| 缩略词表 | 第8-10页 |
| 第一章 稻属AA基因组转座子比较研究 | 第10-78页 |
| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 1 文献综述 | 第16-31页 |
| 1.1 转座子概述 | 第16-20页 |
| 1.1.1 转座子的功能 | 第16-18页 |
| 1.1.2 转座子的分类 | 第18-20页 |
| 1.2 稻属基因组 | 第20-28页 |
| 1.2.1 稻属植物简介 | 第20-23页 |
| 1.2.2 稻属AA基因组 | 第23-24页 |
| 1.2.3 稻属AA基因组起源及其进化 | 第24-26页 |
| 1.2.4 亚洲栽培稻的起源及其进化 | 第26-28页 |
| 1.3 水稻中的转座子 | 第28-29页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第29-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-44页 |
| 2.1 数据来源 | 第31-33页 |
| 2.1.1 稻属AA基因组序列和注释信息的搜集 | 第31-32页 |
| 2.1.2 RNA-seq数据的搜集和预处理 | 第32页 |
| 2.1.3 Bisulfite-seq数据的搜集和预处理 | 第32-33页 |
| 2.2 转座子的注释 | 第33-38页 |
| 2.2.1 从头(De novo)算法 | 第33-35页 |
| 2.2.2 基于同源性的算法 | 第35-37页 |
| 2.2.3 联合算法 | 第37页 |
| 2.2.4 稻属AA基因组转座子鉴定 | 第37-38页 |
| 2.3 直系同源基因和基因家族鉴定 | 第38页 |
| 2.4 共线性分析 | 第38-39页 |
| 2.5 系统发育分析 | 第39页 |
| 2.6 RNA-seq数据分析 | 第39-40页 |
| 2.7 转座子与基因的关系 | 第40页 |
| 2.8 基因GO及KO注释 | 第40-41页 |
| 2.9 基因组甲基化分析 | 第41-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-76页 |
| 3.1 稻属A基因组物种进化树 | 第44-47页 |
| 3.2 栽培稻基因组含有更多的TE序列 | 第47-54页 |
| 3.3 驯化使TE从栽培稻基因区被排除 | 第54-59页 |
| 3.4 TE主要存在于基因的内含子中 | 第59-63页 |
| 3.5 TE选择性的在特定功能基因中保留或排除 | 第63-70页 |
| 3.6 TE影响基因功能而改变农艺性状 | 第70-76页 |
| 4 讨论 | 第76-77页 |
| 5 论文数据说明 | 第77-78页 |
| 第二章 芒草不同品种的地理分布与生物质降解效率关系研究 | 第78-133页 |
| 摘要 | 第78-80页 |
| Abstract | 第80-82页 |
| 1 文献综述 | 第82-103页 |
| 1.1 生物质能 | 第82-83页 |
| 1.1.1 化石能源的枯竭与危害 | 第82页 |
| 1.1.2 生物能源与能源植物 | 第82-83页 |
| 1.2 植物细胞壁的结构 | 第83-91页 |
| 1.2.1 纤维素结构 | 第85-87页 |
| 1.2.2 半纤维素结构 | 第87-89页 |
| 1.2.3 木质素结构 | 第89-90页 |
| 1.2.4 植物细胞壁各组分之间的互作 | 第90-91页 |
| 1.3 生物质降解 | 第91-98页 |
| 1.3.1 生物质的预处理 | 第91-93页 |
| 1.3.2 纤维素与生物质降解 | 第93-96页 |
| 1.3.3 半纤维素与生物质降解 | 第96-97页 |
| 1.3.4 木质素与生物质降解 | 第97页 |
| 1.3.5 细胞壁与生物能源 | 第97-98页 |
| 1.4 能源植物——芒草 | 第98-102页 |
| 1.4.1 芒草生物学特性 | 第98-99页 |
| 1.4.2 芒草的种类 | 第99-101页 |
| 1.4.3 芒草的研究现状 | 第101-102页 |
| 1.5 植物分布与气候的关系 | 第102页 |
| 1.6 研究目的与意义 | 第102-103页 |
| 2 材料与方法 | 第103-115页 |
| 2.1 实验材料 | 第103-105页 |
| 2.2 主要仪器与试剂 | 第105-106页 |
| 2.3 试验方法 | 第106-115页 |
| 2.3.1 细胞壁多糖成分提取和测定 | 第106-107页 |
| 2.3.2 木质素含量测定 | 第107-108页 |
| 2.3.3 比色法测定六碳糖和五碳糖 | 第108-109页 |
| 2.3.4 GC-MS测定半纤维素单糖 | 第109-110页 |
| 2.3.5 HPLC测定木质素单体组成 | 第110页 |
| 2.3.6 纤维素结晶度测定 | 第110-111页 |
| 2.3.7 生物质稀酸预处理及酶解 | 第111页 |
| 2.3.8 生物质稀碱预处理及酶解 | 第111-112页 |
| 2.3.9 气象数据的获得 | 第112-113页 |
| 2.3.10 数据统计分析 | 第113-115页 |
| 3 结果与分析 | 第115-130页 |
| 3.1 四大类芒草的分布 | 第115-116页 |
| 3.2 四大类芒草来源地的气候 | 第116-118页 |
| 3.3 四大类芒的细胞壁组成 | 第118-121页 |
| 3.4 四大类芒草的降解效率 | 第121-123页 |
| 3.5 降解效率与芒草地理分布的关系 | 第123-125页 |
| 3.6 降解效率与气候因子的关系 | 第125-128页 |
| 3.7 细胞壁组分与芒草地理分布的关系 | 第128-130页 |
| 4 讨论 | 第130-132页 |
| 5 论文数据说明 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-160页 |
| 附录 | 第160-208页 |
| 附录A.部分perl程序代码 | 第160-163页 |
| 附录B.部分OrthoMCL程序运行代码 | 第163-166页 |
| 附录C.部分circos程序代码 | 第166-167页 |
| 附录D.稻属AA基因组8个物种TE相关基因GO富集分析 | 第167-198页 |
| 附录E.栽培稻与野生稻KO富集差异 | 第198-202页 |
| 附录F.中国171份芒草材料来源地的部分气象数据 | 第202-207页 |
| 附录G.个人简介 | 第207-208页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第208-210页 |
| 致谢 | 第210-211页 |
