| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 常用中英文缩略词表 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-29页 |
| 1 拷贝数变异 | 第17-26页 |
| 1.1 拷贝数变异的发现 | 第17页 |
| 1.2 拷贝数变异形成机制 | 第17-18页 |
| 1.3 拷贝数变异的检测方法 | 第18-20页 |
| 1.3.1 aCGH | 第18页 |
| 1.3.2 SNP芯片 | 第18页 |
| 1.3.3 测序技术 | 第18-19页 |
| 1.3.4 荧光定量PCR | 第19-20页 |
| 1.4 拷贝数在畜禽基因组中的研究 | 第20-21页 |
| 1.4.1 猪基因组 | 第20页 |
| 1.4.2 牛基因组 | 第20-21页 |
| 1.4.3 羊基因组 | 第21页 |
| 1.4.4 犬基因组 | 第21页 |
| 1.4.5 鸡基因组 | 第21页 |
| 1.5 拷贝数变异对表型的影响 | 第21-26页 |
| 1.5.1 毛色 | 第22-23页 |
| 1.5.2 羽速、鸡冠和翅色 | 第23页 |
| 1.5.3 生产性状 | 第23-24页 |
| 1.5.4 疾病和发育异常 | 第24-26页 |
| 2 脐疝 | 第26-28页 |
| 2.1 脐疝的病理研究 | 第26-27页 |
| 2.2 脐疝有关的基因或标记 | 第27-28页 |
| 3 研究目的及意义 | 第28-29页 |
| 第二章 猪全基因组拷贝数变异研究 | 第29-45页 |
| 1 实验材料 | 第29-31页 |
| 1.1 实验样品 | 第29页 |
| 1.2 主要仪器和设备 | 第29-30页 |
| 1.3 主要试剂与试剂盒 | 第30页 |
| 1.4 常用试剂及配制 | 第30-31页 |
| 1.5 应用到的生物信息学网站及分析软件 | 第31页 |
| 2 试验方法 | 第31-34页 |
| 2.1 基因组DNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.1.1 猪基因组DNA的提取 | 第31页 |
| 2.1.2 猪基因组DNA的浓度测定和质量检测 | 第31-32页 |
| 2.2 比较基因组杂交芯片检测 | 第32页 |
| 2.2.1 DNA标记 | 第32页 |
| 2.2.2 杂交与清洗 | 第32页 |
| 2.2.3 芯片扫描 | 第32页 |
| 2.2.4 芯片图像的采集与数据分析 | 第32页 |
| 2.3 数据处理分析 | 第32-33页 |
| 2.4 定量验证 | 第33-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-42页 |
| 3.1 猪基因组DNA的提取与质量检测 | 第34页 |
| 3.2 CNVRs库 | 第34-35页 |
| 3.3 CNVRs染色体、长度分布及状态 | 第35-36页 |
| 3.4 品种特异CNVRs挖掘及聚类分析 | 第36-37页 |
| 3.5 重复序列 | 第37-38页 |
| 3.6 CNVRs涵盖的基因 | 第38-40页 |
| 3.7 CNVRs与QTL重叠 | 第40页 |
| 3.8 CNVRs的定量验证 | 第40-42页 |
| 4 讨论 | 第42-45页 |
| 4.1 芯片数据分析及结果验证 | 第42-43页 |
| 4.2 CNV对进化的影响 | 第43-44页 |
| 4.3 重复序列 | 第44-45页 |
| 第三章 与脐疝有关联的染色体区域鉴定 | 第45-59页 |
| 1 实验材料 | 第45-47页 |
| 1.1 实验样品 | 第45页 |
| 1.2 主要仪器和设备 | 第45-46页 |
| 1.3 主要试剂与试剂盒 | 第46页 |
| 1.4 常用试剂及配制 | 第46页 |
| 1.5 应用到的生物信息学网站及分析软件 | 第46-47页 |
| 2 试验方法 | 第47-50页 |
| 2.1 基因组DNA的提取 | 第47页 |
| 2.1.1 猪基因组DNA的提取 | 第47页 |
| 2.1.2 猪基因组DNA的浓度测定和质量检测 | 第47页 |
| 2.2 SNP芯片检测 | 第47-48页 |
| 2.3 全基因组关联分析 | 第48页 |
