| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一章 引言 | 第14-26页 |
| 1.1 矮马概述 | 第14页 |
| 1.1.1 矮马定义 | 第14页 |
| 1.1.2 矮马的沿革 | 第14页 |
| 1.1.3 矮马成因 | 第14页 |
| 1.2 国内外矮马历史起源及种质资源概况 | 第14-15页 |
| 1.2.1 国外矮马历史起源及种质资源 | 第14-15页 |
| 1.2.2 国内矮马历史起源及种质资源概况 | 第15页 |
| 1.3 人和动物矮小性状相关研究进展 | 第15-17页 |
| 1.3.1 动物生长性状的遗传学研究概述 | 第15页 |
| 1.3.2 人和动物的矮小性状相关研究 | 第15-16页 |
| 1.3.3 马矮小性状相关研究 | 第16-17页 |
| 1.4 全基因组选择信号检测在家畜上研究进展 | 第17-20页 |
| 1.4.1 选择信号概念以及检测方法 | 第17-19页 |
| 1.4.2 家畜基因组选择信号研究 | 第19-20页 |
| 1.4.3 展望 | 第20页 |
| 1.5 检测全基因组拷贝数变异在家畜研究中的应用 | 第20-25页 |
| 1.5.1 拷贝数变异定义 | 第21页 |
| 1.5.2 拷贝数变异（CNV）常见的形式 | 第21页 |
| 1.5.3 拷贝数变异（CNV）的检测方法 | 第21-22页 |
| 1.5.4 CNV在家畜中的研究进展 | 第22-24页 |
| 1.5.5 展望 | 第24-25页 |
| 1.6 本研究的目地和意义 | 第25-26页 |
| 第二章 德保矮马系统进化及选择信号检测 | 第26-44页 |
| 2.1 试验材料和方法 | 第26-28页 |
| 2.1.1 研究样本 | 第26-27页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第27页 |
| 2.1.3 马基因组DNA的提取与质量控制 | 第27-28页 |
| 2.2 基因分型及质量控制 | 第28页 |
| 2.2.1 基因型质量控制 | 第28页 |
| 2.3 系统进化、选择信号以及体高相关关联分析 | 第28-29页 |
| 2.3.1 系统进化以及群体遗传关系分析 | 第28页 |
| 2.3.2 选择信号检测分析 | 第28-29页 |
| 2.3.3 德保矮马与伊犁马体高全基因组关联分析 | 第29页 |
| 2.3.4 基因注释与功能富集分析 | 第29页 |
| 2.4 结果与分析 | 第29-40页 |
| 2.4.1 基因组DNA检测结果 | 第29页 |
| 2.4.2 SNP分型及质量控制结果 | 第29-30页 |
| 2.4.3 国内外马品种系统发生关系以及群体遗传结构分析结果 | 第30-34页 |
| 2.4.4 中国三个马品种系统发生关系以及群体遗传结构分析结果 | 第34-36页 |
| 2.4.5 德保矮马选择信号检测结果 | 第36-39页 |
| 2.4.6 德保矮马与伊犁马体高关联分析结果 | 第39-40页 |
| 2.5 讨论 | 第40-42页 |
| 2.5.1 国内外马品种系统发生关系以及群体遗传结构推测 | 第40-41页 |
| 2.5.2 中国三个马品种系统发生关系以及群体遗传结构推测 | 第41页 |
| 2.5.3 德保矮马矮小性状相关受选择信号位点和候选基因基因 | 第41-42页 |
| 2.6 小结 | 第42-44页 |
| 第三章 利用MASSY ARRY方法进行德保矮马体高相关22个SNP位点分型分析 | 第44-53页 |
| 3.1 试验材料和方法 | 第44-47页 |
| 3.1.1 研究样本 | 第44-46页 |
| 3.1.2 试验方法 | 第46-47页 |
| 3.2 试验结果 | 第47-52页 |
| 3.3 讨论 | 第52-53页 |
| 第四章 德保矮马及国内两个马品种拷贝数变异分析 | 第53-66页 |
| 4.1 试验材料和方法 | 第53-56页 |
| 4.1.1 样本采集 | 第53-54页 |
| 4.1.2 主要仪器设备 | 第54页 |
| 4.1.3 基因组DNA提取及质量控制 | 第54-55页 |
| 4.1.4 分型数据 | 第55页 |
| 4.1.5 数据质量控制 | 第55-56页 |
| 4.2 CNV的检测 | 第56-57页 |
| 4.2.1 CNV检测文件的准备 | 第56页 |
| 4.2.2 CNV的质量控制 | 第56页 |
| 4.2.3 CNV区域（CNVR ） | 第56页 |
| 4.2.4 基因注释与功能富集分析 | 第56页 |
| 4.2.5 与以往的研究比较 | 第56页 |
| 4.2.6 定量PCR验证 | 第56-57页 |
| 4.3 结果与分析 | 第57-63页 |
| 4.3.1 基因组DNA检测结果 | 第57页 |
| 4.3.2 SNP分型及质量控制结果 | 第57页 |
| 4.3.3 样本个体CNV的推断 | 第57-58页 |
| 4.3.4 基因组CNVR的分布特征 | 第58-60页 |
| 4.3.5 CNV图谱的构建 | 第60-62页 |
| 4.3.6 CNVR的功能富集分析 | 第62-63页 |
| 4.3.7 与以往的研究比较 | 第63页 |
| 4.3.8 定量PCR验证 | 第63页 |
| 4.4 讨论 | 第63-65页 |
| 4.4.1 全基因组CNV以及CNVR检测 | 第64页 |
| 4.4.2 基因含量与德保矮马体高相关性分析 | 第64-65页 |
| 4.5 小结 | 第65-66页 |
| 第五章 全文结论 | 第66-68页 |
| 5.1 国内外马品种系统发生关系以及群体遗传结构分析 | 第66页 |
| 5.2 连锁不平衡分析 | 第66页 |
| 5.3 中国三个马品种系统发生关系以及群体遗传结构分析 | 第66页 |
| 5.4 德保矮马矮小性相关选择信号检测 | 第66-67页 |
| 5.5 德保矮马身高相关关联性分析 | 第67页 |
| 5.6 德保矮马与国外马基因交流事件分析 | 第67页 |
| 5.7 国内三个马品种单拷贝数变异分析 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-75页 |
| 附录 | 第75-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 作者简历 | 第102页 |
