦中TAS3的靶基因 | 第62页 |
| 5.1.3 小麦中TAS3的进化分析 | 第62-63页 |
| 5.2 小麦中其它phasiRNA的识别与分析 | 第63-74页 |
| 5.2.1 识别出的小麦其它phasilRNA | 第63-66页 |
| 5.2.2 小麦miRNA在PHAS上靶点的识别 | 第66-71页 |
| 5.2.3 小麦phasiRNA的潜在功能分析 | 第71-74页 |
| 5.3 本章小结 | 第74-75页 |
| 第六章 总结 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-84页 |
| 附录A 攻读学位期间发表论文目录 | 第84-85页 |
| 附录B | 第85-112页 |