| 2.4 CNV推测 | 第48页 |
| 2.5 拷贝数亚区域的划分 | 第48-49页 |
| 2.6 与脐疝的相关性分析 | 第49页 |
| 2.7 定量验证 | 第49-50页 |
| 3 结果与分析 | 第50-57页 |
| 3.1 猪基因组DNA的提取与质量检测 | 第50页 |
| 3.2 全基因组关联分析 | 第50-51页 |
| 3.3 CNVRs库 | 第51-52页 |
| 3.4 CNVRs基因富集和通路分析 | 第52-53页 |
| 3.5 CNV亚区域聚类 | 第53-54页 |
| 3.6 CNV亚区域的定量验证 | 第54-55页 |
| 3.7 CNV亚区域与脐疝的相关性分析 | 第55-57页 |
| 4 讨论 | 第57-59页 |
| 第四章 猪KL基因转录调控机制的研究 | 第59-90页 |
| 1 实验材料 | 第59-64页 |
| 1.1 用于KL基因启动子及内含子克隆的模板DNA样品 | 第59页 |
| 1.2 细胞样品 | 第59页 |
| 1.3 载体 | 第59-60页 |
| 1.4 主要仪器和设备 | 第60-61页 |
| 1.5 主要试剂与试剂盒 | 第61-62页 |
| 1.6 常用试剂及配制 | 第62-63页 |
| 1.7 应用到的生物信息学网站及分析软件 | 第63-64页 |
| 2 试验方法 | 第64-78页 |
| 2.1 猪KL基因5'端上游调控区域及内含子区段的生物信息学分析 | 第64页 |
| 2.2 总RNA和DNA的提取及cDNA的合成 | 第64-66页 |
| 2.3 猪KL基因5'端上游调控区域及内含子序列的克隆与测序 | 第66-69页 |
| 2.3.1 猪KL基因5'端上游调控区域序列及内含子片段的扩增 | 第66-67页 |
| 2.3.2 普通PCR反应 | 第67-68页 |
| 2.3.3 琼脂糖凝胶电泳和成像 | 第68页 |
| 2.3.4 PCR产物的胶回收和克隆测序 | 第68-69页 |
| 2.4 猪KL基因5'端上游调控区域的缺失分析 | 第69-72页 |
| 2.4.1 KL基因5'端上游调控区域缺失载体的构建 | 第69-71页 |
| 2.4.2 细胞培养、转染和双荧光素酶活性检测 | 第71-72页 |
| 2.5 猪KL基因内含子区域转录因子分析 | 第72-78页 |
| 2.5.1 转录因子的预测及分析 | 第72页 |
| 2.5.2 包含猪核心启动子与不同基因型内含子片段的重组载体构建 | 第72-73页 |
| 2.5.3 细胞培养、转染和双荧光素酶活性检测 | 第73页 |
| 2.5.4 RNA干扰 | 第73页 |
| 2.5.5 qPCR | 第73-74页 |
| 2.5.6 染色质免疫共沉淀 | 第74-77页 |
| 2.5.7 Western blot | 第77-78页 |
| 2.5.8 蛋白浓度的测定 | 第78页 |
| 3 结果与分析 | 第78-87页 |
| 3.1 对与脐疝关联的SNPs的转录因子预测 | 第78-79页 |
| 3.2 猪KL基因核心启动子的研究 | 第79-80页 |
| 3.3 猪KL基因缺失片段载体转染PK和ST细胞 | 第80-81页 |
| 3.4 包含猪核心启动子与不同基因型内含子片段的重组载体构建 | 第81页 |
| 3.5 pGL3-D2-A和pGL3-D2-G的双荧光素酶活性检测 | 第81-82页 |
| 3.6 干扰OCT-1后pGL3-D2-A和pGL3-D2-G的双荧光素酶活性检测 | 第82-83页 |
| 3.7 干扰转录因子OCT-1对KL基因的影响 | 第83-85页 |
| 3.8 转录因子OCT-1与KL基因第一内含子的结合 | 第85-86页 |
| 3.9 干扰转录因子OCT-1对细胞凋亡的影响 | 第86-87页 |
| 4 讨论 | 第87-90页 |
| 4.1 KL基因对疾病的影响 | 第87-88页 |
| 4.2 转录因子OCT-1 | 第88-90页 |
| 第五章 结语 | 第90-91页 |
| 1 主要结论 | 第90页 |
| 2 下一步工作 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-105页 |
| 附录 | 第105-129页 |
| 在读期间发表论文列表及专利 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
